Версия по теории русловых названий(ТРН).
Никаких особых гор и холмов в этом месте нет. Село названо русским русловым способом. Северная Двина течёт до Холмогор, относительно, одним руслом, у Холмогор сильно разветвляется и на карте русло реки похоже на "холмы и горы".
Холмогоры- "холмы и горы", которые "рисует" река.