Генетическая предрасположенность к covid-19

Коронавирус | Генетическая предрасположенность к COVID-19. Гипотеза

Ниже приводится дайджест публикаций, которые формируют необходимый контекст для иллюстрации следующей гипотезы.

Сформулирую: в отношении коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего заболевание COVID-19, существует генетическая предрасположенность людей, причём на трёх уровнях:

1) собственно инфицирование;
2) заболевание (в любой форме, считая бессимптомную);
3) тяжесть течения болезни.

В настоящее время научные исследования в большей степени сосредоточены на (3), тогда как немалую роль в принятии стратегических и тактических решений на уровне высшего руководства стран играют именно (1) и (2).



——————————————— [A-1] ———————————————

[ Николай Дмитриевич Дурманов (р. 1946) — специалист в области биотехнологий, генной инженерии, космической медицины. Доктор медицинских наук. Директор Антидопинговой инспекции Олимпийского комитета России (2001—2007). Cпецпредставитель Министерства науки и высшего образования по биологической безопасности. ]

== Из официальной стенограммы выступления на совещании у В.В.Путина, 20.04.2020 (kremlin.ru)

<< Н.Дурманов: Мы тестируем вирус в мазках, смывах, в крови иногда, крайне редко бывает в кале и так далее. Мы тестируем антитела, чтобы понять, кто уже переболел. Позавчера несколько европейских стран и американцы приняли решение запустить третью волну тестирования, они будут тестировать специальный ген иммунной системы, называется HLA-антигены. И у нас получается три волны: прямой вирус, антитела против этого вируса и состояние иммунной системы. Почему это важно?

Они приняли это решение позавчера, а днём ранее, в пятницу, опубликовали результат большого исследования, где взяли 160 вариантов наших иммунных генов, наших, земных, разбили на 39 тысяч кусочков этот коронавирус и выяснили, какие варианты генов, иммунных генов, из этих 160 обеспечивают это самое чудесное симптоматическое течение болезни, а какие, наоборот, виновны в том, что человек сразу входит в тяжёлую фазу.

Понятно, что дело не только в генетике и в сопутствующих заболеваниях, условиях жизни, но генетика очень важна здесь, это больше 50 процентов. У нас вот уже два дня расшифровано, мы знаем, какие гены иммунной системы обеспечивают нам устойчивость, а кого, носителей таких генов, нам бы надо поберечь и по-другому лечить. <...>

Итак, мы знаем, какие гены нам нужны, мы знаем, какие гены удачные, неудачные в отношении коронавируса, но мы не знаем, как они распределены в нашей популяции. Поэтому через день после этого открытия западные страны решили делать третью волну тестирования. Нам бы тоже нужно подключиться. При этом надо понимать, что полученные результаты – это задел не только на эту эпидемию (через одну-две волны она кончится), но и на следующие, потому что это универсальный подход.

Надо понимать, что эта информация должна быть закрытая. Это фактически карта нашей иммунологической национальной устойчивости. Это очень важный ход, он коренным образом меняет кое-какие подходы в плане диагностики, но я прошу рассмотреть его, потому что это действительно в каком-то смысле уникальный шанс.

Спасибо большое.

В.Путин: Я пометил. Спасибо большое, Николай Дмитриевич. Благодарю Вас. >>


——————————————— [A-2] ———————————————

== «ДЛЯ ЛЮДЕЙ С «ХОРОШИМИ ГЕНАМИ» МОЖНО ПРЕДЛОЖИТЬ ДРУГОЙ РЕЖИМ САМОИЗОЛЯЦИИ»

Николай Дурманов: "Среди нас довольно много так называемых бессимптомников — людей, которые являются носителями коронавируса SARS-CoV-2, но узнают об этом, только сдав специальный тест на наличие коронавируса. Ученые сразу заинтересовались: а чем они отличаются от тех, кто болеет тяжело? Первая идея была такой: эти люди уже имеют иммунитет, так как ранее были заражены «слабенькими» коронавирусами. Известно, что таких четыре штуки, на них приходится до 15% обычных простудных заболеваний. Действительно, такая версия имеет право на жизнь.

Другая гипотеза такая: может, у этих людей есть какие-то генетические особенности, которые помогают им противостоять вирусу в условиях нынешней пандемии? Совсем недавно появились научные статьи, которые суммировали все размышления и исследования на этот счет. В них говорится, что действительно в популяции есть люди, у которых присутствуют особые варианты генов HLA-системы (Human Leukocyte Antigens). Некоторые варианты этих генов обеспечивают четкую и быструю реакцию иммунитета на коронавирусную инфекцию и победу над болезнью. <...>

Возникла идея: провести массовое исследование распределения разных вариантов HLA-генов в человеческой популяции, чтобы мы с самого начала знали, для кого заражение коронавирусом по-настоящему опасно, а для кого это просто мимолетный эпизод.  Для таких людей с «хорошими генами», наверное, можно будет предложить другой режим самоизоляции. И наоборот, если мы видим, что у человека такая комбинация генов, которая обеспечивает первое место в очереди на тяжелое течение болезни вплоть до летального исхода, то таких людей нужно особенно беречь. <...>

Когда мы говорим «хорошие» или «плохие» гены по отношению к коронавирусу — это не значит, что у каких-то людей дефектная или слабая иммунная система. Просто у них нет нужного в данный момент иммунологического наследия именно против SARS-CoV-2".

Источник: Известия, 30.04.2020
http://iz.ru /1006005/anna-urmantceva /dlia-liudei- s-khoroshimi-genami- mozhno-predlozhit-drugoi -rezhim-samoizoliatcii

——————————————— [A-3] ———————————————

== ПУТИН ПРЕДЛОЖИЛ СОЗДАТЬ В РОССИИ НАЦИОНАЛЬНУЮ БАЗУ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИНФОРМАЦИИ

<< "Используя наши весомые компетенции и наработки в биоинформатике предлагаю создать Национальную базу генетической информации", - заявил глава государства на совещании по развитию генетических технологий в РФ. >>

Источник: ТАСС, 14.05.2020
http://tass.ru/politika/8473349



——————————————— [B-1] ———————————————

== ГЕНЕТИКА И ТЯЖЕСТЬ COVID-19

<< Инфекция COVID-19, вызванная новым коронавирусом, является удивительно — и трагически — избирательной. Лишь некоторые инфицированные люди заболевают и, хотя большинство больных тяжелой формой являются пожилыми или имеют сопутствующие болезни (например, заболевания сердца), некоторые умершие от болезни были до этого здоровы и даже относительно молоды. В настоящее время исследователи готовятся изучить геном пациентов в поисках вариаций ДНК, объясняющих эту загадку. Результаты могут быть использованы для определения тех, кто наиболее подвержен риску серьезного заболевания, и тех, кто может быть защищен, а также могут определить направление поиска новых методов лечения.

Проекты включают в себя исследования ДНК нескольких тысяч участников, некоторые из которых были инфицированы коронавирусом, а также сбор ДНК зараженных пациентов из наиболее пострадавших мест, таких как Италия. Цель — сравнить ДНК пациентов с тяжелыми случаями COVID-19 (коронавирусной инфекции 2019 года), но не имевших основного заболевания, такого как диабет, болезнь сердца или легких, с больными легкой формой или не заболевшими. «Мы наблюдаем огромную разницу клинических исходов в разных странах, сколько из них объясняются генетической восприимчивостью — вопрос открытый», — сообщает генетик Андреа Ганна из Института молекулярной медицины Университета Хельсинки, Финляндия. <...>

Ганна возглавляет команду по сбору генетических данных пациентов, зараженных COVID-19 по всему миру. Идея «пришла совершенно спонтанно» около двух недель назад, когда «каждый сидел перед компьютером, наблюдая за этим кризисом», — говорит Ганна, который также связан с Институтом Броада — передовым учреждением, занимающимся генными исследованиями в США.

Он и директор Института молекулярной медицины Финляндии Марк Дэйли быстро создали сайт для их проекта «Генетическая инициатива носителей COVID-19» и связались с коллегами, которые проводят крупные исследования в биобанках и следят за тысячами волонтеров годами, чтобы найти связи между их ДНК и здоровьем. Как минимум дюжина биобанков, по большей части в Европе и Соединенных Штатах, проявили заинтересованность в предоставлении данных о COVID-19 от согласившихся участников. Среди них и FinnGen — проект, который содержит образцы ДНК и данные о состоянии здоровья 5 % пятимиллионного населения Финляндии, а также биобанк Школы медицины Икана Медицинского центра Маунт-Синай с 50 000 участников.

Биобанк Великобритании, один из крупнейших в мире, с данными ДНК более 500 000 участников, также планирует добавить данные о COVID-19 в их базу (проект был опубликован в этом месяце). Исландская компания deCODE Genetics, которая помогает тестировать большую часть населения страны, чтобы узнать, кто инфицирован новым коронавирусом, получила разрешение государства добавить эти данные и любые последующие симптомы COVID-19 в свою базу данных, которая содержит геном и сведения о здоровье половины из 364 000 жителей Исландии, — сообщает их генеральный директор Кари Стефанссон. «Мы сделаем все возможное, чтобы внести свой вклад в решение этой проблемы», — говорит Стефанссон. >>

Источник: MEDACH, 08.04.2020
http://medach.pro/post/2321

——————————————— [B-2] ———————————————

== WIRED (США): ПОЧЕМУ НЕКОТОРЫЕ ЛЮДИ ТАК ТЯЖЕЛО ПЕРЕНОСЯТ COVID-19? СПРОСИТЕ ИХ ДНК

<< 6 апреля компания 23andMe начала новое исследование, имеющее целью выявить генетические различия, которыми можно объяснить, почему у заболевших Covid-19 людей такая разная реакция на инфекцию. Эта фирма потребительской геномики присоединилась к целой серии новых научных проектов, ищущих ответ на один и тот же вопрос. Проведенные ранее исследования показывают, что некоторые варианты генов при заболевании определенными инфекционными болезнями подвергают людей повышенной опасности. Другие же обеспечивают им защиту, скажем мутация гена CCR5, делающая носителя невосприимчивым к ВИЧ. Пока еще рано говорить о том, насколько существенно ДНК защищает от Covid-19 или наоборот, делает человека уязвимым. Однако полученную информацию можно будет когда-нибудь использовать для выявления людей, в большей степени подверженных риску заражения, а также для целенаправленного поиска новых лекарств и методов лечения.

«Мы хотим понять, как наши гены влияют на нашу реакцию на вирус, — говорит вице-президент компании 23andMe по исследовательской работе Джойс Танг (Joyce Tung). — У нас есть надежда, что собрав данные у людей, которым сделали анализы и поставили диагноз Covid-19, мы сумеем узнать что-то о биологических особенностях этого заболевания и помочь научному сообществу успешнее лечить заболевших». <...>

Трудно предугадать, какие гены удастся найти во время этих экспедиций по поиску ДНК. Но многие из них наверняка отметятся в тех частях генома, которые отвечают за иммунную реакцию организма, говорит Майк Снайдер (Michael Snyder), возглавляющий кафедру генетики в Стэнфордском университете и никак не связанный с компанией 23andMe и с ее исследованиями. «В общем мы знаем, что генетика влияет на ход вирусной инфекции, — говорит он. — В этом нет ничего неожиданного, так как в процессе исторического развития люди в различных условиях окружающей среды подвергались воздействию вполне определенных патогенов. Вполне логично, что у разных людей иммунные системы настраиваются по-разному». <...>

Именно очень редкие мутации, скорее всего, являются причиной крайней подверженности Covid-19, говорит пульмонолог Стивен Чапман (Stephen Chapman), работающий исследователем в Центре человеческой генетики Оксфордского университета и не участвующий в проекте 23andMe. В середине 2000-х годов он проводил первые генетические исследования предрасположенности к бактериальной пневмонии и обнаружил редкие мутации в отвечающих за иммунитет генах, которые делали здоровых в остальном детей и взрослых крайне восприимчивыми к проникновению в организм одной особой бактерии. Чапман подозревает, что столь же редкие мутации, участвующие в иммунной функции и в реакции на воспалительные процессы, укладывают в кровати реанимационных отделений молодых и здоровых людей, у которых нет других факторов риска. >>

Источник: ИноСМИ (РИА Новости), 09.04.2020
http://inosmi.ru/science/20200409/247224037.html

——————————————— [B-3] ———————————————

== УЧЕНЫЕ ОЦЕНИЛИ ДОЛЮ РОССИЯН С МУТАЦИЕЙ, ПОВЫШАЮЩЕЙ РИСК ПОЛУЧИТЬ ТЯЖЕЛЫЕ ФОРМЫ COVID-19

<< Британские и американские биологи заявили, что носители APOE4 не только предрасположены к развитию нейродегенеративных болезней, но и тяжелых форм COVID-19. Как показал анализ геномов свыше 16 тыс. участников проекта UK BioBank, появление этой мутации значительно повышало риск заражения коронавирусом и удваивало шансы на попадание в реанимацию.

Ракитько и его коллеги по Genotek воспользовались накопленной ими обширной генетической базой данных для оценки того, как часто APOE4 встречается в геномах разных народов России, а также ряда зарубежных стран. Их расчеты показали, что этот показатель может в разы отличаться для представителей разных этносов, в том числе и близких с географической точки зрения.

К примеру, среди японцев, палестинцев и татар этот показатель был очень низким - всего 0,3%, тогда как среди удмуртов, таджиков, чувашей, а также норвежцев и шведов он был высоким - от 3,3 до 5,1%. Для русских был характерен средний показатель - 1,6%.

Подобные различия, как считают ученые, могут объяснять некоторые расхождения в частоте госпитализации с COVID-19, а также различия в уровне смертности, связанные с проникновением коронавируса в организм человека. >>

Источник: ТАСС, 28.05.2020
http://nauka.tass.ru/nauka/8594161