Версия по теории русловых названий(ТРН).
Конечно, официальная версия правильная от слова "подол", "место под горой". Так называли "нижний город" под крепостными стенами, которые обычно делали на искусственной или естественной возвышенности. Но в Подольске нет никакой крепости "на горе" и про это помалкивают, так как здесь равнинное место, к какой "горе" привязать "подол" непонятно. А гора эта- река Пахра!
Изгиб реки Пахры, как видно на фото карты, образует "гору" и "подол" под ней, где и появилось поселение. Типичный русский принцип названия поселения по форме русла.