Международная реформа в бактериологии 1980 года

   1. ПРОЕКТ МЕЖДУНАРОДНОГО КОДЕКСА НОМЕНКЛАТУРЫ БАКТЕРИЙ.Ереван, 1974. Перевод с англ. С.Ш.Тер-Казарьяна и С.Л.Пашаряна, отв ред. акад.ВАСХНИЛ Я.Р.Коваленко
Предисловие,с.5-9. - На обороте титульного листа: НАВСТРЕЧУ  ПЯТОМУ СЪЕЗДУ ВСЕСОЮЗНОГО  МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОГО ОБЩЕСТВА (ЕРЕВАН, июнь 1975)

    Proposed revision of the international code of nomenclature of bacteria. Washington, 1973.

   В настоящее время известно более миллиона видов растений, животных и микроорганизмов. Каждый из этих видов должен иметь одно правильное название, а имеет нередко несколько. Какие из них правильные, законные, какие - нет? Практика систематизации   видового многообразия флоры и фауны мира привела к необходимости составления кодексов номенклатуры, регламентирующих правила создания новых и оценки существующих названий. Первый зоологический кодекс (т.н. "стриклендов") был разработан комиссией, в состав которой входил Ч.Дарвин; первый ботанический кодекс ("парижский") был предложен в 1867 г.

   Несмотря на то, что необходимость опубликования на русском языке международных правил биологической номенклатуры стала очевидной уже после того, как на втором международном зоологическом конгрессе в Москве в 1892 году были приняты правила зоологической номенклатуры, первое ознакомление нашей научной общественности с международными правилами биологической номенклатуры относятся лишь к 1811 году, когда В.Ф.Ошанин опубликовал перевод "венских" ботанических и "парижских" зоологических правил номенклатуры.

   В дальнейшем международные кодексы издавались в переводе  на русский язык ещё несколько раз. Так, ботанические правила "бриттония" были опубликованы А.А.Гроссгеймом и Б.К.Шишкиным в 1949 году, "парижский ботанический кодекс" - Б.К.Шишкиным и И.А.Линческим в 1959 году, "лондонский" зоологический кодекс - В.Н.Световидовым и Я.И.Старобогатовым в 1966 и В.Г.Гептнером - в 1971  году.


   Издавались у нас и проекты кодексов. Так, "стокгольмский" кодекс был принят на ботаническом конгрессе в 1950 г.Б а в 1952 г. в русском переводе был опубликован проект этого кодекса, а не сам кодекс, в связи с тем, что выход утверждённого текста кодекса задерживался.

   Микробиологи пользовались  ботаническим кодексом, так как бактерии относили к царству растений. Своеобразие бактерий требовало создание специального кодекса, который был опубликован в 1958 г., затем - в новой редакции кодекс микробиологический номенклатуры был принят на 9 международном микробиологическом конгрессе в Москве (1966); кодекс был ещё в значительной степени сложным, и это мешало широкому его использованию. Эти недостатки в значительной степени преодолены в новом кодексе,  подготовленном редакционной комиссией под председательством С.П. Лапажа (1973) (International journal of systematic bacteriology. 1973, v.23 N4 p.83-110), и вполне назрела необходимость опубликования первого перевода микробиологического кодекса на русском языке. Такая необходимость особенно ощущалась в свете задач, направленных к наведению порядка в систематике биологических объектов (акад. А.Л.Тахтаджян, 1971). Перевод был тем более необходим, что в информации о статье Лапажа и др. (РЖ Биология 1983  IIБ450) указывалось, это - "предложение о пересмотре международного кода номенклатуры бактерий", а не сам кодекс. С необходимостью наличия  перевода кодекса микробиологи сталкиваются всякий раз, когда появляется необходимость подвести итоги достижениям отечественной микробиологии  по  систематике и номенклатуре той или иной группы бактерий.

   Новый кодекс призван упростить правила номенклатуры с целью более широкого применения среди микробиологов. В кодексе, как указывается в предисловии к проекту, предусматриваются следующие наиболее существенные изменения:
   1.Новые названия и комбинации должны публиковаться в International journal of systematic bacteriology (МЖСБ), если жестатья опубликована в другом месте, уведомление об этом должно быть направлено в МЖСБ.
   2.Описание или ссылка на ранее и эффективно опубликованное описание должно быть включено в статью, направляемую в МЖСБ.
   3.В статье должен быть приведен типовой штамм, которому дается название.
   4.Рекомендуется, чтобы описание таксона, которому дается название, содержало по крайней мере минимальный набор признаков; списки минимальных наборов признаков для каждого таксона будут составлены и опубликованы.
   5.Рекомендуется также, чтобы культура типового штамма вновь наименованного вида или подвида направлялась в ьузей бактериальных культур, из которого она может быть получена.

   Кодекс открывает наступление новой эры в микробиологии - времени небывалого упорядочения номенклатурного хаоса, создававшегося в течение двух столетий. вводится новая исходная дата (1 января 1980 г. вместо 1 мая 1753 г), чтобы дать практике более реальные требования для действительного опубликования названий. Для названий, опубликованных до 1 января 1980 г., будут составлены "Одобренные списки названий бактерий". В списки будут помещены названия только тех бактерий, которые адекватно описаны и у которых имеется типовой или неотипный штамм. При определении приоритета после этой даты будут приниматься во внимание только те названия, которые появятся в "Одобренных списках" или будут  действительно опубликованы в МЖСБ после 1 января 1980 г. Таким образом, больше не нужно будет производить интенсивные, чрезвычайно трудоёмкие литературные поиски лишь для     цели выявления наиболее раннего названия, которое использовано для бактериологического таксона. Наиболее важно, однако, то обстоятельство, что после 1 января 1980 г. действительно опубликованные названия бактерий будут иметь ясное и четкое употребление, так как названия будут сведены с адекватном описанием и типовым или неотипным штаммом.

   Указатель основных понятий расширен в несколько раз по сравнению с английским текстом. Мы полагаем, что это оправдано, так как бактериологам предоставляется возможность быстро разыскивать ответы на любые вопросы, освещенные в кодексе. Оглавление и краткий указатель не дают возможность быстро навести исчерпывающую справку по какому-либо конкретному вопросу, волнующему в данный момент данного работника, а предварительное ознакомление со всем кодексом не дает возможности держать в памяти все возможные случаи. Расширенный указатель должен повысить эффективность использования данного кодекса в практической работе специалистов.

   Кодекс рекомендует обращаться за разъяснением номенклатурных терминов к книге Кауана, и поскольку американскому и английскому читателю эта книга доступна, не было необходимости издавать ее вновь вместе с кодексом. Пока эта превосходная книга не издана у нас в переводе, она недоступна большинству специалистов, и редакторы чочли необходимым одновременно с  переводом кодекса опубликовать и краткий словарь номенклатурных терминов, в котором широко использовалась небольшая часть богатейшего материала Кауана;   данный словарь дополнен сведениями , которые представляют интерес для советских научных работ ников. Ряд статей словаря будет особенно полезен для нашей научной молодежи, студентам.
   
   В качестве примера применения кодекса при подведении итогов изучения одной из групп бактерий приведено добавление - "Материалы к определителю молочнокислых бактерий микрофлоры СССР". Перечень видов и подвидов,обнаруженных в стране, и синонимов, примененных в нашей литературе, несомненно будет способствовать более полному использованию тех богатств, которые накоплены отечественной наукой   по данной группе бактерий почти за сто лет. Учёт количества идентифицированных в стране штаммов и процента штаммов, имеющих то или иное идентификационное свойство, свидетельствует о том,что эти подсчёты возможны даже для такой обширной группы, какой являются молочнокислые бактерии. К материалам приложены сведения об инфраподвидовых таксонах, обнаруженных у видов и подвидов этой группы бактерий; как правило, здесь приводятся скорее примеры, чем исчерпывающие сведения о всех таксонах в хронологическом порядке их обнаружения, однако это первый шаг в указанном направлении. Было бы желательно, чтобы подобная работа была проделана и в отношении остальных групп бактерий, особенно тех, которые имеют народохозяйственное значение. Мы просим читателей подвергнуть эту часть работы особенно тщательному разбору с тем, чтобы предупредить появление возможных недочётов в определителях как молочнокислых, так и других групп бактерий.

   Мы надеемся, что широкие круги микробиологов с большим удовольствием встретят настоящее издание перевода кодекса. Предстоит большая работа по выявлению и оценке всех опубликованных в нашей стране новых названий бактерий для обнаружения всего ценного и защиты возможного приоритета в международных организациях, и времени для этого осталось мало. Без точного определения того, что кроется за каждым названием бактерии, невозможна плодотворная деятельность микробиологов, ибо видовое название бактерии в значительной степени определяет её свойства.

   Для того, чтобы название бактерии соответствовало  определенному её виду со специфическими свойствами,  необходимы по крайней мере два условия:во-первых, следует употреблять лишь те названия, соторые соответствуют правилам кодекса, во-вторых, идентификация должна проводиться по общепринятой стандартной схеме.Последняя представлена в только что опубликованным 8-м издани определителя Берги. Однако использовать схемы определителя в полной мере возможно лишь в том случае, если работники бактериологических лабораторий будут располагать наборами химических реактивов, предназначенных для идентификации той или иной группы бактерий. Для разработки  аких наборов необходим тесный союз работников химической промышленности и микробиологов. Мы можем, кстати, опираться на опыт наших друзей в ГДР, когда работники фармацевтического завода в Дрездене в сотрудничестве  с сотрудниками университета им. Гумбольта в Берлине разработали такие наборы реактивов,которые дали возможность небольшим клиническим лабораториям проводить ранее недоступные анализы.

   Два ереванских учреждения - зооветеринарный институт и завод химических реактивов - составили "Форму заявки о потребности  НИИ и ВУЗов в наборах реактивов в н аборах реактивов для идентификации отдельных групп бактерий. Мы надеемся, что буквально все микробиологические подразделения пришлют заявки, которые просты по структуре.

   Своевременное ознакомление микробиологов с настоящим кодексом и организация выпуска наборов реактивов несомненно явятся одной из важнейших предпосылок успешного внедрения в жизнь достижений биологической науки в тех областях народного хозяйства, которые обслуживает промышленная, сельскохозяйственная, медицинская и ветеринарная микробиология.

   Отзывы на перевод кодекса, толковый словарь, материалы к определителю молочнокислых бактерий просим присылать по адресу: 375025, Ереван-25, ул. Налбандяна, 128, Ерзооветинститут, учёному секретарю.

   Академик ВАСХНИЛ Я.Р.Коваленко, профессора В.И.Полтев, З.Х.Диланян, Г.А.Шакарян.  20 декабря 1974 года.

    2.ЭНЦИКЛОПЕДИЯ ВИДОВ БАКТЕРИЙ ЗЕМНОГО ШАРА. Академики ВАСХНИЛ Г.С.Муромцев, Я.Р.Коваленко, проф. В.И.Полтев, к.б.н. С.Ш.Тер-Казарьян //Вестник  сельскохозяйственной науки, 1975, № 11, с. 149-150.

Bergey's manual of determinative bacteriology. Eighth edition. Baltimore, 1974.

  Вышло в свет восьмое издание широко изветного руководства Берджи для определения систематической принадлежности бактерий, не переиздававшегося уже 17 лет. В нём описаны почти 3000 видов, относящихся к 250 родов, и около 5000 синонимов. Описание каждого таксона - сжатая энциклопедия знания о культуральных, физиологических, серологических  и иных свойствах вида и других таксономических категорий. В тех случаях, когда признаки видов и родов представлены в таблице, значки + и - имеют особое значение:они ставятся  только тогда, когда признак имеется (или отсутствует) в 90-100% случаев. Появилась возможность строить идентификационные тесты на признаках, наиболее постоянных и надёжных. Издание иллюстрировано более чем 300 фотографиями, выполненными в светлом и темном поле, в фазовом контрасте, с помощью электронной микроскопии, приведено около 100 схематических изображений бактерий, что оказывает значительную помощь для понимания сведений о тех или иных бактериях. В руководстве - более 5 тысяч литературных ссылок, практически - это и библиографический справочник. Несмотря на довольно большой объем - 1246 стр., книга компактно благодаря хорошому полиграфическому исполнению.

   В составлении руководства приняли участие 128 авторов из многих стран - Австралии,Англии, Бельгии, ГДР, Голландии, Дании, Италии, Канады, Новой Зеландии, СССР, США, ФРГ, Франции, Чехословакии, Швеции и Японии.  Сбываются слова Л.Пастера о том, что народы найдут общий язык не для уничтожения, а для созидания. Подобное сотрудничество в создании капитальных руководств, равно необходимых для микробиологов всех стран - прекрасный пример международного сотрудничества в области науки.

   На практике это выражается, например, в том, что ученые одной страны дают названия бактериям в честь ученого другой страны. Так, американские ученые Бьюкэнен и др. отметили заслуги С.Н.Виноградского в видовом названии winogradskyi, а нидерландцы Мюллер и Ван Веен в 1963 г. почтили память советского микробиолога Н.Г.Холодного  также видовым названием cholodnii. Советские ученые, в свою очередь, отметили заслуги иностранных исследователей. М.Д.Мошковский в 1945 г. назвал в честь немецкого бактериолога Эрлиха (знаменательно, что это было в год победы над фашистской Германией), а Г.А.Заварзин в 1964 г. - в честь американского исследователя Хенрици.

    Советским ученым принадлежит большая роль как в создании данного руководства, так и в описании новых таксонов, приведенных в нем. из14 редакционных советов в четырех работали советские ученые В.М.Жданов (совет № 14), Е.Н.Кондратьева (№11), Г.А.Заварзин (№№3 и 12).  Описания 14  родов составлены Т.В.Аристовской и Г.А.Заварзиным; последним охарактеризовано одно из семейств. Многие иллюст рации предоставлены советскими авторами - Аристовской, заварзиным, Перфильевым, Габе, Гальпериной, Рабиновичем, Сапотницкким, Трошановым.

    В руководство включено значительное количество таксонов, описанных впервые отечественной наукой. 26 видов и 16 родов охврактеризованы Виноградским, Мечниковым, Омелянским, Ценковским, Надсоном, Шевяковым, Вислоухом.

    В руководстве широко освещено развитие микробиологии в нашей стране: если в 20-е годы нашими учеными было описано три новых вида, в 30-е - шесть, в 40-е - 14, то в 50-е уже 57, а в 60-е - 84; за этот период описано также около 20 новых родов.

    В списке литературы - около 25 ссылок на отечественные работы дореволюционного периода и 160 - советских ученых. Таким образом, новое издани е широко пропагандирует достижения отечественных микробиологов в описании новых таксонов, приводит конкретные данные о росте научных исследований в нашей стране, знакомит мировую общественность с учеными Советского Союза.

    В книге дается четкое представление о систематическом положении бактерий в живой природе. Царство прокариотов (организмов, не имеющих ядерной одолочки) - третье царство живой природы (помимо царств растений и животных). Согласно современному представлению, бактерии уже не относят к растениям. Прокариоты делятся на два отдела - фототрофные бактерии (фотобактерии) и прокариоты, индифферентные к свету (скотобактерии). Первый отдел состоит из трех классов фотобактерий - синезеленых (рассматриваются в других руководствах среди водорослей), красных и зеленых. Второй делится на три класса: в первый входят "обычные" бактерии, во второй - облигатные внутриклеточные скотобактерии в эукариотной клетке (риккетсии) и в третий - скотобактерии без клеточных оболочек (Mollicutes).

    Первый класс второго отдела ("обычные" бактерии) в свою очередь делится на порядки миксобактерий, спирохет и актиномицетов. Остальные бактерии не отнесены к какому-нибудь порядку, а лишь к семейству и даже роду. Тем самым подчеркивается, что существующие до настоящего времени  построения основаны на недостаточной информации и необходимы дальнейшие исследования для разработки определенной системы. Думается, что такая "недоработанность" руководства - не слабое его место, а сильное.Это нацеливает исследователей на изучение тех задач систематики, которые пока не решены.

    Следует особо подчеркнуть, что данное руководство - определитель бактерий, и что вопросы классификации выше рода и тем более филогения бактерий прямого отношения к задачам книги не имеет. Это обстоятельство отражено в построении кни ги, состоящей из 19 частей, о не разделов, соответствующих систематическим единицам. Этим еще раз подчеркивается, что авторы не ставили целью провести окончательную филогенетическую классификацию бактерий. Задача была более скромная - дать возможность исследователю идентифицировать изучаемую культуру, то есть отнести ее к какому-либо уже известному виду бактерий.

     В руководстве предусмотрено два подхода к определению рода. Обычные ключи имеются во всех 19 частях, однако, к сожалению, в ряде случаев они не доведены до конца и не потому, что уровень наших знаний недостаточен. Например, во второй части (скользящие бактерии) не  приведено первоначальное деление на порядки, хотя из текста легко усматривается, что первый из них характеризуется образованием плодовых тел,второй - их отсутствие. Не дан ключ для родов семейства Leucotrichaceae, хотя опять-таки из описания видно, что в первом отсутствуют капельки серы внутри клеток, во втором - наличинствуют. В части 14 (грамположительные кокки) не дан ключ к семействам, хотя по тексту он может быть легко составлен. По-видимому, такие ключи могут быть даны во всех случаях, хотя для этого необходимо проделать определенную работу, которая под силу любому специалисту даже сейчас, когда руководство уже опубликовано.

     Несколько сглаживает эту недоработку скерменовский ключ, позволяющий идентифицировать любую бактерию до рода. Ключ Скермана может оказаться незаменимым для классов и родов, в отношении которых указано, что они не имеют определенного систематического положения.

     Есть в книге и другие недочеты. Здесь приводится неправильная, на наш взгляд, точка зрения, что название Lactobacillus caucasicus должно быть отвергнуто, в то время как его должно носить термобактерия,именуемая в настоящее время Lactobacillus lactis. Автор одной из частей не счел возможным охарактеризовать отношения между пастеровской и целлобиозной палочками.

     Данное руководство - подведение итогов сделанного к настоящему времени мировой науки в области изучения бактерий. Оно станет настольной книгой любого микробиолога. После появления ее пришло время начать работу по составлению "Флоры прокариотов СССР".

   


 3.МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОДЕКС НОМЕНКЛАТУРЫ БАКТЕРИЙ. Москва, Наука, 1978. Перевод с английского С.Ш.Тер-Казарьяна при участии И.М.Кержнера.

International code of nomenclature of bacteria,  1975

Примечания переводчиков.
К титульному листу. На титульном листе английского издания указано, что оно опубликовано в 1975 году и что это -"Бактериологический кодекс пересмотренного издания 1976 года", но в таком сочетании эти даты несовместимы. Однако в Правиле 1а отмечается, что это - Бактериологический кодекс в редакции 1975 года и что он будет применяться с 1 января 1976 года (С.Т.-К.)

К стр.34. Первоначально предполагалось, что датой, с которой Кодекс станет эффективным, явится дата его опубликования, но затем было решено, что целесообразнее будет ввести в действие со следующего года после опубликования, чтобы дать возможность бактериологам ознакомиться с Кодексом (С.Т.-К.)

К стр. 39. Независимость номенклатуры. По мере того, как  информация о существующих названиях растений и животных становится все более и более доступной, появляется возможность не давать бактериям названий, уже имеющихся в биологии. Теперешняя "независимость " номенклатур - показатель трудностей, с которыми сталкиваются биологи, и техника с ее запоминающими машинами может прийти в свое время на помощь(С.Т.-К.)

К стр. 55. Введение понятия "законность" в Бактериологический кодекс особенно примечательно в связи с неустойчивостью этого понятия            в кодексах биологической номенклатуры (в зоологическом его нет, в ботаническом - имеется, но его формулировка расплывчата); к сожалению, необходимость этого не обсуждается в чрезвычайно интересных материалах, раскрывающих историю создания настоящего Кодекса (И.К. и С.Т.-К.)

К стр. 73. В Правиле 48 указано, что "если ранг таксона между родом и порядком изменяется, основа названия должна быть сохранена и только суффикс изменяется". НО, согласно Правилу 9, соответствующий суффикс добавляется к основе названия типового рода, а не подрода. Здесь  явная опечатка, и все правило относится к таксонам выше рода и до порядка включительно (И.К.)

К стр. 21-22, 27-29, 35, 86-87, 89-90: библиография. Библиографическое описание книг и многотомных изданий в Приложении 3 не приведено по определенному плану, в одном описании отсутствует один жэлемент, в другом - другой. Пояснения даются не в конце библиографической записи, а по ходу ее. Послежовательность описания в нашей стране принята иной, в связи с чем и в данном приложении, и в библиографии разделов, предшествующих самому Кодексу, произведен ряд незначительных изменений (С.Т.-К.)

К стр. 134. В Приложении 10 отмечается, что из двух возможных наименований понятия "внутриподвидовые подразделения" -infrasubspecific subdivision  и   infrasubspecific division - рекомендуется первое, так как при использовании второго варианта возможно смешать с  division отдел (Царства растений). Но в ботанической номенклатуре имеется и термин subdivision - подотдел, так что по логике авторов и этот термин не рекомендуется использовать. В связи с этим соответствующая фраза в русском переводе не приводится (И.К.)




    4.КРАТКИЙ ОПРЕДЕЛИТЕЛЬ БАКТЕРИЙ БЕРГИ. Москва, Мир, 1980. Перевод с англ. С.Ш.Тер-Казарьяна. Ред.чл.-корр АН СССР Г.А.Заварзин

 Shorter Bergey manual of determinative bacteriology, Williams and Wilknis  Company, 1977

Аннотация. Сокращенный и несколько измененный вариант   широко известного "Определителя Берги", отражающего коллективный опыт более чем 200 компетентных зарубежных и советских специалистов-микробиологов. В настоящее издание  включены материалы по идентификации наиболее распространенных и важных   в практическом отношении групп бактерий, в том числе патогенных для животных и человека. Эти материалы представлены в виде описаний, ключей и таблиц, в которых указаны признаки различных микроорганизмов. Предназначена для специалистов, работающих во всех областях микробиологии.

Из предисловия оригинала. Может случиться, вам не удастся идентифицировать изолят по информации, содержащейся в "Определителе", не отчаивайтесь, но и не считайте сразу же, что вы выделили новый вид; многие затруднения в классификации   и номенклатуре микробов возникли потому, что люди делали преждевременные выводы. Помните, что описания в определителе основаны на "принципе большинства" (свойствах большинства штаммов): здесь приводятся реакции, которые, по мнению хорошо знакомых с ними лиц, служат характерными признаками видов; в связи с этим редакторы чаще всего - но, увы, не всегда - вычеркивали такие слова, как "обычно", "как правило", или "иногда", которые часто затуманивают описания видов.Если вы не смогли идентифицировать вашу культуру, убедитесь, 1) что она чистая, 2)что вы применили надлежащие тесты, 3) что ваши методы удовлетворительны (необходимость в специальных методах подчеркивается в некоторых местах книги; один из способов обеспечить уверенность в работе - включить в ваши опыты заведомо известную контрольную культуру) и 4) что вы правильно использовали различные ключи и таблицы руководства. Было отмечено, что наиболее частые случаи ошибочной идентификации бактерий - это ошибки в определении формы, реакции по Граму и подвижности. В большинстве случаев вы без особого труда отнесете вашу культуру к определенному роду; отнесение  к виду или подвиду может потребовать помощи специализированной лаборатории.

   5.ОДОБРЕННЫЕ СПИСКИ НАЗВАНИЙ БАКТЕРИЙ. Ереван, изд-во Айастан, 1982. Факсимильное издание. Подготовил С.Ш.Тер-Казарьян. -  Севанский национальный парк.

   Approved lists of bacterial names //International  journal of systematic bacteriology, 1980, v 30, p. 225-240.

  ПРЕДИСЛОВИЕ К РУССКОМУ ИЗДАНИЮ