Пандемия | Российские учёные и харакири дельта-штамма в Японии
<< Российские эксперты в области вирусологии и иммунологии высказали мнение об исследованиях японских учёных, считающих, что радикальное снижение заболеваемости штаммом «Дельта» в Японии связано с самоуничтожением коронавируса.
Expert.ru ранее уже писал со ссылкой на издание Japan Times, что в Японии в самый разгар роста остановилась и резко пошла на спад кривая заболеваемости коронавирусной инфекцией, а конкретно — штаммом «Дельта». Штамм считается сегодня самой опасной и агрессивной формой COVID-19, доминирующим штаммом четвертой волны пандемии, охватившей в том числе и Японию. Кардинальное — более чем в 100 раз всего за три месяца — снижение числа заражений «короной» в стране вызвало к жизни революционную теорию, согласно которой «Дельта» могла запустить процесс самоликвидации.
В общих чертах суть гипотезы японских учёных, напомним, такова: главной возможной причиной радикального снижения заболеваемости «Дельтой» в Японии, они называют генетические изменения, происходящие с вирусом при воспроизводстве примерно двух мутаций в месяц. По мнению профессора Национального института генетики Итуро Инуэ, штамм претерпел слишком много мутаций в белке nsp14, отвечающем за исправление ошибок. В результате, заключили японские учёные, вирус совершил слишком много исправлений, стал дефектным, потерял способность размножаться и начал самоуничтожаться.
== Суицид вируса маловероятен, но мутации могут его ослаблять
Expert.ru попросил прокомментировать гипотезу японских специалистов вирусолога, доктора медицинских наук, профессора кафедры инфектологии и вирусологии Института профессионального образования Сеченовского университета Анатолия Альтштейна.
С его точки зрения, самоликвидация вируса маловероятна, хотя рациональное зерно в рассуждениях японских коллег есть.
«В принципе, самоликвидация вируса маловероятна, поскольку в результате исправлений всегда отбираются варианты, которые не подверглись таким тяжёлым изменениям, — полагает Альштейн. — Но груз мутаций, которые вирус испытывает при многократном попадании в организм человека, конечно, способен снижать его инфекционные возможности. В любом случае это интересная и приятная новость, потому что мы на самом деле не очень понимаем, как эти эпидемии затухают. Возможно, что как раз в результате вот этих механизмов перегрузки мутации».
При каждой репликации, когда нуклеиновая кислота вируса попадает в клетку, на ней синтезируются тысячи «потомков», поясняет профессор. Синтезируются они за счет того, что есть фермент полимераза, который проходит по ниточке генома и делает копии. Делая множество этих копий, он всегда чуть-чуть «ошибается».
«В результате почти каждая частица несёт мутации. Большинство из этих мутаций не играют особой роли, но какие-то могут играть. Когда таких мутаций становится слишком много, инфекционность вируса может слабеть», — поясняет Анатолий Альтштейн.
По его словам, подобное может происходить не только с «Дельтой», но и с любым другим штаммом вируса.
«Это вещь всегда непредсказуемая. При длительном существовании вирус с помощью мутаций уравновешивается, доходит до определенного уровня заражения соответствующей популяции организмов. И вот так он может оставаться потом на годы», говорит профессор.
Альтштейн склонен доверять данным Национального института генетики. В Японии, по его словам, вирусология и молекулярная генетика хорошо развиты. И если гипотеза японских ученых найдет подтверждение, то это покажет пути, которыми природа выводит определенный вид животных в эпидемиологических ситуациях, заключает эксперт.
== Почему «первый коронавирус» не вызвал пандемию?
Доктор биологических наук, старший научный сотрудник Института клинической иммунологии СО РАМН Александр Чепурнов полагает, что версия японцев заслуживает внимания и позволяет догадываться о причинах внезапного прекращения эпидемии так называемого «первого коронавируса».
«Гипотеза, очевидно, не лишена смысла, — считает Чепурнов. — Тем более, что она соотносится с ситуацией 2002-2003 годов, когда в мире появился "первый коронавирус", вызвавший эпидемию атипичной пневмонии. Мне лично пришлось, что называется, руками работать с первым и единственным пациентом в России с этим заболеванием. Тогда казалось, что вот эта эпидемиологическая волна сейчас прорвет преграду, и все начнет развиваться по худшему сценарию, который был бы схож с нынешним».
Тем не менее, продолжает Чепурнов, все тогда неожиданно остановилось — эпидемия не распространилась в России и не приобрела характер пандемии.
«Тогда мне казалось, что каким-то образом сработали санитарно-эпидемиологические барьеры. Но вот теперь можно предположить, что сработала как раз вот эта ситуация с неструктурным белком», — заключает Александр Чепурнов. >>
Источник: "Эксперт", 19.11.2021
========
Мой комментарий.
Коронавирусное харакири по-японски...
Не перестаю удивляться степени доверчивости наших уважаемых экспертов в отношении любой вольной интерпретации данных своими коллегами.
—
{ Анатолий Альтштейн (род. 1935) — вирусолог, доктор медицинских наук, профессор. Один из авторов Большой Российской энциклопедии, Главный научный сотрудник Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии имени Н.Ф.Гамалеи, профессор кафедры инфектологии и вирусологии Института профессионального образования Первого Московского государственного медицинского университета имени И.М.Сеченова. }
—
Суть высказывания проф. Альтштейна: что-то сомнительно, но всякое может быть. К тому же это японцы. А, значит, можно доверять.
Поразительно!
Как можно анализировать интерпретацию данных, если эксперт такого уровня не посмотрел сами исходные данные и не проанализировал то, насколько они могли быть подвержены искажению, манипуляции (не фальсификации)? Понимаю, что 86 лет. Но как-то надо оценивать и своё реноме. И это не один Альтштейн.
Версию коллег из Японии разделяет старший научный сотрудник Института клинической иммунологии СО РАМН Александр Чепурнов. Директор центра «Институт междисциплинарных медицинских исследований» Европейского университета в Санкт-Петербурге Антон Барчук не опровергает японских ученых, но добавляет, что в Японии вакцинировано более 75% населения. Зав. лабораторией геномной инженерии МФТИ Павел Волчков в беседе с «Известиями» частично согласен с японцами и говорит, что вирус может сильно потерять свою контагиозность (заразность). Но есть и возражения: в соседней Южной Корее подобного не наблюдается.
Практически все мы знаем, что в юриспруденции какого бы уровня ни был эксперт, но если он не ознакомился с материалами конкретного дела, то не может выносить публично какие-либо обоснованные суждения по нему. Это азы профессиональной этики.
В медицине и биологии пандемийной эпохи всё гораздо проще: идёт делегирование доверия. Один полагается на другого. А дальше по цепочке. И как, простите, мы уже можем не доверять проф. Альтштейну? Да ещё главному научному сотруднику из альма-матер "Спутника V"?
Увы... Сегодня всё надо перепроверять, если есть такая возможность. А она есть. Вот мы ею и воспользуемся.
Япония, на мой взгляд, — наглядный пример манипуляции данными. Причем это было и в начале пандемии в 2020 г. (т.н. азиатская модель тестирования). Это наблюдаем и сегодня.
Обо всём по порядку.
Какова логика рассуждений учёных? Они видят официальные данные государственной статистики (надо ведь доверять). Эти данные гласят, что резко снизились в Японии два важных показателя пандемии: (1) суточная заболеваемость и (2) суточная смертность.
Здесь в этих показателях трактовка идёт не по классике (в масштабе на популяцию), а просто в виде абсолютных значений. Но в данном случае это непринципиально.
Взгляните на графики. Если 23.08.2021 на локальном максимуме (по 7-дневному скользящему среднему) в Японии было 23.192 выявленных, то 21.11.2021 их стало 137. Падение за три осенних месяца в 169 раз!
По умершим подобная картина. 13.09.2021 на локальном максимуме видим 65 умерших в сутки (на всю Японию). А 21.11.2021 их 3. Падение в 22 раза. Здесь уровень несколько условен, поскольку абсолютные значения близки к нулю. Но всё-таки отметим этот масштаб.
Понятно, что летальность — очень условная величина в этой пандемии. Что надо сопоставлять диапазоны дат (хотя бы неделю), а не дату к дате. Что надо учитывать инерционность смертей относительно выявления (с отставанием примерно 3 недели). Но как оценку всё же посмотрим.
Условная летальность (отношение умерших к выявленным) составляет такие пары:
1) 23.192 (65) = 0,28%
2) 137 (3) = 2,19%
В принципе вписывается в ожидание: 0,5-3,0%. Если сопоставлять с другими ведущими странами.
Дельта-штамм в Японии по-прежнему доминирует в популяции абсолютно: с 94,89% (23.08.2021) до 100% (01.11.2021).
Уровень полной вакцинации вырос с 41,08% (22.08.2021) до 76,54% (21.11.2021).
Какой логичный вывод напрашивается? Разумеется, этот доминирующий штамм невероятно ослаб. Прямо на глазах. Всего за три месяца. Сдулся до нуля. Как шарик. Не должен был (раз 100% в популяции), но чтой-то сдулся.
Прелестно.
Казалось бы, одно это должно было насторожить учёных. Ладно бы японских (всё-таки степень их ангажированности под вопросом). Но наших? Честных, порядочных и бескорыстных. Нет, не насторожил.
Что в таких непонятных случаях надо изучать? Правильно: то, что и формирует уровень заболеваемости помимо самого патогена. А это ПЦР-тестирование. Ибо ковидная заболеваемость в нынешнем пандемийном мире постулирована как число выявленных инфицированных (выявленных лабораторной диагностикой, т.е. ПЦР-тестами). Значит, надо посмотреть, как этот фактор тестирования мог повлиять.
Заходим на Оксфордский коронавирусный центр OWID (Великобритания) и смотрим данные по Японии.
Верификация данных: https: //tiny url.com /v9tyyscf
Что мы видим? Локальный максимум был 135.173 тестов в сутки (30.08.2021). Сейчас 46.710 (18.11.2021). Падение в 2,89 раза.
Смотрим, как изменилась концентрация выявления. Т.е. число выявленных от количества проведенных тестов. В нормальной ситуации (без внешних воздействий) этот параметр на устоявшемся процессе не должен сильно изменяться.
Сравнительный анализ с другими странами с начала пандемии показывает, что норма колеблется в районе 3-5%. Т.е. берётся количество проведённых тестов и этот процент составляет число выявленных.
Т.е. если тестировать "с улицы" всех подряд — будет близко к 1% (для справок, QR-кодов, на всякий случай и т.п.). Если 30-40% — значит, эти тестируемые почти готовы уже к госпитализации. Слишком уж концентрированный раствор выборки.
В некоторых странах (и в Японии) регистрируют не число тестов, а количество оттестированных. Казалось бы, как сопоставлять? Это не так сложно. На большой выборке (по России, в частности) коэффициент соответствия 0,97-0,98. Т.е. практически можно полагать, что количество тестов и количество оттестированных взаимозаменяемы, что это одно и то же значение.
Теперь по выявляемости тестами в Японии. Локальный максимум: 20,70% (26.08.2021). Сейчас 0,30%. Т.е. практически "вода". Падение в 69 раз. Иными словами, это "усилитель" к уровню падения вообще числа тестов (2,89 раза). Почти 200 раз. Вот вам и 169 раз по выявленным вполне объяснимо.
Пардон, а почему появляется этот усилитель? Почему резко меняется концентрация выявления? Одна из самых интересных загадок этой мутной пандемии. Причиной может быть просто реальный рост заболеваемости при сохранении методики (вкл. отбор тестируемых). Но зачем одновременно наращиваются тесты? Тормозните базу и тогда реальная заболеваемость должна раскрыться на фиксированной суточной базе. Не тормозят. А включают сразу форсаж.
Другой возможный фактор: "вбросы" результатов экспресс-тестирования. В статистике быть не должны, но кто знает, как, когда и в каком виде могут участвовать в открытой статистике.
Возможно просто суммируются позитивные экспресс-тесты с ПЦР-тестами. Быть может, перепроверяют позитивные экспресс-тесты легальными ПЦР-тестами (как это делается осенью 2021 в Москве, подтверждаются 85%). Тогда концентрация ясна: с заднего крыльца вливается концентрат выявленных экспресс-тестами.
Аналогично можно и сбрасывать концентрацию (слегка по ходу меняя методику). И это извне узнать практически невозможно.
Попробуем оценить масштабы бедствия. Сами по себе значения мало о чём говорят, если не сопоставлять их во времени (с другими датами, ретроспективный анализ) и в пространстве (с другими странами).
По Москве (12,66 млн) минимум суточного тестирования -- 46 тыс тестов (конец апреля и начало мая 2021). На пике в июле 2021 доходило до 130 тыс. тестов. Сейчас 70-80 тыс.
В Японии локальный максимум был 135.173 тестов в сутки (30.08.2021). Сейчас 46.710 (18.11.2021). Практически та же Москва. Но есть существенное отличие. Численность населения различается на порядок.
Причём в пандемию важна не только численность и даже средняя плотность населения, сколько основные зоны концентрации: крупные мегаполисы, города-миллионники. В России их 15. В Японии — 12.
== Япония
Население: 125.938.746 (Worldometer, 22.11.2021)
* Токио: 14,05 млн
* Йокогама: 3,70 млн
* Осака: 2,67 млн
* Нагоя: 2,28 млн
* Саппоро: 1,92 млн
* Кобе: 1,53 млн
* Киото: 1,47 млн
* Фукуока: 1,43 млн
* Кавасаки: 1,37 млн
* Сайтама: 1,19 млн
* Хиросима: 1,16 млн
* Сендай: 1,03 млн
Тестов в сутки: 46.710 (18.11.2021)
Тестов на летнем максимуме: 135.173 (30.08.2021)
Итак, Япония откровенно занижает норму тестирования (когда ей требуется) относительно России в 10 раз. При этом Россия по тестам, мягко говоря, в этом году ведёт себя достаточно сдержанно (не нагло), как это можно видеть на примере Великобритании, Израиля, Австрии, а теперь и Кипра. См. график OWID.
—
Тесты. По манипуляциям с тестированием Россия находится на последнем 10-м месте в выборке стран G7 (США, Канада, Великобритания, Германия, Франция, Италия, Япония), а также Израиль и Швейцария (т.е. лучший показатель). У неё соотношение количества тестов (2021 к 2020) составляет 1,22 (рост всего на 22%; при этом всё тот же период: 9-10 месяцев). У Канады и США соответственно 1,51 и 1,68. Далее идут те страны, которые злоупотребляли тестированием: Швейцария (2,34), Израиль (2,46), Италия (2,77). Ну а выше — откровенные манипуляторы: Франция (3,32), Япония (4,33), Германия (4,87) и Великобритания (4,91).
Наращивание тестирования автоматически искажает показатели заболеваемости и летальности. И нередко призвано решить две задачи: (1) замылить данные (особенно при форсировании массовой вакцинации), чтобы сложно было сопоставлять с предыдущими периодами (скрытый фактор искажения), а также (2) банально "разбавить" летальные случаи, чтобы выйти на нужные показатели условной летальности (которая является отношением умерших к выявленным).
==
Но не так уж всё безнадёжно в нашем научном мире. Проф. Алексей Аграновский вполне разумно засомневался.
Процитирую фрагмент статьи в "Вечерней Москве" (22.11.2021)
<< Самоликвидация «дельта»-штамма коронавируса из-за накопления слишком большого количества мутаций в одном из своих неструктурных белков противоречит вирусной эволюции. Если такое действительно возможно, то нужно подождать публикаций ученых по теме в рецензируемых журналах. Такое мнение в беседе с «Вечерней Москвой» высказал профессор кафедры вирусологии биофака МГУ Алексей Аграновский.
— Если новый штамм накопил неблагоприятные для вируса мутации, то каким образом он мог выжить? Этот вопрос остается без ответа. «Плохие» штаммы не выживают, самоликвидация РНК-вируса из-за мутаций противоречит принципам вирусной эволюции, — сказал ученый.
По его словам, если японские коллеги нашли что-то важное, нужно подождать публикаций в рецензируемых журналах, а вот по пересказам СМИ судить об этом трудно. >>
Сергей Нетёсов, молекулярный биолог, доктор биологических наук, профессор, член-корреспондент РАН, заведующий лабораторией биотехнологии и вирусологии Факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, считает очень смелым заявление японских ученых, которые объявили о "самоликвидации" дельта-штамма COVID-19. Об этом он рассказал в в беседе с РЕН ТВ (22.11.2021): "Ну, вы знаете, это первый случай на моей памяти. И мне кажется, что это заявление очень смелое. Я бы подождал еще продолжительное время, чтобы посмотреть, действительно ли он самоликвидируется или он просто перейдет в какой-то другой вариант".
—
По анализу данных рукотворность харакири дельта-штамма в Японии видна во всей своей красе. Невооружённым глазом.
Беда в том, что именно фактор тестирования (количественный и в динамике) напрочь выпал из поля зрения подавляющего большинства экспертов.
А ведь данные доступны. Бери и смотри...