Версия по теории русловых названий(ТРН).
Город Лепель находится в Беларуси, на берегу озера Лепель. Озеро названо по своей форме, похожей на "крота".
Лепель(лепень или лупень)- "крот".
Лупень- крот, "лу-пень" буквально "делатель лунных(полукруглых) пней(земляных)". Выражение "что вылупился" означает "пытается рассмотреть", так как кроты слабо видят. Отсюда лупень- тот, кто плохо ориентируется, плохо понимает, что происходит вокруг, это выглядит со стороны, как глупое поведение. Поэтому таких людей называли "лупнями". Исходя из этого, можно сделать вывод, что слово "вылупился" изначально относится именно к кроту, а не к птенцам, вылупившимся из яиц.
Необходимо присмотреться внимательней к городам Лиепая, Лейпциг, с похожими названиями.