О кодировании аминокислот в иРНК

Никитин А.В.
О кодировании аминокислот в иРНК


                Аннотация
Существующий способ формирования таблицы кодонов по последовательности от 1-го к 3-му основаниям приводит к тому, что кодоны некоторых аминокислот, например Arg, оказываются в нескольких местах таблицы,  запутывая общую картину.
Исправить ситуацию помогает новый подход к формированию системы генетического кода на основе симметрии оснований относительно среднего члена триплета. Главный элемент триплета – среднее основание, а потом правое и левое… 
В основе подхода факт применения симметричных кодов в 15-ти кодонах неповторяющихся аминокислот из 16 возможных. Очевидно, что оставшиеся кодоны формировались по такому же принципу, хоть и без использования симметрии. 
Получившаяся система меняет понимание группировки кодонов и не создает повторов в таблице.



П.П.Гаряев прочитал мою статью [3] на АТ и прислал благожелательный отзыв с русскоязычными вариантами своих последних англоязычных публикаций [4,5].
Разговор всё о том же…
О триплетах РНК и ДНК, кодирующих аминокислоты для трансляции белка. О теории «воблирования», о причинах, вызывающих это явление.
Вот так поставлен вопрос в работе П.П.Гаряева [4]:
Настоящая работа призвана в какой-то мере восполнить этот пробел. А он в понимании того, что главное, стратегическое и не понятое в работе хромосом это кодировка динамичной, и вместе с тем относительно постоянной, пространственно-временной структуры биосистем. Здесь роль белковых генов, вероятно, вторична, да и механизмы кодирования белков, в рамках модели генетического кода Ниренберга-Крика, нуждаются в существенных поправках.

…Если генетический белковый код и его производные поняты неправильно, что сейчас становится все более очевидно, то это контр продуктивно и опасно. Мы уже видим, к чему это привело - к созданию и широкому использованию генетически модифицированных продуктов питания, а также бактерий (т.н. «Синтий») с искусственно синтезированным геномом. Синтии убивают все живое в Мексиканском заливе и уже за его пределами [3]. Начало такому пангенетическому коллапсу на планете Земля, как ни странно, положила нобелевская модель биосинтеза белков, до недавнего времени воспринимаемая как догмат и как единственная и правильная. Это было, и пока еще есть, большая мировоззренческая ошибка и, в еще большей степени, ошибка практического ориентира использования этой модели как бы во благо человека.

Обратимся к Нобелевской модели генетического (белкового) кода, которая в своей основе до сих пор неизменна и которая, с небольшими тактическими добавками, отражает уровень наших устаревших знаний 60-х годов прошлого века.
Эта модель, за которую Маршал Ниренберг в 1968 году получил Нобелевскую премию [4].

…Собственно, не надо даже экспериментов, чтобы убедиться в ложности однозначной модели кода достаточно заглянуть в ее канонизированную таблицу и учесть, что 3'-5' кодон-антикодоновые пары, в соответствии с Вобл-гипотезой Ф.Крика, не участвуют в кодировании аминокислот. И соответственно, 64 кодона, шифрующие 20 аминокислот, автоматически распадаются на две равные части — 32 кодона-синонима и 32 кодона-омонима.

Далее воспользуемся данными работы [5].
П.П.Гаряев [4,5] решает задачу введением сиомов.
То, что получилось, на таблице 2.
Подход фиксирует равномерное распределение сиомов и омонимов в триплетах аминокислот.
Полный текст доступен в формате PDF (1056Кб) 
http://www.trinitas.ru/rus/doc/0016/001f/3760-nk.pdf

Полный текст в формате ФБ2 https://disk.yandex.ru/d/r_hzGSQ-8dI0Og