Казаков, которые старались отсидеться и не принимать участие в борьбе с большевиками, вынудил взяться за оружие «красный террор».
Если, вначале сторонники А.И.Дутова, по обычаям войска, считались с решениями казачьего схода, съезда при выносе приговора арестованным казакам-большевикам, то большевики расстреливали сразу. Часто без суда и вынесения приговора. Всесилие и вседозволенность были широко распространены.
За поддержку Дутова в первую очередь пострадали офицеры, которые остались в городе Оренбурге: генерал-майор П.В.Хлебников, генерал-лейтенант А.В.Кочуров, полковник М.Ф.Доможиров, есаулы Г.М.Нагаев, С,С.Полозов, А.Кручинин. Они были расстреляны.
Седьмого апреля 1918 года были расстреляны шесть штаб-офицеров 2-й Оренбургской гимназии, в том числе ее директор генерал-майор А.К.Ахматов, генерал-майор Ф.С.Воробьев, войсковой старшина Никитин, полковник А.Н.Полозов, сотник Н.В.Стрелковский.
Всего на городском кладбище Оренбурга за несколько недель власти большевиков было захоронено около 400 противников новой власти. Офицеров брали в заложники, причем объявлялось, что за каждого убитого советского работника или красногвардейца будут расстреляны 10 человек. Всего расстреляли 100 офицеров.
В Верхнеуральске, после свержения власти атамана А.И.Дутова, в марте 1918 года казнили около ста человек, не успевших покинуть город с отрядом атамана Захарова.
Кроме этого велись репрессивные меры и по отношению станиц, которые не поддерживали советскую власть.
В ходе последовавших карательных операций красных отрядов в Оренбургском крае были уничтожены полностью или частично 19 казачьих станиц.
Весной 1918 года, без связи с атаманом Дутовым, среди казаков возникло мощное повстанческое движение против большевиков, которое возглавил войсковой старшина Д.М.Красноярцев.
28 марта в станице Ветлянская казаками был уничтожен отряд красногвардейцев П.А.Персианова. Второго апреля в станице Изобильная – карательный отряд председателя Оренбургского ВРК С.М.Цвиллинга.
А в ночь с 3 на 4 апреля отряд Н.В.Лукина совершил налет на Оренбург, заняв город на некоторое время. Только на территории 1-го военного округа к июню 1918 года в повстанческую борьбу были вовлечены свыше 6000 казаков. Хотя боевой способностью они не отличались, ввиду того, что командиры были избираемы, приказы вышестоящих начальников не исполнялись и дальше своих станиц не двигались.
В станицах стали создаваться дружины самообороны, а также повстанческие отряды, руководимые командирами: Ф.А.Богдановым, Н.П.Карнауховым, Е.В.Уфимовым и др., которые вели борьбу с большевиками.
Курс на ликвидацию казачества, как самостоятельной социальной силы, исходил из Правительства России, которое видело в казачестве «опору трона и реакции». Исключительно враждебно высказывался Лев Троцкий, утверждая, что казачество «всегда играло роль палача, усмирителя и прислужника императорского дома. Казак, малоинтеллигентный человек, лгун и доверять ему нельзя. Приходится заметить сходство между психологией казачества и психологией некоторых представителей зоологического мира».
Курс на истребление казачества начался с ликвидации сословий (декрет ВЦИК и СНК «Об уничтожении сословий и гражданских чинов» от 24 ноября 1917 года). Оренбургские большевики тоже старались в этом преуспеть. В станицы направлялись красногвардейские отряды для изъятия оружия, взимания контрибуции, реквизиции хлеба, скота, фуража. Всё это ещё более поднимало казаков на борьбу.
В январе 1919 года была опубликована директива ЦК РКП(б), подписанная Я.М.Свердловым, которая была направлена на полное уничтожение казачества. Вот текст этой директивы:
«Последние события на различных фронтах и казачьих районах, наши продвижения вглубь казачьих поселений и разложение среди казачьих войск заставляют нас дать указания партийным работникам о характере их работы в указанных районах. Необходимо, учитывая опыт гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества, путем поголовного их истребления.
1.Провести массовый террор против богатых казаков, истребив их поголовно. Провести беспощадный массовый террор по отношению ко всем казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью. К среднему казачеству необходимо применить все те меры, которые дают гарантию от каких-либо попыток с его стороны к новым выступлениям против Советской власти.
2. Конфисковать хлеб и заставить ссыпать все излишки в указанные пункты, это относится как к хлебу, так и ко всем сельскохозяйственным продуктам.
3.Принять все меры по оказанию помощи переселяющейся пришлой бедноте, организуя переселение, где это возможно.
4.Уравнять пришлых, иногородних с казаками в земельном и во всех других отношениях.
5.Провести полное разоружение, расстреливать каждого, у кого будет обнаружено оружие после срока сдачи.
6.Выдавать оружие только надежным элементам из иногородних.
7.Вооруженные отряды оставлять в казачьих станицах впредь до установления полного порядка.
8.Всем комиссарам, назначенным в те или иные поселения, предлагается проявить максимальную твердость и неуклонно проводить настоящие указания.»
По этой директиве надлежало репрессировать более миллиона казаков, что и было сделано.
В Оренбуржье казачью директиву осуждали открыто, на собраниях, митингах. Даже Н.Д.Каширин высказался против антиказачьего декрета. И, к счастью, реализация директивы в полной мере до оренбургской земли не докатилась. Регион контролировался белыми.
Генерал И.Г.Акулинин писал в своих воспоминаниях:-«Неумелая и жестокая политика большевиков, их ничем не прикрытая ненависть к казакам, надругательства над казачьими святынями, и особенно кровавые расправы, реквизиции и контрибуции, разбои в станицах – все это открыло глаза казакам на сущность Советской власти и заставило взяться за оружие».
Александр Ильич Дутов высказался о судьбе России, обвиняя руководителей большевиков-евреев: «Ныне мы переживаем большевистские дни. Мы видим в сумраке очертания царизма, Вильгельма и его сторонников, и ясно определенно стоит перед нами провокаторская фигура Владимира Ленина и его сторонников: Троцкого-Бронштейна, Рязанова-Гольденбаха, Каменева-Розенфельда, Суханова-Гиммера и Зиновьева-Апфельбаума. Россия умирает. Мы присутствуем при последнем её вздохе. Была Великая Русь от Балтийского моря до океана, от Белого моря до Персии, была целая, великая, грозная, могучая, земледельческая, трудовая Россия — нет её».