Как отличить приложение от подлежащего

Такие проблемы обычно возникают для нарицательных и собственных имен при грамматическом разборе.

Вопрос: "В учебнике Ладыженской пример: девочка Оля (Оля – приложение), в учебнике С.Бархударова пример: врач Смирнова (Смирнова – подлежащее, врач – приложение). Так кто прав?"
Какую же точку зрения следует считать правильной? Попробуем разобраться.

1. Можно предложить такую информацию: В сочетании имени ЧЕЛОВЕКА и его характеристики ГЛАВНЫМ словом (подлежащим) является имя, фамилия, прозвище. Характеристика (указание на возраст, специальность, родство и пр.) является приложением: доктор Комаров, дедушка Тимофей.
Если речь идёт о ЖИВОТНЫХ, то всё наоборот: кличка животного является приложением, а родовое название —  ОСНОВНЫМ (подлежащим): собака Трезор, слониха Матильда. С точки зрения СЕМАНТИКИ для животного родовое наименование (собака) передает главное содержание. А вот к имени человека можно подобрать много приложений (сын, брат, школьник и т.д.) в зависимости от его социальной роли.

2. Проверим эту точку зрения ПО СОГЛАСОВАНИЮ. Розенталь §185. Согласование сказуемого с подлежащим, имеющим при себе приложение http://www.evartist.narod.ru/text1/65.htm

Врач Смирнова принимала с утра.  Следовательно, подлежащим является имя собственное, согласованное со сказуемым. Собака Трезор громко лаяла. Нарицательное существительное выступает в роли подлежащего – мы с уверенностью выбираем согласование по женскому роду без применения правил.
Другой пример: Гора Казбек расположена на границе России и Грузии. Согласование сказуемого с подлежащим "гора". Значит, имя собственное является приложением.
Таким образом согласование ПОДСКАЗЫВАЕТ нам правильное решение.

3. А теперь обратимся к чисто ГРАММАТИЧЕСКОЙ теории. В словосочетаниях вида НАР+СОБСТВ и РОД+ВИД при раздельном написании на первом месте стоит приложение (это его нормальная позиция, как и для обычного определения):
врач Смирнова, кузнец Архип, мальчик Саша, сестра Маша;
река Москва, гора Казбек;
зверек коала, трава полынь, цветок гвоздика.

Тогда для имени человека все корректно, в том числе с учетом согласования подлежащего и сказуемого (подлежащее на втором месте): Врач Смирнова принимала с утра.
А вот для кличек животных, названий растений и географических названий  мы видим НЕСООТВЕТСТВИЕ. Собака Трезор громко лаяла.Гора Казбек расположена на границе России и Грузии. Грамматические приложения, обозначающие  родовую принадлежность (собака, гора) мы по семантике считаем главным словом (подлежащим), а видовое название становится  приложением.

Итак, семантика и грамматика ПРОТИВОРЕЧАТ друг другу. В чем же тут дело? Хотя видовое название во всех случаях передает БОЛЕЕ КОНКРЕТНУЮ характеристику предмета (например, цветок ГВОЗДИКА), но при построении  предложения нам важно то, что это ЦВЕТОК (дикий или садовый), а не что-то конкретное. И тогда мы считаем ОБОБЩЕННОЕ родовое название (цветок)подлежащим, причем часто на интуитивном уровне: Цветок гвоздика очень красив.

4. Но на ЭКЗАМЕНАХ (особенно в тестовом варианте) будет нужна ОПРЕДЕЛЕННАЯ позиция. Соответственно, надо уточнять, каковы современные школьные требования на текущий момент. И хорошо бы, чтобы школьники и педагоги тоже понимали УСЛОВНОСТЬ двух точек зрения и умели объяснить свой выбор, а не ждали от составителей учебников единственно верного ответа.