Версия по теории русловых названий(ТРН).
Река Нея протекает в Костромской области и впадает в реку Унжа(Уж), статья в списке. Река имеет "буквальное" русловое название, по особенности устья.
Не-я- река впадает в излучину реки Унжа в виде буквы "Я", "отскакивает" от неё, в виде отдельного рукава и снова впадает в Унжу, чуть ниже. То есть впадает в не "Я". Хотя, на данный момент, основной поток воды впадает всё таки в "Я".
Возможен вариант, что река впадает в "Я", но сама буквой "Я" не является, что то вроде юмора предков.
Похожее название со слогом "не" у реки Енисей("я не сею"), статья в списке.