В 1851 году император Николай I сформировал Забайкальское казачье войско, которое включало 6 полков - 3 русских, 1 тунгусский и 2 бурятских. На формирование полков были направлены различные казачьи подразделения и полки. При составлении военных единиц во войске было учтено особое Положение. На момент создания войска в нем числилось около 52000 казаков, а его главной квартирой был назначен город Чита. 21 июня 1851 года было принято Положение о пеших батальонах Забайкальского казачьего войска, которое включало 12 батальонов. Основной задачей войска была охрана границы, но людей для этой задачи не хватало. В 1855 году было решено включить в состав войска вышедших в отставку нижних чинов и вдов семей. В 1856 году часть войска была переселена на Амур и образовала Амурское казачье войско. В 1858 году было решено принять в войско "порочных нижних чинов", но это решение оказалось неудачным, и этих казаков были отчислены. В 1878 году было утверждено новое Положение о воинской повинности, которое определяло состав войска во военное время. В 1895 году некоторые семьи Забайкальских казаков собственной инициативой переехали в Уссурийское казачье войско. В 1895 и 1896 годах в Забайкальском казачьем войске действовало несколько учебных заведений, где учились тысячи людей.
В 1896 году пешие батальоны были преобразованы в конные полки, что позволило выставить 12 казачьих полков в военное время. Основной функцией казаков было охранять границы с Китаем и Монголией, а также выполнять различные служебные задачи, включая охрану объектов, сопровождение миссий и экспедиций за границу, а также выполнение полицейских функций. Забайкальские казаки также участвовали в войнах, экспедициях и выполнении задач в разных регионах, в том числе в Китае и Крымской войне 1853–56 годов. В 1900 году они приняли участие в подавлении восстания "боксеров" в Китае.
В 1903 году была сформирована Забайкальская казачья бригада, а в 1904 году – Забайкальская казачья дивизия в связи с войной с Японией. В начале 1914 года войск в Забайкалье было 132005 человек, из которых 35204 были годными к службе. Казаки буддистского вероисповедания освобождались от служебных обязанностей в религиозные праздники. Во время первой мировой войны Забайкальское казачье войско воевало на Кавказском и Западном фронтах, выставив 12 конных полков, 3 отдельные сотни и 5 казачьих артиллерийских батарей.
В период гражданской войны Забайкальские казаки активно боролись с большевиками, выставив одну казачью дивизию, одну бригаду и несколько отдельных сотен. Они также создали свое военное казачье училище для подготовки офицеров, но после поражения белых, часть казаков ушла в Китай, а часть эмигрировала в другие страны. В результате в 1920 году войско было ликвидировано.