Бактобиота Арабских стран по данным Интернета

Бактобиота Израиля - интерес к отдельным видам
Сергей Розен
                Сергей Розен и Михаил Тер-Казарян

    Если   издавна у ботаников отдельных стран разработана методика  составления  флоры дикорастущих и  интродуцированных высших растений , то у бактериологов  самым доступным методом, если не единственным в настоящее время, является показатель цитируемости конкретных видов по отдельным странам.
     Первый    список видов, изученных     бактериологами Израиля за 50 лет, был составлен  нами в Международном центре биоразнообразия и биотехнологии   в Институте эволюции Хайфского    университета    под руководством    профессоров Эвиатара Нево  и Соломона Вассера (1-2).
      В дальнейшем был составлен список бактерий, имеющих  санитарно-эпидемиологическое и клиническое значение (3-4).  Цель настоящей работы  -  установить цитируемость каждого вида бактерий из этого списка, приведенной  в литературе на английском языке и иврите и отнесенной к Израилю.
        Ниже приведен список 466 видов бактерий, расположенных по алфавиту видовых эпитетов, перед названием приведено число цитирований литературы на английском языке, после названия  -  число цитирований английский язык/иврит. 
        Из общего списка выделены 15 названий, цитированных более десяти тысяч раз, комментарии приведены большей частью по Википедии. Большинство этих видов относится к заболеваниям человека,  но  отчасти к заболеваниям сельскохозяйственных животных, рыб и растений, очистке окружающей среды, биотехнологии  пищевых производств.
        Разумеется, полный диапазон видов бактерий, интересующих бактериологов страны,
раскрывается  в видах, цитируемых менее десяти тысяч раз. Наиболее часто цитируемые виды
лишь определяют направление исследований.
      
 1390  abortus (Brucella)
   77  abscessus   (Mycobacerium)
    3  aceticum (Clostridium)
  336  acetobutylicum (Clostridium)
   35   acidilactici (Pediococcus)
    2   acidipropionici (Propionibacterium)
 1770   acidophilus (Lactobacillus)
    5   acidophilus (Thiobacillus)
 1510   acne (Propionibacterium)
 1260   actinomycetemcomitans (Actinobacillus)
   33   actinomycetemcomitans (Haemophilus)
   48   adolescentis (Bifidobacterium)
  236   aegyptius (Haemophilus)
    1   aerofaciens (Eubacterium)
  225   aerogenes (Enterobacter)
 5690  aeruginosa (Pseudomonas)
    3  aestuarii (Prosthecochloris)
    6  afzelii (Borrelia)
  223  agalactiae (Mycoplasma)
  670  agalactiae (Streptococcus)
   26  agglomerans (Enterobacter)
   28  agglomerans (Pantoea)
    1  agilis (Arthrobacter)
    4  albilineans (Xanthomonas)
    5  albus (Ruminococcus)
   37  alcalifaciens (Providencia)
  101  alcaligenes (Pseudomonas)
  110  alginolyticus (Vibrio)
    0  alni (Frankia)
  185  alvei (Bacillus)
   29  alvei (Hafnia)
    1  alvi (Mycoplasma)
  107  amyloliquefaciens  (Bacillus)
  354  amylovora (Erwinia)
    0  ananatis (Pantoea)
    9  anatipestifer (Riemerella)
   57  anginosus (Streptococcus)
  121  anguillarum (Vibrio)
    3  anisa (Legionella)
  123  anserina (Borrelia)
    1  antarctica (Nocardiopsis)
 2110  anthracis (Bacillus)
    0  anthropi (Achrobacter)
   47  aphrophilus (Haemophilus)
    5  apis (Spiroplasma)
  172  aquaticus (Thermus)
   33  arginini (Mycoplasma)
  906  arizonae (Salmonella)
    1  arthritidis (Mycoplasma)
    1  ascorbata (Kluyvera)
   20  asteroids (Nocardia)
    9  atlantae (Moraxella)
    2  atypica (Veilonella)
    1  aurescens (Arthrobacter)
 9990  aureus (Staphylococcus)
  228  auricularis (Staphylococcus)
  303  ustralis (Rickettsia)
    4  avidinii (Streptomyces)
    1  avidum (Propionibacterium)
  150  avium (Bordetella)
  116  avium (Enterococcus)
 1340  avium (Mycobacterium)
    1  axanthum (Acholeplasma)
   94  bacilliformis (Bartonella)
  132  bacteriovorus (Bdellovibrio)
   28  barkeri (Methanosarcina)
  229  baumannii (Acinetobacter)
    8  beijerinckii (Azotobacter)
    0  bifermantans (Clostridium)
  472  bifidum (Bifidobacterium)
   23  bivia (Prevotella)
 4230  botulinum (Clostridium)
  121  bovis (Actinomyces)
  624  bovis (Mycobacterium)
  144  bovis (Mycoplasma)
  294  bovis (Streptococcus)
    2  bovoculi (Mycoplasma)
  107  boydii    (Shigella)
  114  brasiliensis (Nocardia)
  117  brevis (Bacillus)
  258  bronchiseptica (Bordetella)
    3  buccalis (Leptotrichia)
  781  bulgaricus (Lactobacillus)
  924  burgdorferi  (Borrelia)
 1390  burnetii (Coxiella)
  109  butyricum (Clostridium)
  140  calcoaceticus (Acinetobacter)
  250  campestris (Xanthomonas)
   29  canadensis (Rickettsia)
  343  canis (Brucella)
   82  canis (Ehrlichia)
   57  canis (Pasteurella)
  114  canis (Streptococcus)
  213  capitis (Staphylococcus)
    7  capsulatus (Rhodobacter)
  318  carotovora (Erwinia)
  697  casei (Lactobacillus)
   38  casseliflavus (Enterococcus)
  279  catarrhalis (Branhamella)
 1290  catarrhalis (Moraxella)
    2  caulinodans (Azorhizobium)
   48  caviae (Aeromonas)
    3  celatum (Mycobacterium)
    0  cellulolyticus (Acidothermus)
    1  cellulovorans (Clostridium)
  203  cepacia (Burkholderia)
  150  cepacia (Pseudomonas)
 2910  cereus (Bacillus)
   27  chaffeensis (Ehrlichia)
 4270  cholerae (Vibrio)
  141  choleraesuis (Salmonella)
    3  chromofuscus (Streptomyces)
   27  cichorii (Pseudomonas)
    6  cinaedi (Helicobacter)
   92  citri (Spiroplasma)
  155  citri (Xanthomonas)
  134  clavuligerus (Streptomyces)
    7  cloaceae (Enterobacter)
   31  coelicolor (Streptomyces)
    4  cohni (Staphylococcus)
  2880  coli (Campylobacter)
 11700  coli (Escherichia)
   145  columnaris (Flexibacter)
     8  conori (Rickettsia)
    87  corrodens (Eikenella)
     1  costicola (Salinivibrio)
    95  cremoris (Leuconostoc)
    93  crescentus (Caulobacter)
     2  criceti (Streptococcus)
     0  cuniculi (Moraxella)
    10  curtissi (Mobiluncus)
     3  cutirubrum (Halobacterium)
    34  damsela (Photobacterium)
    57  damsela (Vibrio)
     2  davisae (Cedecea)
     8  denitrificans  (Alcaligenes)
     2  denitrificans (Kingella)
    44  denticola (Prevotella)
    66  denticola (Treponema)
     1  dentocariosa (Rothia)
    73  dextranicum (Leuconostoc)
  2700  difficile (Clostridium)
   352  difficile (Streptococcus)
     1  diminuta (Brevundimonas)
   875  diphtheriae (Corynebacterium)
     6  dispar (Mycoplasma)
     2  dispar (Veillonella)
   159  diversus (Citrobacter)
   543  ducreyi (Haemophilus)
   190  durans (Enterococcus)
   484  dysenteriae (Shigella)
    50  dysgalactiae (Streptococcus)
     0  endodontalis (Porphyromons)
   183  enterica (Salmonella)
   519  enteritidis (Salmonella)
   678  enterocolitica (Yersinia)
  1170  epidermidis (Staphylococcus)
   111  equi (Ehrlichia)
   155  equi (Rhodococcus)
   155  equi (Streptococcus)
    31  equinus (Streptococcus)
    22  eutropha (Ralstonia)
     3  eutrophus (Alcaligenes)
     3  ewingii (Ehrlichia)
     6  exfoliates (Streptomyces)
    53  faecalis (Alcaligenes)
  1220  faecalis (Enterococcus)
    607  faecalis (Streptococcus)
    349  faecium (Enterococcus)
    423  faecium (Streptococcus)
     17  farcinica (Nocardia)
     49  fastidiosa (Xylella)
     83  felis (Afipia)
    201  felis (Chlamydophila)
      9  felis (Haemobartonella)
     26  felis (Helicobacter)
      5  fennelliae (Helicobacter)
     26  fermentans (Mycoplasma)
     13  ermentum (Lactobacillus)
    131  ferrireducens (Rhodoferax)
      1  ferrooxydans (Thiobacillus)
    197  ferus (Streptococcus)
    306  fetus (Campylobacter)
      3  fibrisolvens (Butyrivibrio)
     73  fischeri (Vibrio)
      2  flavescens (Enterococcus)
      6  flavescens (Mycobacterium)
      5  flavescens (Pseudomonas)
      1  flavescens (Ruminococcus)
    247  flexneri (Shigella)
      1  flocculare (Mycoplasma)
      1  floricola (Spiroplasma)
      3  florum (Mesoplasma)
    438  fluorescens (Pseudomonas)
    145  fluvialis (Vibrio)
      2  formicicum (Methanobacterium)
      7  forsythus (Bacteroides)
   1520  fortuitum (Mycobacterium)
    646  fragilis (Bacteroides)
     10  freudenreichii (Propionibacterium)
    179  freundii (Citrobacter)
     33  fulgidus (Archaeoglobus)
      3  fumarii (Pyrolobus)
      6  furnissii (Vibrio)
    103  fusiformis (Bacillus)
     42  gallinarum (Enterococcus)
     41  gallinarum (Streptococcus)
    190  gallisepticum (Mycoplasma)
      3  garinii (Borrelia)
    251  genitalium (Mycoplasma)
      7  gergoviae (Enterobacter)
     57  gingivalis (Bacteroides)
    118  gingivalis (Porphyromonas)
      3  globiformis (Arthrobacter)
     43  glutamicum (Corynebacterium)
  16100  gonorrhoeae (Neisseria)
     25  gracilis (Campylobacter)
    270  granulomatis (Calymmatobacterium)
    118  granulosum (Propionibacterium)
    108  griseus (Streptomyces)
    153  haemolytica (Pasteurella)
     39  haemolyticus  (Haemophilus)
    119  haemolyticus (Staphylococcus)
      7  halobium (Halobacterium)
      1  halobius (Halobacteroides)
      1  halophila (Spirochaeta)
    115  helveticus (Lactobacillus)
    144  henselae (Bartonella)
    165  henselae (Rochalimaea)
     47  herbicola (Erwinia)
      1  herbivorans (Clostridium)
     35  hirae (Enterococcus)
      7  hollisae (Vibrio)
    40  hominis (Cardiobacterium)
   240  hominis (Mycoplasma)
   144  hominis (Staphylococcus)
     2  hungatei (Methanospirillum)
   376  hydrophila (Aeromonas)
     9  hyopneumoniae  (Mycoplasma)
     7  hyorhinis (Mycoplasma)
     4  hyosynoviae (Mycoplasma)
     3  inconstans (Proteus)
   243  infantis  (Bifidobacterium)
  7290  influenzae (Haemophilus)
   138  iniae (Streptococcus)
   122  intermedia (Prevotella)
   142  intermedius (Staphylococcus)
   218  interrogans (Leptospira)
  1620  intracellulare (Mycobacterium)
   128  israeli (Actinomyces)
   975  jejuni (Campylobacter)
    30  kingae (Kingella)
   417  lactis (Bifidobacterium)
  1470  lactis (Lactobacillus)
   250  lactis (Lactococcus)
   149  lactis (Leuconostoc)
   867  lactis (Streptococcus)
    10  lacunata (Moraxella)
    10  lari (Campylobacter)
   279  laterosporus (Bacillus)
   121  leguminosarum (Rhizobium)
     1  leiognathi (Photobacterium)
     4  lentum (Eubacterium)
   468  leprae (Mycobacterium)
     4  lepraemurium (Mycobacterium)
   258  licheniformis (Bacillus)
     2  limicola (Chlorobium)
    76  linens (Brevibacterium)
    31  liquefaciens (Serratia)
   191  longum (Bifidobacterium)
    10  luminescens (Photohabdus)
    52  lupini (Rhizobium)
     9  luteola (Chryseomonas)
   125  luteus (Micrococcus)
     2  magnus (Peptostreptococcus)
   195  mallei (Burkholderia)
   121  mallei (Pseudomonas)
     1  malodoratus (Enterococcus)
  1870  maltophilia (Stenotrophomonas)
     9  maltophilia (Xanthomonas)
   727  marcescens (Serratia)
    57  marginale (Anaplasma)
   162  marinum (Mycobacterium)
     1  marinus (Staphylothermus)
     1  maritime (Thermotoga)
     1  mechnikovii (Vibrio)
     1  mediterranei (Nocardia)
   210  megaterium (Bacillus)
     6  melaninogenica   (Prevotella)
   185  melaninogenicus   (Bacteroides)
   131  meleagridis (Mycoplasma)
   331  meliloti (Rhizobium)
   273  meliloti (Sinorhizobium)
  1380  melitensis (Brucella)
     1  melliferum (Spiroplasma)
   245  meningitides (Neisseria)
     5  meningosepticum  (Chryseobacterium)
     8  meningosepticum (Flavobacterium)
   111  mesenteroides (Leuconostoc)
     2  methylotrophus  (Methylophilus)
     6  michiganense (Corynebacterium)
   144  michiganensis (Clavibacter)
    25  micros (Peptostreptococcus)
    33  mimicus (Vibrio)
   915  minutissimum (Corynebacterium)
  1520  mirabilis (Proteus)
     0  mirum ((Spiroplasma)
    138  mitis (Streptococcus)
    483  mobile (Mycoplasma)
      2  mobilis (Nitrococcus)
     26  mobilis (Zymomonas)
    112  moniliformis (Streptobacillus)
   2520  monocytogenes (Listeria)
    334  morganii (Morganella)
    168  morganii (Proteus)
      2  mortiferum (Fusobacterium)
      3  mucilaginosus (Stomatococcus)
    163  mucosa (Neisseria)
      2  mulieris (Mobiluncus)
      9  multiforme (Eubacterium)
    111  multiforme (Microbacterium)
      1 multivorum (Flavobacterium)
    680  multocida (Pasteurella)
      5  muridarum (Chlamydia)
      4  muris (Mycoplasma)
   3740  mutans (Streptococcus)
    132  mycoides (Bacillus)
    319  mycoides (Mycoplasma)
    156  naeslundii (Actinomyces)
     92  namibiensis (Thiomargarita)
    243  necrophorum (Fusobacterium)
      1  neurolyticum (Mycoplasma)
     78  niger (Peptococcus)
      3  nodosus (Dichelobacter)
      2  nonliquefaciens  (Moraxella)
      4  nova (Nocardia)
    254  nucleatum (Fusobacterium)
      0  obscurus (Geodermatophilus)
      3  ochracea (Capnocytophaga)
      1  odoratus (Myroides)
    124  orale (Prevotella)
      9  oralis (Mycoplasma)
     72  oralis (Streptococcus)
      1  orleanensis (Acetobacter)
      9  oryzihabitans (Flavimonas)
     65  ovatus (Bacteroides)
    109  ovis (Brucella)
      2  ovis (Eperythrozoon)
      8  ovis (Moraxella)
      1  oxydans (Arthrobacter)
      8  oxydans (Gluconobacter)
    128  oxytoca (Klebsiella)
     74  ozaenae (Klebsiella)
    2090 pallidum (Treponema)
      2  palustris (Rhodopseudomonas)
    112  paragallinarum  (Haemophilus)
    109  parahaemolyticus  (Haemophilus)
    350  parahaemolyticus   (Vibrio)
    351  parainfluenzae  (Haemophilus)
     94  parapertussis  (Bordetella)
      1  paraputrificum  (Clostridium)
    274  paratuberculosis   (Mycobacterium)
    457  paratyphi (Salmonella)
      2  parvula (Veilonella)
      4  parvullus (Streptomyce
      1 parvulum (Atopobium)
      9  parvum (Ureaplasma)
    102  pasteurianum (Clostridium)
      2  penetrans (Mycoplasma)
      1  pentosaceus (Peptostreptococcus)
      1  perflava (Neisseria)
   1630  perfringens (Clostridium)
    143  pertenue (Treponema)
   1250  pertussis (Bordetella)
   1420  pestis (Yersinia)
      2  phaeobacteroides  (Chlorobium)
      3  phagocytophila  (Ehrlichia)
     29  phagocytophilum  (Anaplasma)
      0  pharaonis (Natronomonas)
    207  phaseoli (Rhizobium)
    133  phaseoli (Xanthomonas)
      0  phenylpyruvica  (Moraxella)
     29  phlei (Mycobacterium)
      1  pirum (Mycoplasma)
      1  piscium (Lactococcus)
    605  plantarum (Lactobacillus)
      4  pleistocenium (Carnobacterium)
     80  pleuropneumoniae  (Actinobacillus)
      1  plutonius (Melissococcus)
   4550  pneumoniae (Chlamydia)
    134  pneumoniae (Chlamydophila)
   2350  pneumoniae (Klebsiella)
   2570  pneumoniae (Mycoplasma)
  18900  pneumoniae (Streptococcus)
    498  pneumophila (Legionella)
      8  pneumosintes (Dialister)
      2  polymorpha (Sporichthya)
    209  polymyxa (Bacillus)
      1  praevalens (Haloanaerobium)
      1  primatum (Mycoplasma)
      3  productus (Ruminococcus)
      4  propionicum (Propionibacterium)
      1  proteus (Obesumbacterium)
      0  prowazekii (Rickettsia)
      1  pseudobrasiliensis  (Nocardia)
    135  pseudomallei   (Burkholderia)
     96  pseudomallei  (Pseudomonas)
    151  pseudotuberculosis  (Corynebacterium)
    158  pseudotuberculosis (Yersinia)
    541  psittaci (Chlamydia)
    242  psittaci (Chlamydophila)
      7  pulmonis (Mycoplasma)
     91  pumilus (Bacillus)
    117  punctata (Aeromonas)
    133  purpurea (Micromonospora)
    122  putida (Pseudomonas)
      8  putrefaciens (Mycoplasma)
      8  putrefaciens (Shewanella)
    413  pylori (Campylobacter)
  27000  pylori (Helicobacter)
     61  pyogenes (Arcanobacterium)
   2250  pyogenes (Streptococcus)
    118  quintana (Bartonella)
      5  quintana (Rochalimaea)
    144  radiobacter (Agrobacterium)
     21  radiobacter (Rhizobium)
      1  radioresistens     (Acinetobacter)
      8  ratti (Streptococcus)
      0  recta (Wolinella)
      1  rectivirgula (Saccharopolyspora)
    484  rectum (Clostridium)
     23  rectus (Campylobacter)
    148  recurrentis (Borrelia)
    211  renale (Corynebacterium)
    203  rettgeri (Proteus)
    203  rettgeri (Providencia)
    435  rhamnosus (Lactobacillus)
    121  rhinoscleromatis  (Klebsiella)
     64  rhinotracheale (Ornithobacterium)
    211  rhusiopathiae (Erysipelothrix)
    836  rickettsii (Rickettsia)
      2  roseopersicina (Thiocapsa)
     60  roseus (Micrococcus)
      5  rubidaea    (Serratia)
      31  rubrum (Rhodospirillum)
      47  ruminantium (Cowdria)
       4  ruminicola (Prevotella)
       1  saccharobutylicum  (Clostridium)
       9  saccharovorum   (Halorubrum)
      44  salinarum (Halobacterium)
       5  salivarium (Mycoplasma)
     131  salivarius (Lactobacillus)
     202  salivarius (Streptococcus)
     141  salmonicida   (Aeromonas)
       1  salmoninarum   (Vagococcus)
     101  sanguinis (Streptococcus)
     580  saprophyticus (Staphylococcus)
       4  scabiei (Streptomyces)
      39  scrofulaceum (Mycoplasma)
      10  sepedonicum (Corynebacterium)
      91  septicum (Clostridium)
      55  shigelloides (Plesiomonas)
       2  sibirica (Rickettsia)
      26  sicca (Neisseria)
       2  sicca (Nocardia)
       1  simplex (Arthrobacter)
       1  simplex  (Nocardioides)
      66  simulans (Staphylococcus)
    2390  smegmatis (Mycobacterium)
      62  sobria (Aeromonas)
      44  sobrinus (Streptococcus)
      25  solanacearum  (Burkholderia)
     153  solanacearum (Pseudomonas)
     118  solanacearum (Ralstonia)
       2  solitarius (Enterococcus)
     249  sonnei (Shigella)
     163  sphaericus (Bacillus)
      10  sphaeroides (Rhodobacter)
     192  sporogenes (Clostridium)
     205  stearothermophilus  (Bacillus)
       8  striatum (Corynebacterium)
      71  stuartii (Providencia)
       0  sualvi (Mycoplasma)
       3  subflava (Neisseria)
       7  suboxydans (Gluconobacter)
    2670  subtilis (Bacillus)
       5  succinogenes (Fibrobacter)
      35  suis (Actinobacillus)
     759  suis (Brucella)
     177  suis (Chlamydia)
       1  suis (Eperythrozoon)
     284  suis (Streptococcus)
     108  synoviae (Mycoplasma)
     546  syringae (Pseudomonas)
      88  tarda (Edwardsiella)
      79  taylorae (Enterobacter)
    1780  tetani (Clostridium)
       5  thermoaceticum  (Clostridium)
       5  thermoautotrophicum (Methanobacterium)
       9  thermocellum (Clostridium)
       0  thermohalophilum  (Dichotomicrobium)
       0  thermohydrosulfuricum  (Thermoanaerobacter)
    2480  thermophilus (Streptococcus)
     114  thermophilus (Thermus)
       1  thiooxydans (Thiobacillus)
       0  thiopara (Thermothrix)
    1380  thuringiensis (Bacillus)
    6590  trachomatis (Chlamydia)
       4  transvalensis (Nocardia)
      92  trifolii (Rhizobium)
     117  tsutsugamushi (Orientia)
     131  tsutsugamushi (Rickettsia)
    5030  tuberculosis (Mycobacterium)
     285  tularensis (Francisella)
     894  tumefaciens (Agrobacterium)
     145  typhi (Rickettsia)
    1930  typhi (Salmonella)
    1250  typhimurium (Salmonella)
     115  uberis (Streptococcus)
     285  ulcerans (Corynebacterium)
       9  uniformis (Bacteroides)
     116  urealyticum (Corynebacterium)
       7  urealyticum (Ureaplasma)
     883  vaginalis (Gardnerella)
     196  vaginalis (Haemophilus)
       4  varium (Fusobacterium)
       3  ventriculi (Sarcina)
      10  vesicularis  (Pseudomonas)
      60  vinelandii (Azotobacter)
      43  violaceum (Chromobacterium)
       5  violaceus (Streptomyces)
      71  viridans (Aerococcus)
       1  virosa (Weeksella)
     128  viscosus (Actinomyces)
      10  vitis (Agrobacterium)
     692  vulgaris (Proteus)
       3  vulgaris (Thermoactinomyces)
      25  vulgatus (Bacteroides)
       8  vulneris (Escherichia)
    1150  vulnificus (Vibrio)
      50  xerosis (Corynebacterium)
       2  xylinus (Acetobacter)
      64  xylosus (Staphylococcus)
       1  zoohelcum (Bergeyella)