Православие в Литве - Свято-Духов монастырь

Изначальная православная Литва
Христианство, в его византийском (греческом) православном чине, пришло на земли исторической Литвы месте с походами на эти земли великого киевского князя Ярослава Мудрого в 1040-44 гг., ещё до отделения папой римским Львом IX в 1054 году католической церкви от изначальной традиционной православной церкви.
Территория исторической христианизированной Литвы славян кривичей располагалась в верховьях реки Неман (сегодня Nemunas) и в бассейне реки Вилия (Neris), до их слияния у города Кавны (Kaunas), и чуть далее до рек Невежа (Nev;;is), и Святая (;ventoji) За этими реками дальше к Балтийскому морю на Жмуди жили тогда люди, которым верить было нельзя: неверные – язычники. Язычниками тогда (практически до XVI века) были предки нынешних литовцев – жмудины – ;emai;iai, говорившие на своём, очень архаичном, а потому непонятном кривичам славянском языке.
О вхождении сюда на земли исторической Литвы православного христианства свидетельствует Айренский камень, с его византийским крестом и греческими буквами, обозначающими «Краеугольный камень», - примечательный памятник первых крещений местных язычников славянского племени кривичей.
Достоверно известно, что изначально православными были литовские князья, начиная с Давида и Мовкольда, сыновей Полоцкого князя из рода Рюриковичей Ростислава Рогволодовича, которых призвали горожане кривичи на правление в свой город кривичей (Кривой город – ныне Вильнюс) ещё около 1129 г.
И Мендольф (Mindaugas, 1195-1263) имел православное крещение - став Василием, и последовавшие за ним великий князь литовский Войшелк (правил в 1264—1267) и следующий великий князь литовский (зять Войшелка) — Шварн Даниилович (1267—1270). Православными были многие родственники и приближенные великих князей литовских: например, по сообщению литовской летописи, православным был сын великого князя литовского Тройденя (1270—1282) Римунд; а по сообщению галицко-волынской летописи, все четыре брата Тройденя были православными. Православными были и сыновья великого князя литовского Витеня (1295—1316). По сведениям Литовской метрики, православной была сестра великого князя Гедимина (1275-1341), у неё был собственный монастырь в Вильне. Великие литовские князья имели православных жен, которые происходили из княжеских родов древней Руси. Смею заявить, что отнюдь не язычником а православным христианином был и великий князь литовский Гедимин (Эдимантий, Эдмонд), поскольку первый митрополит Литвы Феофил благословил Гедимина на должность Великого князя Литовского и брачный союз его детей с детьми великого князя Владимирского, короля Малой Руси, польского короля (Мария Гедиминовна была женой Дмитрия Михайловича, Любарт (Дмитрий) Гедиминович – мужем волынской княжны, а Альдона Гедиминовна – женой Казимира III). При Гедимине уже существовала образованная в 1300 г. православная митрополия в Литве.

Период Великого княжества Литовского, Русского…
Увы, о великом князе литовском Гедимине,  как о язычнике, писали в своих метриках тевтонцы и писари их союзников польских королей, ходившие на Литву пограбить, под видом несения на эти земли правильной религии (почти сто лет до этого, под таким же предлогом рыцари Крестоносцы в 1204 г. разграбили Константинополь – тогдашний оплот православного христианства). Тем не менее Великий князь Войшелк около 1258 года основал близ Новогрудка, тогдашней столицы Литовского княжества, православный Лавришевский монастырь, в котором в конце XIII века был создан уникальный памятник старорусской средневековой переписной книжности  — иллюстрированное Лавришевское Евангелие, ныне хранящееся в Польше.
В правление великого литовского князя Гедимина (1316-1341) документ 1317 года  констатирует существование Литовской митрополии православной церкви константинопольского чина. С начала XIV века ей подчинялись православные приходы Литвы, которых на то время было немало в этнических землях кривичей. Русский письменный памятник «Имена всем градом русскым», созданный около 1375 года, перечисляет на Виленщине, Вилькомирщине и Ковенщине «грады»: Вильну, Мереч, Медники, Кернов, Мойшоголу, Вилькомир, Старые Троки, Новые Троки, Кавну, Пуню и Перелай, - где имеются каменные православные церкви, которые  являлись центрами православных церковных приходов, подчинявшиеся  митрополиту. В первой половине XIV века в Вильне абсолютно преобладали православные церкви, и первая церковь в Вильне  – безусловно была православной. Скорее всего она находилась на «детинце» нижнего замка в Вильне.
Флегонтом Смирнов в своей книге «Виленский СВ.-ДУХОВ МОНАСТЫРЬ» (Вильна, 1888 г. стр. 3) пишет о церквах Вильны XIV века, что их «было до двух десятков православных, или, как тогда называли их, русских «закону греческого (…) старожитной религии греческой» церквей и около 30 тысяч православных жителей» (т.е подавляющая часть населения города). Здесь же, в сноске к этому утверждению, перечисляются эти православные церкви: «Пречистенский собор с пределом Благовещания, Пятницкая, Козмодемьянская, Перенесения (Св. Николая), Екатерининская, Воскресенская, Михайловская, Ивановская, Рождественская, Спасская, Юрьевская на Росе, Покровская, Богоявленская, Петропавловская, Николаевская, Св. Троицкая монастырская и Св. Илии». Вначале XIV века в великокняжеской резиденции Троках существовали церкви св. Николая Чудотворца и Явления святой Девы Марии, средства на неё жертвовал тогда православный великий литовского князь Александр – Витовт, писавший, кстати, все свои документы для внутригосударственного пользования на старорусском языке, кириллицей. Естественно, «литовского языка» он не знал и не мог знать никак, ибо такого ещё не было - было архаическое наречие местных прибалтийских славян, которое по существу обретя свой алфавит и грамматику в начале ХХ века, когда шло становление наций, стало литовским языком.
Начало православного монастыря Святой троицы в Вильне
По преданию, на южной окраине станинной Вильны, в дубовой роще у дороги, ведущей из города на Менск (ныне Минск) и Москву, православный храм появился уже XIV веке, спустя несколько лет после мученической казни в 1347 году виленских страстотерпцев Антония, Иоанна и Евстафия. На месте захоронения мучеников собирались для молитвы христиане, затем соорудили здесь небольшую часовню.
При содействии второй жены великого князя литовского Ольгерда Иулиании (1330-1391, дочь великого князя тверского Александра Михайловича, мать первого польского короля Ягайлы) вместо часовни была построена деревянная церковь во имя Святой Троицы, в которую были перенесены тела мучеников.

Православие после союзов со шляхтой Польского королевства и - в Речи Посполитой
В Великом княжестве Литовском (ВКЛ) православие играло выдающуюся роль в высших слоях общества и культурных кругах, обеспечивая просвещение, местной знати из великокняжеского окружения. Так было до нашествия на восточные русские земли татаро-монгольских войск, начиная с 1223 года.  С развитием чужеродной экспансии на востоке русских земель, великие литовские князья искали поддержке на Западе. Вследствие этих политических процессов стало возможным проникновение на земли ВКЛ католицизма. Экспансия Ватикана в ВКЛ проходила через Королевство Польское (КП), где жили славяне ляхи, говорившие практически на одном языке со славянами кривичами и осуществлялась постепенно, но  упорно и целенаправленно, в течение двух столетий, посредствам  заключения уний:
КРЕВСКОЙ – 1385 г., - персональный династический союз, ради получения короны польского короля великого князя литовского Ягайлой через брак с королевой Ядвигой, отступившего от православия, принявшего католичество и обещавшего ввести в католичество всех своих подданных православных бояр;
ГОРОДЕЛЬСКОЙ – 1413 г., - акт католической шляхты Королевства Польского о приёме бояр Великого княжества Литовского в своё гербовое братство (акт об адопции), ответный акт бояр ВКЛ и документ, излагавший условия унии и привилегии этим боярам, основная часть которых оставалась ещё православными (так называемый Городельский привилей);
ЛЮБЛИНСКОЙ – 1569 г., - государственный союз между Королевством Польским и Великим княжеством Литовским, положивший начало единому федеративному государству — Речи Посполитой (выражение является аббревиатурой, которая дословно означает: Вещь горожан Польши и Литвы = Rzecz POSp;lstwa POlski i LITwy. Поясню для точности, само польское слово posp;lstwo — обозначало общественную группу городского населения феодального периода: ремесленники среднего достатка и небогатые торговцы. Одна из трёх групп, кроме городской бедноты (плебса) и патрициата — городского бюргерства (городских граждан);
БРЕСТСКОЙ – 1596 г., - решение ряда епископов Киевской митрополии Константинопольской православной церкви во главе с митрополитом Михаилом Рогозой о принятии католического вероучения и переходе в подчинение римскому папе с одновременным сохранением богослужения византийской литургической традиции на церковнославянском языке.
Однако, еще в XVII веке историки отмечали, что в Литве католические ксендзы держатся старинного обычая носить бороды, как это делают православные священники, и носят меховые шапки как русские бояре.
Привилеем 1434 года великого князя литовского Жигимонта Кейстутовича подтверждался привилей 1432 года; православная знать получала сословное равенство в правах с католиками, но, как и ранее, ограничивалось участие православных в высших институтах управления государством. Однако на практике и эти ограничения почти не соблюдались, так как их соблюдение в ВКЛ было практически невозможным. Свидетельством тому служили документы, в том числе первый Статут ВКЛ 1529 года, который закреплял юридически полное равенство православных и католиков. В первых же строках этого главного закона ВКЛ читаем: «…з ласки нашое господарское хотячи обдаровати правы хрестиянскими, всим прелатом и княжатом и паном хоруговым, вельможным рыцером повышоным шляхте и всему поспольсту и их подданым, а тубылцом земли Великого князства Литовского, которого бы колвек стадла и стану были, вси их права и привиля костельные, так латинского закону, яко греческого».

Православный женский монастырь Святой Троицы
Женский монастырь на пригорке у южной окраины города был основан на переломе XV – XVI веков. Согласно предания он был заложен по инициативе и при  помощи Елены московской (1476-1513), жены великого князя литовского Александра Ягелончика (1461-1506), которая в 1495 г. прибыла из Москвы в Вильну. Отец великий князь московский Иван III (1440-1505) наказал дочери не менять веру при обручении с католиком,  наследником польского  короля Казимира IV и великим князем литовским Александром Ягелончиком (1461-1492). Поэтому венчальный обряд проходил в Вильне два раза: в Кафедре и Соборе пречистой Божьей матери. Великий князь московский Иван III, выдавая свою дочь Елену (мать византийская принцесса Софья Палеолог, супруга Иван III) за Александра, рассчитывала этим шагом предотвратить уничтожение самостоятельной православной церкви в Литве после Кревской (1385) и Городецкой уний (1413).
Елена, православная супруга католика мужа великого князя литовского, а затем польского короля Александра Ягелончика, занималась опекой православных священников и прихожан. Православным монахиням, обосновавшимся на окраине города, были построены деревянные монастырские строения и каменная часовня Богоявления, вокруг которой находились могилы (в XIX в. здания были перестроены, часовня стала частью корпус монастыря). Кстати, когда великий князь литовский Александр стал польским королём (1501-1506), его жена Елена, не приняв католичества и оставаясь православной, так и не была коронована католиками польской королевой.
Мужская монашеская обитель при церкви Сятой Троицы
Мужская монашеская обитель, при Троицкой церкви, действовала, по меньшей мере, уже с конца XV века. Её здания неоднократно перестраивались. В монастыре получили воспитание выдающиеся церковные деятели: митрополит Киевский Макарий, пострадавший от татар священномученик; Иона II, полоцкий архиепископ и впоследствии литовский митрополит; литовский митрополит Сильвестр Белькевич и другие. Монастырь как первая в Вильне мужская христианская обитель пользовался особыми преимуществами. После разделения Русской митрополии в 1448 году на Киевскую и Московскую монастырь подчинялся вселенским константинопольским патриархам, а его настоятели возводились в сан митрополита.

N.B. До этого на Соборе во Флоренции в 1439 году была подписана Византийским императором Иоанном VIII Палеологом (1425 – 1448) и папой римским Евгением IV (1431 - 1447) Флорентийская уния.  Византия предпринимала: последние попытки сохранить империю, надежда на военную помощь от папы против турок.
Суть Флорентийской унии: православная церковь признает власть папы, догмат филиокве (дух святой отходит и от святого сына Иисуса Христа, а не только от Бога Отца, как в православии) и признает чистилище.
Отрицание: многие греческие епископы признали унию недействительной, 1443 год – собор в Иерусалиме, где всех приверженцев унии отлучили от церкви, 1450 – собор в Константинополе, осуждение унии, возведение на патриарший престол православного Афанасия.
В 1441 году в Москве Собор епископов Восточной Руси (Великого княжества Московского), осудил митрополита тогдашнего митролполита Киевского и всея Руси Исидора как еретика и отступника и отверг Унию. Московский Собор 1448 г., созванный великим князем Василием, 15 декабря поставил на Русскую митрополию епископа Рязанского Иону без согласования с Константинопольским патриархом-униатом, с титулом «Митрополит Киевский и всея Руси». (Константинопольские патриарх и император находились в Унии до взятия турками Константинополя, до 29 мая 1453 года)
В 1453 году пала под напором мусульман турков – сельджуков столица Византийской империи Константинополь, патриарший город восточной православной церкви, в ведении которой находились все православные церкви и вся иерархия православных священников, окармливавших христиан славян на землях Киевской Руси и Великого княжества Литовского со времён крещения Руси в 988 году князем Владимиром Святославовичем.
1484 – собор в церкви Паммакаристос, созванный патриархом Симоном I, признание Флорентийского собора неканоническим, а Флорентийскую унию – недействительной. 15 декабря 1448 года Русская церковь с центром в Москве становится де-факто автокефальной. После захвата Константинополя турками и уничтожения в нём Унии, сношения между русскими и греками возобновились.
С 1589 года русская православная церковь, обретя своего патриарха Иова, становится автокефальной (самостоятельной).

К началу XVI века эта Троицкая церковь пришла в упадок и представляла собой развалины. Король Сигизмунд I во внимание к заслугам великого гетмана литовского князя Константина Острожского и в благодарность за победу в битве под Оршей разрешил ему постройку в Вильне двух каменных церквей, в том числе и новой - Свято-Троицкой. Возведённая в 1514 году церковь была по форме готической, с контрфорсами, высокой крышей и треугольным фронтоном. Одновременно на средства Константина Острожского было возведено здание монастыря. Рядом с храмом была возведена высокая восьмиугольная колокольня.
По примеру других виленских ремесленных цехов и братств, Братство  Святой Троицы подготовило свой Устав, который утвердил гостивший в Вильне в 1588 году Патриарх Константинополя Яремий II - тот самый, который утвердил митрополита Иова первым патриархом русской православной автокефальной церкви в 1589 году. В 1589 году польский король и великий князь литовский Сигизмунд Ваза (шведский, жил: 1566-1632) дополнил этот устав привилеями создать лазарет, типографию, и свой лик вырезать на печати братства Святой Троицы. Это братство действовало при построенной в XVI веке Константином Острожским каменной церкви Святой Троицы.
В 1592 году была принята королевская грамота о том, чтобы светские власти не вмешивались в дела Православной церкви. Отдельными королевскими грамотами утверждали также православные братства в городах ВКЛ.
С 1584 года при Свято-Троицком монастыре действовало православное братство, объединявшее православных жителей города разных сословий для защиты и распространения православия. При монастыре около 1585 года были основаны духовное училище, составившее конкуренцию иезуитской коллегии, и типография. В типографии в 1596 году был отпечатан первый восточнославянский букварь со словарём «Наука ку читаню, и розум;ню писма словенского: ту тыж о святой Тройци, и о въчловеченіи Господни» Лаврентия Зизания. Посетив в 1588 году Вильну, константинопольский патриарх Иеремия благословил православное братство.

Православие в ВКЛ после Брестской унии 1596 г.
 Положение православных в ВКЛ резко  ухудшилось после заключения Брестской унии 1596 года, когда началась воинственная экспансия католицизма на территорию исторической православной Литвы, которую возглавил монашеский орден Иезуитов. После заключения в 1596 году Брестской унии, предполагавшей теперь объединение православной и католической церкви на территории Великого княжества Литовского с признанием главенства римского папы и догм католической церкви. Для православных Литвы наступили тяжелые времена. Все их приходские церкви в Вильне были закрыты. Во исполнение положений Брестской унии в 1601 году в Вильне митрополит Киевский, Галицкий и всея Руси Ипатий Потий основал при Троицком монастыре первую духовную семинарию Русской униатской церкви. В 1608 году по указу короля Сигизмунда III прежний Свято-Троицкий монастырь с церковью и постройками был полностью передан униатским монахам базилианам.
Генезис православного Сято-Духова монастыря в Вильне
Как пишет уже упомянутый нами выше Ф.Смирнов, Виленскому братству необходимо было поторопиться приступить к постройке своей церкви, несмотря на запрещения короля. Чтобы обойти это запрещение, церковь, с весны 1597 г. строилась от имени жены Брестского воеводы Зеновича, уроженной Феодорой Волович, родной сестры Виленского епископа Воловича, оставшейся упорною «схизматичкой» (православной), а и другой жены, другого «еретика», Смоленского воеводы Абрамовича, сестрой Феодоры Волович, Анной. Законным порядком нельзя было помешать этой постройке, т.к. бояре Великого княжества Литовского, согласно Люблинской унии уравненные со шляхтой Королевства Польского, имели полное право строить на своих землях те церкви, которые соответствовали их конфессии. Деревянную церковь Святого духа построили быстро – в одно лето 1597 года (каменная - строилась уже в 20-е годы XVII века). Эта церковь Святого Духа  была передана сёстрами Волович в собственность Свято-Троицкому братству, которое теперь  стало называться Свято-Духовым братством.
Теперешний православный монастырь основало православное виленское Братство  Святой Троицы. Монастырь при церкви Святого Духа, как пишет Ф.Смирнов, учреждался и организовался в течение нескольких лет. До 1614 г. не было во всей Речи Посполитой ни одного православного епископа. Лишь приезжие и гостившие здесь иноземные православные владыки – из Греции, Сербии, Болгарии проводили здесь богослужения, с помощь прибывшими с ними  монахов. Первыми иноками при церкви Святого Духа, либо приезжие люди, как иеродьякон Антоний Грекович, прибывший в 1605 г. из Дерманского монастыря, по приглашению Братства, для заведования братской школой, и пришедшие из ближайшего бывшего православного монастырей Святой троицы, не возжелавшие перейти в униатство. Сюда в новую церковь Святого Духа  были перенесены мощи виленских мучеников.
Первым настоятелем мужского монастыря и ректором здешнего духовного училища был Леонтий Карпович (1580-1620), родом из семьи православного священника из Пинска. Он написал устав монастыря, опираясь на устав Св. Василия Великого, который назвал «Киновион, или изображение Евангельского иноческого общего жития…».
 Данный Устав был напечатан им в Вильне в 1618 год, где Леонтий Карпович, как человек грамотный, корректировал тексты печатаемые в православной типографии. В 1615 году, отец Леонтий, уже прозванный архимандритом, умирает в Вильне, хотя в 1620 году был номинирован ещё и епископом.
К 1611 году храм был единственным в Вильне православным храмом, не отошедшим униатам, со временем храм стал монастырским (вероятно, с 1609 года), с училищем, богадельней и типографией, которая вскоре, в самом начале XVII века, была перевезена в Ивье (нынешний Вейвис), а в 1620 году была возвращена в Свято-Духов монастырь.
В конце 1620 года, после смерти Леонтия Карповича(1580?-1620), архимандритом Свято-Духова монастыря был избран Мелетий Смотрицкий (1572-1633, автор первой грамматики русского языка, 1618 г.). В этот период он развернул активную деятельность по защите православия, однако в 1928 году переходит в униатство. До этого в 1627 году, он навсегда покинул Свято-Духов монастырь и умер в униатской Дерманской обители на Волыни.
 
N.B. Необходимо подчеркнуть, что униатская церковь не прижилась на территории Чёрной Руси (Виленского края, Новогрудского и Менского края), а лищь на Волыни и в Галиции, где её форпостом стала львовская церковь Святого Юра.

 В 1632 году митрополит Киевский и экзарх Константинопольский Пётр Могила добился у польского короля Владислава IV (1595-1648) признания независимого от униатов существования православной церкви. Как пишет упомянутый Ф.Смирнов, в том же году 15 ноября был избран и 14 марта 1633 года утверждён Владиславом IV старший Виленского Свято-Духова монастыря и ректором училища при монастыре Иосиф Бобрикович «с жалованием 2000 золотых».
В 1634 году по позволению короля Владислава IV на месте старого деревянного был выстроена новая каменная церковь Святого Духа с главным престолом в честь Сошествия Святого Духа на апостолов и с приделами во имя апостола Иоанна Богослова и святых равноапостольных Константина и Елены.
К середине XVII века в подчинении Свято-Духова монастыря оказалось 17 мужских и 2 женских (Виленский и Минский) монастыря. Иноки-святодуховцы часто избирались настоятелями других монастырей. Таким образом, значение обители в Литовской части Киевской митрополии существенно возросло.
Во время Русско-Польской войны 1654 - 1667 годов, Вильну на время заняли русские и в монастыре был похоронен князь  Даниил Ефимович Мышецкий (1608-1661), руководивший стойким сопротивлением польской осаде. Когда город вновь заняли поляки в 1661 году Свято-Духов монастырь стали обвинять в измене, в пособничестве Москве. Обитель оскудевала братией, но при ней продолжала существовать школа.
В 1677 году в монастырском храме по приглашению старшего Свято-Духова монастыря и ректора братского училища Климента Тризны читал проповеди иеромонах Димитрий, впоследствии митрополит Ростовский.
В начале XVIII века шведы разорили монастырь и церковь.
Большую материальную помощь в его восстановлении оказал в 1708 году Пётр I, который дал монастырю также жалованные грамоты и льготы.
Во время страшного пожара в 1749 году Свято-Духов монастырь сгорел полностью, за исключением маленькой девичьей церкви. Восстановительные работы проводились под руководством архитектора Иоганна Кристофа Глаубица, основателя стиля «Виленского барокко», и продлились до 1753 года; работы по интерьеру продолжались позднее. Русское правительство отпустило на возобновление церкви 6000 рублей.
При почти полном исчезновении православного населения в Вильне, деятельность монастыря имела особое значение. Последнее жестокое надругательство над монастырем католики совершили в 1794 году, ограбив его, учинив насилие над настоятелем - восьмидесятилетним старцем Георгием, одним из монахов, оставшихся в обители.
Свято-Духов монастырь в ВКЛ, составной части  Российской империи
Возрождение обители началось 1795 года, когда Вильна стал губернским городом Российской империи. Свято-Духов монастырь был определен как штатный второклассный с соответствующим жалованием. В 1796 году братство при монастыре было распущено, а в 1797 году монастырь был передан в ведение архиепископа Минского Иова.
Во время войны 1812 года с французами храм был разорён и осквернен наполеоновскими солдатами. После изгнания войск Наполеона с территории Российской империи в декабре 1812 г. и захоронении десятков тысяч его солдат умерших и замёрших при отступлении в Вильне зимой 1812-13 гг., пожертвованиями виленского купца первой гильдии Александра Слуцкого церковь Святого Духа была отремонтирована. В 1814 году в склепе под алтарём были обретены мощи святых виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия (тайно хранились в склепе с 1661 года).
В 1833 году по ходатайству настоятеля Платона (Рудинского) и по просьбе виленского генерал-губернатора князя Долгорукова обитель была переведена в первый класс, что влекло за собой улучшение ее материального состояния. Святейший Синод выделил необходимые средства, и в 1836-1837 годах по благословению архиепископа Полоцкого Смарагда церковь Святого Духа была перестроена по образцу православного храма, так как ранее походила на костел. После перестройки под руководством полоцкого епархиального архитектора Порто в 1836—1837 годах храм принял внешний вид, сохранившийся в основном до настоящего времени. Были открыты своды, надстроен купол, настелена металлическая крыша.
В 1844 году церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы была превращена в монастырскую трапезную. На средства, пожертвованные виленским генерал-губернатором Ф. Я. Мирковичем, были сооружены ворота монастырского корпуса в русском стиле (1845). Архиепископ Виленский Иосиф (Семашко) 4 июня 1845 года освятил главный престол в перестроенной церкви Святого Духа.
Большой почитатель обители и Виленских мучеников архиепископ Виленский и Литовский Иосиф (Семашко) в 1850 году, распорядился оборудовать в храме пещерную церковь в честь святых. На свои средства устроил покатый сход в пещеру, где почивали мощи Святых мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. Он же оплатил устройство пещерной церкви. Иконы для алтаря были написаны академиком Хруцким. 14 апреля 1851 года последовало освящение пещерного храма во имя Виленских мучеников. Сюда в пещерную церковь в 1852 году были помещены мощи святых.
При устройстве церкви архиепископ Иосиф приготовил для себя в пещере каменный гроб и прикрыл его чугунной доской с надписью: "Помяни, Господи, раба Твоего святителя Иосифа. Святи мученицы Антоние, Иоанне и Евстафие, молите Господа о мне, грешном, 1850". Там он и был похоронен в 1868 году.
6 августа 1865 года по утверждении устава митрополитом Иосифом после литургии было вновь торжественно открыто Виленское Свято-Духово братство. Теперь его целями стали благотворительность и содействие народному образованию.
По инициативе виленского генерал-губернатора М. Н. Муравьёва храм и колокольня перестраивались для устранения признаков барокко, понимаемых как влияние католицизма (работы завершились к 1873 году).
В 1904 году в монастыре похоронен архиепископ Ювеналий (Половцев), возглавлявший епархию с 1898 года.
С 1908 года при архиепископе Никандре (Молчанове) был начат капитальный ремонт внутри храма. Пилястры были покрыты искусственным белым мрамором, лепные орнаменты выкрашены белой масляной краской, иконостас обновлён петербургской фирмой Жевержеева, иконы реставрировались художником И. П. Трутневым.

После революции 1917 года
В 1915 году, при наступлении немцев, мощи Виленских мучеников были вывезены из монастыря в Москву.
С 1922 по 1939 год монастырь находился на территории Польши, и вместе со всей Виленской епархией, был в составе Польской Православной Церкви.
В пределах послевоенного СССР обитель не только осталась открытой, но и благоустроилась. 13 июля 1946 года состоялось торжественное возвращение мощей святых Виленских мучеников в монастырь, где с тех пор торжественно отмечается этот день.
1959-1960 годах в церкви Святого Духа было оборудовано паровое отопление, в 1976 году весь монастырский комплекс был подключен к городской системе теплоцентрали. В 1982 году восстановили и освятили придел во имя апостола Иоанна Богослова в главном храме, тогда же был оборудован лифт на колокольне, а также благоустроен братский корпус. Территория, ранее принадлежавшая комплексу нынешнего Свято-Духова монастыря, была больше чем сейчас. Монастырю принадлежали рядом располагавшиеся здания (вплоть до теперешнего здания ресторана «Мядининкай»). Здесь располагались хозяйственные помещения. В одном из ближайших зданий проживали архимандриты.

В современной Литве
После распада СССР, при митрополите Виленском и литовском Хризостоме, соборный храм Святого Духа был основательно обновлен. В 1996-1997 годах произвели капитальный ремонт перекрытий пола главного храма, деревянные балки заменили металлическими, а пол выложили керамическими плитками. Одновременно расширили пещерную церковь и сделали к ней два входа. Внутри и снаружи церковного здания провели косметический ремонт.
В июле 1997 года широко отмечался 400-летний юбилей монастыря и 650-летие со времени убиения Виленских мучеников. В то время на молитвенную память о посещении Свято-Духова монастыря патриарх Московский и всея Руси Алексий II передал в дар обители евхаристические сосуды. Мощи  святых мучеников перенесены из пещерной церкви и поставлены в раке перед главным алтарём церкви Святого Духа.
В 1993 году в Свято-Духовом монастыре была открыта общедоступная библиотека духовной литературы, насчитывавшая ко второй половине 2000-х около 13 тысяч томов. По воскресеньям в монастыре проводились встречи священнослужителей с мирянами, беседы по вопросам веры, просмотры аудио и видеоматериалов. В течение последних лет монастырь ежедневно предоставлял бесплатные обеды примерно тридцати нуждающимся, была устроена небольшая гостиница для паломников. На территории монастыря в заново отстроенном здании разместилось управление Виленской епархии: "Архиепископия" - канцелярия епархии; "Православное хозяйство", в ведении которого находятся имущественные дела; резиденция правящего архиерея, священноархимандрита Свято-Духова монастыря. При нынешнем митрополите Виленском и Литовском Иннокентии (с 2016 г.) православные сёстры Марие-Магдалининского монастыря обрели свою обитель и были переведены из помещений Свято-Духова монастыря в помещения, расположенные при храме святого Александра Невского в Вильнюсе.
………………………………………………………..