Версия по теории русловых названий(ТРН)
Самоочевидное название, которое прямо перед глазами и никто не видит. Коно-топ, где ТОП не в значении "топить", а "топать". Посмотрим на карту и увидим по реке Езуч (уже подсказка-ездить) заливы в виде гигантских подков, сейчас правда сильно изменены хозяйственной деятельностью, но всё равно узнаваемы.
Рядом с ближайшей к Конотопу "подковой", есть озерцо "Кандыбина", "шкандыбать"- спотыкаться, хромать.
Конотоп- место, где "прошёл" конь и оставил свои следы.