Коротко о номенклатурной реформе в бактериологии

    1.Предисловие к "Проекту Международного кодекса номенклатуры  бактерий"
 
 Во второй половине позапрошлого века стали разрабатываться кодексы номенклатуры растений и животных, так как стало ясно, что без твёрдых правил составления и использования названий невозможно разобраться в миллионах видов растений и животных, населяющих Землю. Так как бактерии относят к растениям (Горленко М.В., 1981), то бактериологи должны были пользоваться кодексами ботанической номенклатуры, которые в нашей стране издавались 8 раз (Межд.кодекс бот.ном., 1974), неоднократно издавались и кодексы зоологической номенклатуры (Межд. кодекс зоол. ном., 1966).

   Поскольку бактерии в системе биологических объектов занимают особое место, было неясно, можно ли пользоваться кодексом номенклатуры растений для наведения порядка в номенклатуре бактерий. Это отрицательное отношение к кодексу ботанической номенклатуры со стороны бактериологов было настолько сильным, что оно по инерции продолжалось и некоторое время после того, как был разработан специальный кодекс, учитывающий особенности бактерий. Кодекс  интересен тем, что на основе его требований составляются практические руководства для идентификации бактерий. В период с конца позапрошлого века до первых десятилетий прошлого большой известностью пользовался определитель немецких авторов Лемана и Неймана (Lehman R.B. Neumam R. 1896-1927,на англ. яз. 1931) номенклатура которого основывалась на требованиях ботанического кодекса. Однако параллельно с этим определителем американские авторы начали составление своего определителя, основателем которого был Давид Берги (1860-1937) (Bergey D.H. et al.). Издания 1-5-е, опубликованные в 1923-1939 годы, основывались в части номенклатуры на ботаническом кодексе.

   На первом международном микробиологическом конгрессе, который состоялся в Париже в 1930 году, был создан номенклатурный комитет, в задачу которого было вменено разработать кодекс бактериологической номенклатуры, и было отмечено: "Ни одно действие, имеющее отношение к номенклатуре, не должно считаться полным и действительным до тех пор, пока оно не будет рассмотрено  всеми членами Комитета, пока не будет осуществлена необходимая гласность в отношении предлагаемых действий, пока не будет получено одобрение большинством в две трети Комитета и пока не будет сделано сообщение очередному Международному микробиологическому конгрессу (Межд.кодекс ном.бакт.,1978 )". Первый кодекс был рассмотрен и утвержден 4-м междунарордным микробиологическим конгрессом, который состоялся в Копенгагене в 1947 году и был опубликован в 1948 году.Поэтому последующие издания определителя (6-е - 8-е, 1948-1974 годы) основывалось в своей номенклатуре уже на бактериологическом кодексе.

   На фоне этих событий и происходила дискуссия, если можно так выразиться, касающаяся как правил номенклатуры,так и определителя бактерий Берги.

   Вначале приведем высказывание против определителя Берги и применения правил ботанической номенклатуры в бактериологии. Королев С.А. предложил заменить Lactobacillus определителя Берги на Lactobacterium, поскольку представители рода спор не образуют, причем предложил это сделать "в отступление от общепринятых правил приоритета". Одновременно он составил схему идентификации и классификации молочнокислых бактерий, в которой многие виды объудинены.Детализация видов должна основываться на "реальной возможности определенно и точно находить установленные нами границы в самой природе". "Нарушения этого требования происходит неизбежно, как мы это видим, например, в системе американских бактериологов, к чрезвычайному загромождению номенклатуры массой искусственных, придуманных, по-существу ничего не говорящих терминов" (Королев С.А.,1932). Рудаков К.И., 1936 заменяет уже Lactobacillus "американских авторов" на давно знакомое Bacterium. Это было началом недооценки кодекса, номенклатуры и системы Берги. Далее были приведены более серьезные аргументы. "В порядке критики следует прежде всего найти в себе смелость признать, что применение заимствований из систематики высших растений и живортных бинарной номенклатуры по отношению ко многим микроорганизмам не имеет того филогенетического смысла, который она имеет там. Как родовое, так и видовое наименование диктуются часто не фактами, указывающими на степень родства или специфические отличия, приобритенные в процессе эволюции от одного корня, но случайные признаки, бросающиеся в глаза тому или иному исследователю, в одних случаях эт о морфологические признаки, в других - физиологические особенности или патологические свойства... Нам представляется гораздо более логичным и более перспективным перестать прятаться за конкретной номенклатурой систематики высших организмов и прикрывать заимствованной оттуда номенклатурой расплывчатость и недостаточность наших знаний в области филогенетических взаимоотношений весьма пестрой смеси    организмов" (Шапошников В.Н.,1942). Вскоре Исаченко Б.Л., 1946 отмечает, что в плане работ института микробиологии - разработка филогенетической систематики, учитывающей не только морфологические, но и физиолого-биохимические признаки, и что в план изданий на пятилетку включен обширный определитель бактерий. В другом выступлении Исаченко Б.Л., 1947 указывает, что с критикой существующих систем бактерий  впервые выступил В.Н.Шапоршников в 1942-1944 годы, что это была справедливая критика предложенных до сих пор систем. Для построения филогенетической системы использовались не только морфологические, но и физиологические признаки. Н.А.Красильников в большом определителе бактерий "построил систему эволюционной систематики микроорганизмов... Соображения, высказанные нашими учеными, должны быть учтены Международной комиссией по номенклатуре на предстоящем в 1947 году микробиологическим конгрессе". И еще тот же автор отметил, что "усиленной разработки требуют вопросы филогении микроорганизмов и их системаьтика, принадлежащие к числу трудных и важных вопросов"(Исаченко Б.Л., 1946). Любопытно, что высказывания С.А.Королева и В.Н.Шапошникова связываются в одно целое: "Королев С.А. значительно переработал, исправил и улучшил систему классификации молочнокислых бактерий, разработанную в свое время Орла-Йенсеном... Заслуживают серьезного внимания работы Шапошникова В.Н. по филогении и систематике микроорганизмов, в которых он первым выступил с критикой существующих систем бактерий" (Проценко Д.Ф.,1948). В статье, предшествующей выходу определителя, Красильников Н.А. писал (Красильников Н.А., 1948): "Шапошников В.Н. (1942) предлагает строить систематику микробов на основе биохимической специфики...Все эти данные дают основание пересмотреть накопившиеся материалы о микробах с точки зрения филогенеза и строить систему  эволюционной их систематики". 6-е издание определителя Берги подвергает такой критике: "Этот определитель имеет ряд существенных недостатков, делающих его мало пригодным для использований" (Красильников Н.А., 1949). 7-му изданию также достается: "Отсутствие единого принципа и последовательности в группировке микроорганизмов особенно подчеркивается в определителе Американского общества бактериологов, основателем которого был Бердже (1957). В нем нет ни  единого принципа в распределении материала, ни четких  формулировок определении таксономических единиц, не только видов, но даже родов и семейств. В одну систематическую группу включаются бактерии грамположительные и грамотрицательные, подвижные и неподвижные, имеющие полярные жгутики и перитрихи и т.д. Культуры бактерий, выделенные из поражений ткани растений или животных, относятся к одному роду и семейству, а штаммы с точно такими же морфологическими и физиологическими признаками, но выделенные из почвы или другого природного субстрата, рассматриваются как предстваители другого рода и даже семейства... Такая же нечеткость и путанеица имеются и в классификации кишечных бактерий и т.д "(Красильников Н.А., 1962). "На принципе диагностики составляются в сущности большинство современных определителей. Особенно резко подчеркнут этот принцип в определителе американских бактериологов (определитель Бердже, 1923-1957)" (Красильников Н.А., 1961).

   Можно привести еще три высказывания в пользу определителя Н.А.Красильникова. "На базе сравнительно-морфологического изучения родственных организмов и закономерностей их изменчивости и эволюции советскими микробиологами разработаны основы филогенетической систематики микроорганизмов и созданы монографии и определители бактерий" (Раутенштейн Я.И., 1967). "Наибольшая заслуга принадлежит Н.А.Красильникову и его школе, развившим принципы филогенетической системы микроорганизмов. В отличие от зарубежных систематиков (Прево, Берджи и др.), основывающих свою классификацию на катологизации форм при учете какого-либо одного или нескольких выделяющихся признаков, иногда чисто случайных, не связанных между собой, советские микробиологи исходят из генетических связей между различными систематическими грукппами" (Гутина В.Н., 1967). "Создание естественной, базирующейся на филогенетической основе систематики наиболее успешно протекало в нашей стране" (Имшенецкий В.Ф., 1967).

  Однако одновременно в литературе публикуются высказывания и другого рода. Схема классификации С.А.Королева почти сразу же получила отрицательную оценку. "Если с точки зрения удобства практической ориентации в массе разнообразных молочнокислых бактерий эта система имеет ряд ценных преимуществ, то с точки зренич научной классификации она,   конечно, является совершенно  недостаточной и в высшей степени условной" (397?). "Задача систематики микробов, само сабой разумеется, не чисто академическая проблема, а одна из насущнейших практических задач, за разрешение которой ответственость несут в первую очередь микробиологические учреждения Акалемии наук СССР" (Рыжков В.Л., 1956).  Иными словами, филогения ни к чему, нужна практическая диагностика. "Номенклатура, предложенная Берджи, была принята международными совещаниями, хотя следует отметить что ряд национальных объединений микробиологов не принял участия в ее обсуждении. Определитель бактерий Берджи выдержал уже семь изданий. Последнее его издание было осуществлено в 1957 году. Оно включает подробное описание 1500 видов, не считая серотипов и вариететов. Определитель давно уже превратился в обширный коллективный труд,в последнем издании которого приняло участие  94  автора. Номенклатура определителя строго выдержана в биномиальной системе,принятой в зоологической и ботанической системах, хотя сами принципы классификации высших животных и растений, основанные на чисто морфологических признаках, не могут найти применение в бактериологической классификации, в которой использованы не только морфологические, но и биологические, биохимические и серологические признаки" (Калина Г.П., 1968).
 "Вопрос об издании учебника, который полностью удовлетворял бы требованиям современного состояния микробиологии, все еще ждет своего разрешения. Повидимому, создание такого руководства под силу только коллективу ученых" (Раутенштейн Я.И., 1967). "Существующие системы классификации являются главным образом диагностическими ключами; в них не отражено филогенетическое родство (необходимое для "естественной" классификации).В настоящее время определитель Берджи (1957) превратился в большой коллективный труд американских бактериологов; в последнем его издании приняли участие 94 автора (Емцев В.Т., 1968). "Основная цель руководства БЕРДЖИ - ОБЛЕГЧИТЬ ОПРЕДЕЛЕНИЕ БАКТЕРИЙ, поэтому почти не имеет значения, как расположены в нем группы и роды. Главное - составление эффективных ключей и таблиц для определения родовой принажлежности неизвестного организма (Гусев М.В., Минеева Л.А, 1978). Близкое мнение - у Горленко М.В.,1981. "Международное признание получила классификация, разработанная под руководством Берджи. В ее основу положены правила номенклатуры бактерий и вирусов, составленные Международной комиссией в 1947 г. (Тимаков В.Д.,1963). И,  наконец-то, было отмечено четко и ясно: "Деятельность систематиков регламентируется международными кодексами номенклатуры: ботаническим, зоологическим, кодексом номенклатуры бактерий. Последний был принят на международном микробиологическом конгрессе в Москве (1965)" (Заварзин Г.А., 1947).

   Стала явной неудовлетворенность бактериологов состоянием дел в номенклатуре и систематике. "Стала очевидной необходимость упорядочения систематики и номенклатуры микроорганизмов" (Воронкевич И.В.,1977). "В систематике бактерий остается немало проблем.К сожалению, вклад наших ученых в устранение этих пробелов рикак не соответствует требованиями времению Достаточно сказать, что последний ртечественный определитель микроорганизмов вышел в свет 25 лет назад... Остаются неидентифицированными или неправильно классифицированными многие микробы. До сих пор не видна работа национального комитета по систематике бактерий...Все это не может не отразиться на эффективности борьбы с инфекционными заболеваниями" (Домарадский И.В., 1977).

   Таким образом, многолетняя дискуссия противников и сторонников кодекса, определителя бактерий Берги закончилась победой вторых - кодексом безусловно следует пользоваться нет оснований отвергать определитель бактерий Берги. Мало того, советские исследователи приняли участие в составлении и редактировании последнего, 8-го издания определителя: акад АМН СССР В.М.Жданов, члены-корреспонденты АН СССР Г.А.Заварзин и Е.Н.Кондратьева, проф. Т.В.Аристовская.

   Не следует считать, что речь идет о делах давно минувших: острая дискуссия идет и сейчас.  Если Л.В.Калакуцкий отмечает, что "быстрый перевод книги /кодекс/ на русский язык совершенно необходим" (1975, Пятый съезд ВМО),
то Королева Н.С., 1974) убеждена, что "принцип приоритета следует считать недостаточно веским". В пользу издания кодекса активно выступили и медики (Хоменко Н.А., 1979).

   Нельзя не отметить, что далеко не все исследователи, работающие с бактериями, придают большое значение номенклатуре, поскольку целиком увлечены решением морфологических, физиологических, биохимических или иных вопросов. Многие считают, что это - "микробиология вчерашнего дня " (Ваксман С.А., 1960). Давая обзор состояния  и успехов микробиологии, Богданов В.М.,1962, 1967, Веселов И.Я., 1959, 1967, Войткевич А.Ф.,1934, 1937, Горяев М. и Богданов В., 1966, Гудков А.В.,1967, Дьяченко С.С., 1958, Ёлкин И.И., 1957, Идельчик Х.И.,1961, Имшенецкий А.А., 1955, 1959, 1963аб, Иоффе В.И. и Аншелес И.М., 1958, Исаченко Б.Л., 1942, 1945, Карасевич Ю.Н.,1964, Коваленко Я.Р., 1957,1959аб,  Королёва Н.С., 1967, 1968, Мац Л.И.,1948,1958, Метёлкин А.И.,1950, Работнова И.Л., 1967аб,Тимаков В.Д., 1968, Троицкий В.Л., 1942, 1947,1950, Успенский Е.А.,1933, Шапошников В.Н., 1953, 1963,  н е  к а с а ю т с я  в о п р о с о в  н о м е н к л а т у р ы.

   Однако номенклатура - не самоцель, а средство разобраться в  видовом разнообразии живого мира. Ни в одном из этих обэоров не поднимался вопрос о необходимости проведения инвентаризации  бактерий. Этот вопрос поднимается лишь в одном обзоре А.А.Имшенецкого, 1961: "Микробиология начала развиваться значительно позднее ботаники, и систематика микробов разработана менее совершенно, чем систематика растений. Нообусловлено это не толькл тем,  что классифицировать микроорганизмы труднее, чем высшие растения: микробиолог  згает лишь небольшую часть существующих микробов, так как многие бактерии - обитатели почвы и воды - не удается пока выделить в культуру в лаборатории и изучить. Процесс "инвентаризации" микрофлоры будет протекать еще многие годы.Известно всего лишь 10-15% видов микроорганизмов. Первая задача общей микробиологии - научиться  выращивать все эти неизвестные виды в лабораторных условиях, так как среди них может оказаться много полезных видов. За 20 лет удалось выявить десятки ранее неизвестных, резко разграниченных видов".

   Итак, задача инвентаризации видов в нашей стране ставится на много лет вперед. Для ее решения предлагается определитель Н.А.Красильникова, в котором игнорируются требования кодекса. Но в этом случае задача не разрешима. Без привлечения документов НТР выбраться из этого тупика невозможно.

   НТР затронула и бактериологию, которая имеет отношение к коренным интересам людей. Можно выделить три  этапа работы, которую предстояло выполнить микробиологам: 1.Доработать правила номенклатуры применительно к бактериям; 2.с помощью этих правил разработать номенклатуру системы бактерий; 3.после проверки этой системы разработать список бактерий, охватывающий все выявленные виды, т.е. провести инвентаризацию видов бактерий земного шара,  "списать" накапившиеся в течение двух столетий материал по несуществующим видам.

   Каждый из этих этапов сопровождался изданием соответствующих материалов. Наша задача состоит в том, чтобы выявить эти материалы из множества других публикаций, подготовить к изданию на  русском языке, издать и разослать во все микробиологические учреждения, выявить реакцию специалистов.


     2.ПРЕДИСЛОВИЕ К ПРОЕКТУ МЕЖДУНАРОДНОГО КОДЕКСА НОМЕНКЛАТУРЫ БАКТЕРИЙ

    В настоящее время известно более миллиона видов рстений, животных и микроорганизмов. Каждый из этих видов должен иметь одно правильное название, а имеет нередко несколько. Какие из них правильные, какие - нет? Практика систематизации видового многообразия флоры и фауны мира привела к необходимости составления кодексов номенклатуры, регламентирующих правила создания новых и оценки существующих названий. Первый зоологический кодекс (т.н. "стриклендов кодекс") был разработан комиссией, в состав которой входил Ч.Дарвин; первый ботанический кодекс ("парижский кодекс") был предложен в 1867 г.

    Несмотря на то, что необходимость опубликования на русском языке международных правил биологической номенклатуры  стала очевидной уже после того, как на втором международном зоологическим  конгрессе в Москве в 1892 году были приняты правила зоологической номенклатуры, первое ознакомление нашей научной общественности с международными правилами биологической номенклатуры относятся лишь в 1911 году, когда В.Ф.Ошарин опубликовал  перевод "венских" ботанических и "парижских" зоологических правил номенклатуры.

    В дальнейшем международные кодексы издавались в переводе на русский язык еще несколько раз. Так, ботанические правила "бриттония" были опубликованы А.А.Гроссгеймом и Б.К.Шишкиным в 1949 году, "парижский ботанический кодекс" - Б.К.Шишкиным и И.А.Линчевским в 1959 году, "лондонский" зоологический кодекс - В.Н.Световидовым и Я.И.Старобогатовым в 1966 и В.Г.Гептнером - в 1971 году.

    Издавались у нас и проекты кодексов. Так, "стокгольмский кодекс" был принят на ботаническом конгрессе в 1950 г., а в 1952 г. в русском переводе был опубликован проект этого кодекса, а не сам кодекс, в связи с тем, что выход утвержденного текста кодекса задерживался.

    Бактериологи пользовались ботаническим кодексом,так как бактерии относили к царству растений. Своеобразие бактерий требовало создания специального кодекса, который был опубликован в 1958 г.,затем в новой редакции кодекс бактериологической номенклатуре был принят на 9-м  микробиологическом конгрессе в Москве (1966); кодекс был еще в значительной степени сложным, и это мешало широкому его использованию.  Эти недостатки в значительной мере преодолены в новом кодексе, подготовленном редакционной коллегией под председательством С.П.Лапажа, 1973 (International journal of systematic bacteriology, 1973, v. 23, N4,p. 83-110), и вполне назрела необходимость  перевода  бактериологического кодекса на русский язык. Такая необходимость особенно ощущалась в свете задач, направленных к наведению порядка в систематике биологических объектов (акад. Арм.АН А.Л.Тахтаджян,1971). Перевод был тем более необходим, что в информации о публикации проекта кодекса (РЖ БИология 1973 IIБ450)  указывалось, что это - "предложение о пересмотре международного кода (!)  номенклатуры бактерий", а не сам кодекс в проекте. С необходимостью наличия перевода кодекса бактерий микробиологи сталкиваются всякий раз, когда появляется необходимость подвести итоги достижений отечественной микробиологии по систематике и номенклатуре бактерий.

     Новый кодекс призван упростить правила номенклатуры  с целью более широкого применения среди бактериологов. В кодексе, как указывается в проекте,  предусматриваются следующие наиболее существенные изменения:

     1.Новые названия и комбинации должны публиковаться в International journal of systematic bacteriology (МЖСБ), если же статья опубликована в другом месте, уведомление об этом должно быть направлено в МЖСБ.

     2.Описание или ссылка на ранее и эффективно опубликованное описание должно быть включено в статью, направляемую в МЖСБ.

     3.В статье должен быть тип таксона, которому дается название.

     4.Рекомендуется, чтобы описание таксона, которому дается название, содержало по крайней мере минимальный набор признаков; список минимальных наборов признаков для каждого таксона будет составлен и опубликован.

     5.Рекомендуется также, чтобы культура типового штамма вновь наименованного вида или подвида направлялась в музей бактериальных культур, из которого она может быть получена.

   Кодекс открывает наступление новой эры в бактериологии - время небывалого упорядочения номенклатурного хаоса, создававшегося в течение двух столетий. Вводится новая исходная дата (1 января 1980 г. вместо 1 мая 1753 г.), чтобы дать практике более реальные требования для действительного опубликования названий. Для названий, опубликованных до 1 января 1980 г., будут составленные "Одобренные списки названий бактерий". В списки будут помещены названия т олько тех бактерий, которые адекватно описаны и у которых имеется типовой или неотиповой штамм. Для определения приоритета после этой даты будут приниматься во внимание только те названия, которые появляются в  "Одобренных списках" или будут действительно опубликованы в МЖСБ после 1 января 1980 г. Таким образом, больше не нужно будет производить интенсивные, чрезвычайно трудоемкие литературные поиски лишь для цели выявления наиболее раннего названия, которое использовано для бактериологического таксона. Наиболее важно, однако, то обстоятельство, что после 1 января 1980 г. все  действительно опубликованные названия бактерий будут иметь ясное и четкое употребление, так как названия будут сведены с адекватным описанием и типовым или неотипным штаммом.

   Указатель основных понятий расширен в несколько раз по сравнению с английским текстом. Мы полагаем, что это оправдано, так как бактериологам предоставляется возможность быстро разыскивать ответы на любые вопросы, освещенные в кодексе. Оглавление и краткий указатель не дают возможности быстро навести исчерпывающую справку по какому-либо конкретному вопросу, врлнующему в данный момент данного работника, а предварительное ознакомление со всем кодексом не дает возможности держать в памяти все возможные случаи. Расширенный указатель  должен повысить эффективность использования данного кодекса в практической работе специалистов.

   Кодекс рекомендует обращаться за разъяснением номенклатурных терминов к книге Кауана(Cawan. Bacterial nomenclature), и поскольку американскому и английскому читателю эта книга доступна, не было необходимости издавать ее вместе с кодексом. Пока эта превосходная книга не издана у нас в переводе, она недоступна большинству специалистов, и редакторы сочли необходимым одновременно с переводом кодекса опубликовать и словарь номенклатурных терминов, в котором использована лишь небольшая часть богатейшего материала Кауана; данный словарь дополнен сведениями, которые представляют интерес для советских научных работников. Ряд статей словаря будет особенно полезен нашей научной молодежи, студентам.

   В качестве примера применения кодекса при подведении итогов изучения одной из групп бактерий приведено добавление - "Материалы к определителю  молочнокислых бактерий микрофлоры СССР". Перечень видов и подвиджов, обнаруженных в стране, и синонимов, применяемых в нашей литературе, несомненно будет способствовать  более полному использованию тех богатств, которые накоплены отечественной наукой по данной группе бактерий почти за сто лет. Учет количества идентифицированных в стране штаммов и процента штаммов, имеющих то или иное идентификационное свойство, свидетельствует о том, что такие подсчеты возможны даже для такой обширной группы, какой являются молочнокислые бактерии. К материалам приложены сведения о внутриподвидовых таксонах, обнаруженных у видов и подвидов этой группы бактерий; как правило, здесь приводятся скорее примеры, чем исчерпывающие сведения о всех таксонах в хронологическом порядке их обнаружения, однако это первый шаг в указанном направлении. Было бы желательно, чтобы подобная работа была проделана и в отношении остальных групп бактерий, особенно тех, которые имеют народохозяйственное значение. Мы просим читателей подвергнуть эту часть работы особенно тщательному разбору с тем, чтобы предупредить появление возможных недочетов в определении как молочнокислых, так и других групп бактерий.

   Мы надеемся, что широкие круги бактериологов с большим удовольствием встретят настоящее издание перевода кодекса. Предстоит большая работ а по выявлению и оценке всех опубликованных в нашей стране новых названий бактерий для обнаружения всего ценного и защиты возможного приоритета в международных организациях, и времени для этого осталось мало. Без точного определения того, что кроется за каждым названием бактерии, невозможна плодотворная деятельность бактериологов, ибо видовое название  бактерии определяет ее свойства.

   Для того, чтобы название бактерии соответствовало определенному ее виду со специфическими свойствами, необходимы по крайней мере два условия: во-первых, слудует употреблять лишь те названия, которые соответствуют правилам кодекса, во-вторых, идентификация должна проводиться по общепринятой стандартной схеме. Последняя представлена в только что опубликованном 8-м издании определителя Берги. Однако использовать схему определителя  в полной мере возможно лишь в том случае, если  работники бактериологических лабораторий будут располагать наборами химических реактивов, предназначенных для идентификации той или иной группы бактерий. Для разработки таких наборов необходим тесный союз работников химической промышленности и бактериологов. Мы можем, кстати, опираться на опыт наших друзей в ГДР, когда работники фармацевтического завода в Дрездене в сотрудничестве с сотрудниками Университета им. Гумбольта в Берлине разработали такие наборы реактивов, которые дали возможность небольшим клиническим лабораториям проводить ранее недоступные анализы.

   Два ереванских учреждения - зооветеринарный институт и завод химических реактивов - составили форму заявки о потребности НИИ и ВУЗов в наборах реактивов для идентификации отдельных групп  бактерий. Мы надеемся, что все  бактериологические подразделения пришлют заявки, которые просты по структуре.

   Своевременное ознакомление микробиологов с настоящим кодексом и организация выпуска наборов реактивов несомненно явятся одной  из важнейших предпосылок успешного внедрения в жизнь достижений биологической науки в тех областях народного хозяйства, которые обслуживает промышленная, сельскохозяйственная, медицинская и ветеринарная бактериология.

 
     3. ПРЕДИСЛОВИЕ К МЕТОДИЧЕСКОМУ ПОСОБИЮ ПО ОПРЕДЕЛЕНИЮ РОДОВ БАКТЕРИЙ

   Как мы указывали в предисловии к "Проекту международного  кодекса номенклатуры бактерий" (Ереван, 1974), идентификация  бактерий должна производиться по общепризнанной стандартной схеме. Работу по созданию такой схемы может быть нельзя считать законченной на сегодняшний день, однако мы считает необходимым знакомить бактериологов нашей страны с последними достижениями  в этой  области. Зарубежные и отечественные определители бактерий давно не переиздавались и поэтому значительно устарели, тем  больший интерес представляют схемы идентификации бактерий только что опубликованного 8-го издания Руководства Берги, в составлении которого приняли участие и советские ученые как члены редакционных советов и как авторы ряда разделов. Учитывая, что без современных схем бактериологи не могут плодотворно работать, что такие схемы, по мере их появления в печати, должны немедленно становиться доступными широким кругам наших бактериологов, мы сочли необходимым издать  схемы идентификации Руководства Берги.В настоящем выпуске представлены схемы идентификации до рода. Книжка состоит из двух частей, В первой части представлены ключи, имеющиеся в 19 разделах руководства. К сожалению, не все из них охватывают весь материал соответствующего раздела; по-видимому, в большинстве случаев нет серьезных затруднений к тому,чтобы ключи были полными; частично неполнота ключей была восполнена переводчиками, свои силы в этом может попробовать любой бактериолог, ознакомившись с соответствующими разделами самого руководства.
   Вторая часть данного пособия включает ключь для идентификации всех родов бактерий, приведенных в Руководстве Берги; этот ключ составлен австралийским микробиологом Скерменом.По-существу,это определитель родов бактерий. Он выдержал два издания, третье издание является приложением к 8-му изданию Руководства. Микробиологическая общественность нашей страны  благожелательно встретила предыдущее издание определителя Скермена.В настоящее время он дополнительно
переработан, снабжен многочисленными примечаниями.
   Для идентификации бактерий можно пользоваться первой или второй частью пособия в зависимости от проработанности ключей и от доступности использованных в ключах признаков.
   В конце книжки мы приводим указатель родов бактерий. В нем даны также страницы Руководства Берги, соответствующие  каждому роду. Эти сведения предоставляют возможность специалистам заказать в библиотеке микрофильм или ксерокопию того рода, с представителями которого они работают. Перевод заказанных страниц (в среднем на каждый род приходится четыре страницы) для большинства специалистов не составит большого труда, и уже с осени этого года будет иметься возможность в повседневной работе пользоваться этим руководством.


  4. ОТ СОСТАВИТЕЛЕЙ К КНИГЕ "ЛАТИНСКИЕ НАЗВАНИЯ БАКТЕРИЙ И ИХ СИНОНИМЫ"

   Первоначальный вариант данного пособия, включающий только основные названия таксонов без ссылок на автора, год и страницу, был в общих чертах одобрен 17 февраля 1976 г. на заседании президиума ВМО и 26 февраля на бюро отделения ветеринарии ВАСХНИЛ.В дальнейшем выявилась возможность подготовить пособие, содержащее все названия Берги-8 со ссылками.
   При составлении настоящего пособия по необходимости были сделаны некоторые отступления от номенклатуры определителя Берги-8.Ко времени редактирования определителя в Международном журнале систематической бактериологии был оплибокован ряд материалов по изменению номенклатуры некоторых  таксонов, которые не были включены в систему номенклатуры Берги-8. В настоящее издание включены некоторые из этих изменений, напр., изменения в номенклатуре рода спирилл.В обширной таблице сальмонелл в определителе приведены видовые названия; поскольку представления о биологическом виде не может ограничиться только серологией, было сочтено возможным представить виды сальмонелл как сероварианты, для чего широко       использовался соответствубщий раздел  справочника "Индекс Бергияна". Это последнее издание широко использовалось и для  уточнения полных ссылок в тех случаях,когда в определителе Берги-8 ссылок не было дано или они были неполные. Там, где в настоящем издании названия синонимов и инфраподвидовых таксонов не снабжены ссылками, составители не сочли возможным предпринимать необходимые дополнительные розыски, поскольку это сильно задержало бы выход данного издания; впрочем, эти изъяны не касаются основных названий системы таксонов Берги-8.
   Основной объем настоящего пособия занимает словарь латинских    названий бактерий, в котором приведены следующие сведения:
   1.Перечень основных названий таксонов бактерий, различаемых в последнем  издании определителя Берги;
   2.Данные о сопотчинении этих таксонов, причем для таксона от рода и выше приводится (римской цифрой) номер, под которым он значится в системе Берги-8
   3.Характеристика таксонов по частоте встречаемости(название подчеркнуто или нет)   и положение в системе (неопределенное название отмечается);
   4.Синонимы каждого таксона;
   5.Ссылки на те страницы определителя Берги-8, на которых    приведено описание каждого таксона или иллюстрация того или иного вида или подвида;
   6.Ссылки на Мнения Юридической комиссии в случаях, когда отклонение от правил санкционировано этим органом; запись "Мнение 6 Юркомиссии 1954, 143" означает, что указанное мнение опубликовано в Международном журнале систематической бактериологии в 1954 году на странице 143.
   Справочный аппарат издания включает: извлечения из Международного кодекса номенклатуры бактерий и конкретные примеры, поясняющие значение соответствующих правил; список со значениями условных обозначений, сокращенные формы которых нередко используются для характеристики номенклатурного статуса названий  таксонов; аннотированную библиографию использованной литературы. Специальные страницы посвящены вопросам о том, сколько и каких названий приведено в пособии  и какими шрифтами набираются в типографии латинские названия  бактерий. Таблица примеров оценок и возможностей использования приводимых в пособии сведений для быстроты  ее отыскания и удобства применения приведена на самом последнем листе пособия.
   Типографские расходы по изданию настоящего пособия взяли на себя академик-секретарь отделения ветеринарии ВАСХНИЛ В.П.Шишков, директор Горьковского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии Министерства здравоохранения РСФСР члекор Академии медицинских наук И.Г.Блохина,директор Института микробиологии им. А.М.Кирхенштейна Академии наук Латвийской ССР академик Р.А.Кукайн,председатель Комиссии по стандартизации и технохимконтролю  Национального комитета СССР по молочному делу и директор Литовского филиала Всесоюзного НИИ маслодельной и сыродельной промышленности В.В.Вайткус.Для составителей является приятным долгом выразить сердечную признательность этим лицам, сделавшим возможность выхода в свет настоящего пособия, и редактору издания Л.В.Калакуцкому как за одобрение плана издания, так и за моральную поддержку и конкретную помощь по многочисленным вопросам,возникавшим по ходу работы.
               

    5. ПРЕДИСЛОВИЕ К РУССКОМУ ИЗДАНИЮ "ОДОБРЕННЫХ СПИСКОВ НАЗВАНИЙ БАКТЕРИЙ"
   
   Даже если бы у каждого вида было только одно название, составление списка всех названий бактерий, различаемых современной наукой, явилось бы весьма полезным мероприятием, так как в любой области деятельности  человека прежде всего необходима инвентаризация объектов. С этой точки зрения публикуемые ныне " Одобренные списки названий бактерий" представляют собой явление, не имеющее прецедентов в истории науки.Списки сводят воедино накопленные за 200 лет знания о таксонах бактерий, являясь исчерпывающим справочником по этому вопросу. Характерная особенность списков: сюда включены только достаточно полно описанные виды, типовые штаммы которых хранятся хотя бы в одной из бактериологических коллекций мира. Соответственно этому при  названии каждого вида приводится ссылка как на коллекцию как на коллекцию культур, так и на описание. Таким образом, каждое приведенное название бактерии соответствует вполне реальному, а не мнимому виду. Бактериология очистилась от мифов, от того, чего нет на самом деле.Это не может не сказаться на её действенности: с обозримым количеством объектов легче управиться, легче привести их в систему. Никогда еще в бактериологии не производилось такой генеральной уборки: реально существуют и могут использоваться в печати только приведенные в списки таксоны.
   Как известно, каждый вид бактерий, как и другие биологические объекты, имеют обычно не одно, а несколько названий. Выбрать из нескольких синонимов один, единственно законный, помогает кодекс номенклатуры бактерий. Однако не каждый автор при опубликовании        статьи станет проверять, соответствует ли использованное им название требованиям кодекса. Удобнее, чтобы эта работа была выполнена  компетентным коллективом, а каждый автор получил уже готовый список названий бактерий, в котором для каждого вида отобрано лишь одно, законное название. Эта задача и реализована в публикуемом списке, который дает возможность разобраться в море синонимов, даст возможность унифицировать используемые названия бактерий. Нет необходимости напоминать, что без единых названий бактерий нет прогресса, нет взаимопонимания среди бактериологов, нет полноценного учета информации о том или ином виде бактерий.
   В данных списках приводятся названия более 2-х тыс. таксонов. Примечательно, что приблизительно 200 названий предложено русскими и советскими авторами, что свидетельствует о значительном вкладе отечественной микробиологии в мировую науку.
   Необходимо затронуть вопрос об организациях,которые разрабатывают теоретические проблемы биологии, и об организациях, которые внедряют разработанные проблемы в практику. Очевидно, в качестве первых будут выступать институты биологии, ботаники, зоологии, гидробиологии, микробиологии, в качестве вторых - отраслевые институты, ботанические сады, заповедники, национальные парки.
   Кстати, одной из основных задач заповедников и национальных парков является инвентаризация флоры и фауны в соответствии с современными представлениями о номенклатуре и таксономии всех царств живого мира.
   Царство прокариотов - доядерных организмов - состоит из сине-зеленых водорослей и бактерий.В природе эти организмы играют двойную роль. Бактерии вызывают заболевания животных и растений, сине-зеленые водоросли являются бичем водоемов, в том числе и озера Севан. С другой стороны, бактерии играют важную роль в разложении органических веществ, в кругообороте веществ в природе, в плодородии почвы.Все это ставит вопросы инвентаризации прокариотов в один ряд с задачами инвентаризации эукариотов - растений  и животных.
   Настоящий выпуск содержит научную номенклатуру всех таксонов бактерий. Несомненно, большинство заповедников и национальных парков заинтересуются этим изданием, как и большинство научных учреждений и вузов, имеющих отношение к самым низшим организмам - прокариотам.

 
   6. ПРЕДИСЛОВИЕ К ДОПОЛНИТЕЛЬНЫМ КЛЮЧАМ К КРАТКОМУ ОПРЕДЕЛИТЕЛЮ БАКТЕРИЙ

   В 8-м издании руководства Берги по определению бактерий (1) приняли участие микробиологи разных стран. От нашей страны в составлении и редактировании книги приняли участие академик АМН СССР В.М.Жданов, члены-корреспонденты АН СССР Г.А.Заварзин  и Е.Н.Кондратьева, профессор Т.В. Аристовская. Положительные (в целом) рецензии на это издание было опубликовано в "Микробиологии" (2), "Журнале микробиологии, эпидемиологии и иммунологии" (3), "Вестнике сельскохозяйственной науки" (4).
   Сразу же после поступления в СССР одного из экземпляров Берги-8 было произведено извлечение ключей до рода (включительно), которое было издано под названием "Методическое пособие по определению родов бактерий (5), и участники 5-го съезда Всесоюзного микробиологического общества, который состоялся 2-5 июня 1975 г. в Ереване, имели возможность приобрести эту брошюру. В предисловии к брошюри указывалось на недостаток руководства - недоработанность ключей, отсутствие их в тех случаях, когда все данные для их составления имелись в тексте. 21-22 сентября 1975 г. состоялось заседание редколлегии руководства Берги,на котором, как сообщил редактор  руководства д-р Гиббонс,обсуждалась наша брошюра и было решено подготовить за год рукопись сокращенного студенческого издания с дополнением недостающих ключей. 25 октября 1975 г. мы обратились к авторам соответствующих частей руководства, большинство из которых прислало ключи, недостающие в полном издании.В сокращенном издании руководства, которое было опубликовано в 1977 году (7), к видам целого ряда родов так и не было дано ключсей, более того, вообще не приведена система видов некоторых родов,а сделана отсылка к полному изданию. Это обстоятельство  делало необходимым устранение отмеченного недостатка руководства в переводе сокращенного издания (6). В этом издании была восстановлена система видов полного издания определителя (1) и даны ключи к видам родов макромонад, микроцикл,параноплазм, стигмателл, тиоспир и подвидов франсизелл.
  [В письме редактор с сарказмом восклицал - что, нужно было не только разжевать, но и в рот уложить! Он не понимал, что у нас бактериологи не имели под руками полных руководств, а нам хотелось немедленно внедрить свежие нововведения].
   В настоящем выпуске эта работа продолжена. Восстановлена система видов и даны ключи к родам беджиатоа, витреосцилл,клонотриксов, метанококков, метаносарцин,науманнелл, пелосигм, руминококков, термоактиномицетов. Для видовазомонад, азотобактеров, хондромицетов, полиангий приведены ключи с 3-5-ю  признаками (дополнительно к имеющимся таблицам с 8-12 признаками).Для родов ахроматий и нитрозококков вместо имеющихся сведений об отличии видов по одному признаку составлены ключи с 2-4 признаками.Приведены ключи к семействам галобактериевых,лейкотриксовых, метиломоновых, в состав последних введены роды метилоцист и метилоснусов. Даны новые системы видов для артробактеров, метилококков и метиломонад.В целом приведены сведения более чем 150 таксонах
   К сожалению, некоторые из присланных авторами ключей не представилась возможность включить в настоящий выпуск, так как они  оказались менее удачными.
   Хотя данные,присланные проф.  К.Циннеманом, не вошли в выпуск в виде ключей, они существенно дополняют наши сведения о роде гемофилов. Согласно его сообщению, количество  признаков, по которым различаются виды этого рода, увеличено до 22 (8), описан новый непатогенный вид Haemophilus avium (9); вид же H.equigenitalis, описанный Тейлером и др. (10), не может быть включен в этот род.
   В соответствии с примечанием редактора русского перевода, в выпуске приводятся ключи для идентификации родов и видов метиломоновых, составленные В.А.Романовской (11).Приведена также таблица для идентификации артробактеров, составленная чл.-корр. АН УССР Е.И.Квасниковым и Е.И.Писарчук (12). Приводимые здесь тесты гораздо более доступны, чем в  определителе Берги, и дают возможность сопоставить большинство описанных к настоящему времени видов, т.е. привести в систему накопленный экспериментальный материал независимо от официального статуса видов.
   Система видов определителя Берги подверглась значительным   ударам в связи с опубликованием "Одолбренных списков названий бактерий" и дополнений к ним (13-15). Оказалось, что в родах клонотриксов,метилоцист, метилосинусов, метиломонад, науманиелл,паранаплазм, пелосигм не узаконен ни один вид. Согласно международному кодексу (16), род бактерий без хотя бы одного вида не может существовать.В родах ахроматий, азомонад, артр обактеров, беджиатоа, витреочцилл, макромонад, метилококков, микроцикл, полиангий, тиоспир узаконена только часть видов. Очевидно, в общепризнанную   систему таксонов неузаконенные виды уже не войдут.
   Тем не менее, для повышения эффективности 8-го издания определителя в период его действия (примерно 10 лет) система всех его таксонов должна быть обеспечена ключами, эту цель и преследует настоящий выпуск. Полная система ключей не только для узаконенных,но и для устаревающих названий для вовлечения в научный  оборот всего фактического материала, накопленного за период действия данного ихдания определителя.
   Согласно кодекса номенклатуры бактерий (16), цитирование названий бактерий должно соппровождаться приведением фамилии автора (авторов) и года опубликования названия, между темкраткий определитель этих сведений не дает. В данном выпуске эти сведения даются лишь в отношении таксонов,включенных в ключи. В отношении остальных названий следует обращаться к полному определителю.Для нашего читателя более доступен, одлнако, справочник "Латинские названия бактерий и их синонимы", который публиковался дважды (17).
   В настоящем выпуске приводятся также дополнения к словарю терминов, которые, как правило, отсутствуют в справочниках (18-20).
   В заключсение считаю своим долгом выразить благодарность  авторам отдельных частей определителя докторам  M.P. Bryant, J.P.Kreier, J.W.M. la Riviere, D.B.Johnstone, H.D. McCurdy, C.R.Owen, J.T.Dtaley, S.W.Watson за составление ключей для определителя, Е.Н.Квасникову, Е.И.Писарчук и В.А.Роман овскойза разрешение включить их данные в настоящий выпуск.
   Необходимость отметить, что рукопись перевода краткого определителя бактерий Берги любезно согласились просмотреть проф. З.М.Андреева (части 1-16),проф. Л.В.Калакуцкий (часть 17), проф. И.В.Тарасевич (часть 18),проф. И.В.Воронкевич (фитопатогенные бактерии) и Т.Б. Ильина(микобактерии). Пользуюсь    случаем, чтобы выразить благодарность этим лицам за  сделанные замечания (проф. Л.В.Калакуцкому - и за предоставление экземпляра для перевода), особой же благодарности заслуживают титульный редактор Г.А.Заварзин и ст. научный редактор Ю.И.Лашкевич за труд, направленный для улучшение перевода.
   В настоящем выпуске приведены ключи для 26 родов и 3-х семейств. Из них 19 родов встречаются в пресных и соленых водах (ахролмтии, азомонады, азотобактеры, беджиатоа, клоностриксы, францизеллы, галобактерии, галококки, макромонады, метаносарцины, метилококки, метиломонады, микроциклы, науманиеллы, нитрозококки, пелосигмы, тиоспиры, тиотриксы, витреосциллы), в почве (артробактеры, азомонады, азотобактеры, хондромицеты, метилококки, метанококки, термоактиномицеты, науманиеллы, нитрозококки, полиангии, стигмателлы), 6 - эпифиты наземных и водных растений (лейкотриксы, макромонады, метилококки, полиангии, стигмателлы, термоактиномицеты), 7 - связаны с животными (навоз - хондромицеты, метанококки,термоактиномицеты, витреосциллы, просоленные белковые материалы - галобактерии, рубец - руминококки, патогенные -0 франсизеллы, параноплазмы. Эти экологические данные в какой-то мере могут определить круг читателей, для которых данный выпуск может представлять интерес.
   

   7. ПРЕДИСЛОВИЕ К СЛОВАРЮ-СПРАВОЧНИКУ

   Бактерии выступают как друзья (биотехнология, кругооборот веществ в природе) и как враги (заболевания растений, животных и человека, порча продуктов). И друзей и врагов необходимо знать, поэтому необходимо учитываь и уметь определять возможно большее число свойств, характерных для той или иной группы бактерий.В распоряжении микробиологов нашей страны имеется "Краткий определитель бактерий Берги" (М.: Мир, 1980).Однако в кратком определителе имеется минимум сведений о каждом виде бактерий, приведены лишь данные, необходимые для идентификации, и         отсутствуют остальные свойства, по которым изучаются те или иные группы бактерий.Отсутствуют также сведения о синонимах.
   Ежегодно описывается до 500 новых видов бактерий.Так как переиздания определителя Берги  происходит через 10 и более лет, значительное время новые виды находятся вне определителя и не попадают в поле зрения большинства бактериологов. Когда исследователь приступает к изучению микрофлоры того или иного источника, он должен обладать   хотя бы ориентировочными данными о том, какой видовой состав характерен для источников подобного рода. С другой стороны,для осуществления идентификации выделенных штаммов он должен иметь сведения не только о том, какими признаками характеризуется тот или иной таксон, но и иметь  прописи соответствующих методик.
   Описание того или иного таксона в определителе Берги производится телеграфным стилем, что дает возможность уложиться в определенные рамки объема. Монографическое описание любой группы бактерий   имеется в таком капитальном издании, как "Прокариоты". По нашему мнению, бактериолог, работающий с той или другой группой бактерий, как минимум должен располагать данными об этой группе, приведенными как в полном издании определителя Берги, так ив монографии "Прокариоты", между тем оба эти издания из-за  громадного объема     не изданы в переводе на русский язык.
   Исследователю могут оказаться необходимы сведения как об отечественной, так и иностранной литературе о том или ином виде бактерий, и  не у всех  имеется возможность пользоваться библиографическими источниками или подыскать их возможно скорее.
   Работая над выяснением видового состава того или иного источника местообитания определенного региона, исследователь может столкнуться с необходимостью оптсания нового вида ли подвида бактерий. При этом он обязан пользоваться правилами, изложенными в Международном кодексе номенклатуры бактерий,этот кодекс переведен на русский язык. Однако со времени издания кодекса прошло более 10 лет, за это время опубликован целый ряд дополнений и изменений, которым уже следуют в практике, не дожидаясь,пока они войдут в новое издание кодекса и последний будет одобрен конгрессом.