Обоснование таблицы биологических вариантов

В поддержку таблицы
Предположение, что ячейки таблицы запрограммированы в виде «идей» определенного облика существования животных, мы находим в современных версиях эволюции. То, например, что панцирные рыбы не являются предками костных и хрящевых рыб, а являются другим «вариантом» рыбы, произошедшим от другого круглоротого предка. И это еще при том предположении, что сами круглоротые – группа полифилетическая, а, следовательно, панцирные рыбы – совсем иные, но все же рыбы. Далее. Предположим, в девонское время вымерли все акулы и предки костных рыб и остались только панцирные. Дали бы они предков амфибий? Наверняка – да. А, кроме того, в самом стволе позвоночных наземные животные часто спускались под воду и приобретали разительное сходство с рыбой. Смеем ли мы считать, что, в случае отсутствия ячейки рыб, она заполнялась бы «сверху», и рептилии и млекопитающие в конце концов, заполняя пустую экологическую нишу, деградировали бы до такой стадии, что только скрупулезное исследование скелета и методы современной молекулярной биологии привели бы к разительному выводу, что это вовсе не «рыбы»? И так сплошь и рядом. Человек объединял в единые группы организмы, не имеющие даже отдаленных общих предков. Спокон веков гребневиков относили к кишечнополостным и даже считали их прямыми предками хордовых. Оказалось – они иная ветвь по отношению ко всем прочим Metazoan. Не значит ли это, что гребневики просто запасной вариант? Не выжили бы кишечнополостные, и прародителями многоклеточного мира живых существ стали бы гребневики.

Общий предок
Если признать, что все ячейки одной группы фактически возникают сразу от общего предка, как бы выходят веером из одного геологического пласта, не оставляя никаких «переходных форм», то возникает вопрос, что представляет собой эта общая предковая группа. Это набор неспециализированных видов, в процессе онтогенеза закрепляющихся в качестве личинки? Или это набор нетехнических личинок вполне специализированных видов? Или это одна-единственная предковая личинка?
Скорее всего, именно одна-единственная личинка одного предкового вида дает весь набор ячеек по столбцу таблицы. Для столбца позвоночных (хордовых) это звучит абсурдно, но если мы дойдем до корня проблемы, то заметим, что большинство ячеек этого столбца, как сейчас говорят, парафилетические. Ячейки рыб, амфибий, рептилий, млекопитающих и птиц уходят в далекое прошлое, не имея в рамках ячейки общего предка. Если его и не было? То есть разные группы млекопитающих произошли от разных групп рептилий, каждая и этих групп, что совершенно естественно, уходит корнями в отдельные группы амфибий, а они, в свою очередь – в отдельные, не связанные между собой группы тетраподоморфов, берущих начало от совершенно определенных каждая групп телодонтов. Теперь достаточно только признать, что исходные виды телодонтов берут начало от личиночных форм древних бесчерепных докембрийской эпохи. То есть, если это по необходимости должны были быть телодонты, то эти телодонты не могли быть не парафилетическими. Просто по индукции. А вот уже бесчерепные скорее всего были представлены одним-единственным видом, чья неотеническая личинка и породила весь огромный столбец. (Группа телодонтов монофилетична и имеет корнем одну личинку древнего бесчерепного. То есть телодонты парафилетичны только в качестве исходных предков для рыбообразных и рамках своей ячейки бесчелюстных (круглоротых)).
Почему это не могла быть парафилетическая группа бесчерепных? Потому что эти животные не могли быть неспециализированными. Это была первая адаптивная радиация после исходной группы для нескольких столбцов таблицы. В исходной группе ведь тоже была парафилетическая ситуация. И предковая группа бесчерепных не могла быть предком круглоротых, она была предком только бесчерепных. А вот могли ли использоваться личиночные формы разных видов, это серьезный вопрос. Но, скорее всего не могли. Просто слишком мала вероятность. Начало радиации, конечно, по всем признакам следовало поместить в ячейку рыб. Но, видимо, это не так. Именно потому, что рыбы предки в рамках одного столбца. Даже сейчас на глаз понятны колебания ученых, связанные с группой лопастеперых рыб, предков четвероногих. Они очень сходны по внешнему облику, судя по окаменелостям. И все же чувствуется, что у них очень большой разброс в отношении парафилии. Если были бы доступны молекулярные исследования этих останков, наверняка пришли бы к выводу, что эти костные рыбы происходят от совершенно различных предков. Вот боковая группа, лучеперые, скорее всего монофилетическая. Монофилетична и боковая к костным группа акул. Этот вывод напрашивается исходя из самой сути таблицы. Для перехода в следующую ячейку группы необходим один крупный ароморфоз, но настолько неизбежный, что он возникает независимо у совершенно разных по происхождению организмов. Это как бы осуществление «идеи» ячейки.
И еще. По поводу исходной личинки бесчерепного. Специализированное бесчерепное просто не могло эволюционировать в сторону скелетного хордового. Крупные мутации по образованию скелета могли возникнуть только у личинки. У соседней группы (столбца) иглокожих, очевидно, также возникли окостенения, но другого сорта. Предки иглокожих были подобны бесчерепным, но только бесчерепным, имеющим прикрепленную личинку. Вообще, бесчерепные наверняка были обширной и разнообразной, глубоко специализированной группой, не оставившей достаточного материала для исследования. Здесь действует исходный жесткий естественный (дарвиновский) отбор. В то время как враги и добыча древних бесчерепных стремительно кальцинизировались, эти животные во взрослом состоянии оставались мягкими, у них не было даже хряща. У них был единственный выход для мягких животных – уйти в грунт (где уже процветали всевозможные черви и моллюски). Оставаться в экологической нише свободноплавающих организмов они не могли. Единственными прямыми потомками древних бесчерепных остались оболочники, очевидно, занимающие ту же ячейку, что и бесчерепные, не считая современных бесчерепных, ланцетников. Полухордовые, имеющие общее происхождение с иглокожими от личиночной фазы древнего бесчерепного должны составить отдельный столбец таблицы (возможно, в земных условиях незавершенный).

Общий предок
Можно ли считать эдиакарскую фауну, поражающую своеобразием и непохожестью на последующие группы животных, «первым наброском жизни», не давшим потомков? Очевидно, нет. Отпечатки мягкотелых животных принадлежали взрослым формам, ползающим по грунту и плавающим. У них с необходимостью были личинки, скорее всего свободноплавающие. Именно неотенические личинки тех времен и могли составить исходный «ряд личинок» таблицы. Здесь мы сразу найдем все нужное: мюллеровскую личинку, актинотроху, трохофору и торнарию, давших взрослые формы плоских червей, лофофорат, моллюсков, членистых и вторичноротых.
Что касается самих вендобионтов. Кто они? Вряд ли потомки личиночных форм. Скорее, вместе кишечнополостными и гребневиками, прямые потомки по эволюционной линии колониальных бластулоподобных организмов. Эти свободные однослойные колонии одноклеточных дрейфовали в пресных морях докембрия десятки миллионов лет, пока с необходимостью не сформировали второй слой (гастрея, фагоцителла). Именно формирование второй колонии путем впячивания первой или миграции клеток внутрь и создало предпосылки для взрыва эволюции. Кембрийский же взрыв не был взрывом. Его фауна была наследницей докембрийской.
То есть, это выглядит приблизительно так: вендобионтов можно считать прямыми потомками плавающих двуслойных колоний, увеличение размеров которых путем роста и дробления клеток привело к формированию крупных и разнообразных организмов. Формирование этих организмов в онтогенезе с необходимостью должно было проходить фазу маленькой колонии, увеличивающейся в размерах за счет роста и деления клеток. Эти организмы подверглись адаптивной радиации, воздействовавшей на онтогенез. Это привело к изменению морфологии двуслойной колонии (именно в рамках онтогенеза). Морфологически измененные двуслойные колонии (личинки вендобионтов) перешли к неотеническому размножению и путем отбора и эволюции привели к возникновению первых форм новой жизни. Личинки вендобионтов превратились в личинок известных ныне групп животных (именно личинки глубоко специализированных форм, а вендобионты очевидно выглядят именно так).


В пользу таблицы
Некоторые виды грызунов настолько идентичны во всех отношениях, что их видовое различие становится явным только тогда, когда смотрят на их генотип.
Предположим такой случай: в геологических пластах найдены два скелета ископаемой рыбы, совершенно идентичные, и что естественно, причислили их к одному вымершему виду. Потом наука нашла способ подтвердить их принадлежность к одному виду молекулярно-биологическим методом. И далее, вдруг становится известно, что эти два вида происходят от двух совершенно различных видов и, более того, от двух разных групп предков. Невозможная ситуация? Но ведь так называемая «конвергенция» затрагивает не только морфологию, но и физиологию и в конце концов с необходимостью должна путем эволюции генома приводить его в неотличимое от параллельного вида состояние. Ведь не только химия нуклеотидов, но и таблица аминокислотно-нуклеотидного кода для всей биосферы едина. Дело не в родстве, дело в ячейке, под которую должно подгоняться все, а материала для этого всегда хватит.

Противоречия эмбриогенеза
Формирование зародыша начинается с того, что зигота палинтомически (без промежуточного роста клеток) делится. При этом в каждом последующем поколении составляющих зародыш клеток утрачиваются все наличные вещества, в том числе ферменты и материал, необходимый для эпигенетической памяти клеток. Предполагается, что сама оплодотворенная зигота является тотипотентной, то есть ее эпигенетическая память репрессирует все районы, кроме ответственных за формирование бластулы. В конце периода дробления в общем случае формируется бластула, состоящая из клеток, лишенных каких-либо веществ, потребных для дальнейшего роста и деления. Дальше зародыш либо использует материалы желтка, запасенные в яйце, либо материалы материнского организма. Вопрос: почему с момента, когда клетки начинают получать недифференцированный материал, они теряют первичную эпигенетическую память и обретают вторичную, ответственную за дальнейшее формирование зародыша? То есть, это тот самый момент, когда начинают использоваться жиры, белки и углеводы в чистом виде, не имеющем никаких узких характеристик, такие материалы, которые взрослое животное получает с пищей.
Что запускает процесс формирования особи? То есть, с чего начинается формирование стволовых клеток, если все наличные клетки одинаковы по своей потенции и содержанию питательных веществ?
Очевидно, вопрос заключается не в том, какие именно индукторы и репрессоры присутствуют в бластуле, если принять, что первичная бластула – абсолютно радиально симметричный полый шарик. Именно такая бластула является исходной. Возможно, причина начала эпигенеза и дифференцировки заключается в том минимуме запасных питательных веществ, которые в яйце всегда есть и которые распределяются в процессе дробления неравномерно.
Если перейти от онтогенеза к филогенезу и предположить, что начало эволюции животного мира было положено несколькими видами колониальных жгутиковых, обладающих фотосинтезом. Это такие колониальные организмы, в колониях которых синтезируемые питательные вещества стали распределяться неравномерно. Часть колонии использовалась для движения, часть – для запасания органического материала. То, что эти колонии не могли хищничать, понятно, но они могли потреблять органику из окружающего водного пространства путем пиноцитоза либо фагоцитоза, захватывая полуразложившиеся продукты деятельности бактерий и даже начать захватывать живых бактерий, переходя таким образом к присущему всему животному миру автотрофному питанию.
Возможно, другая часть колониальных видов, никогда не выходивших в открытое водное пространство, но оставшаяся на дне в виде седентарных колоний, тоже перешла к запасанию питательных веществ в определенных зонах одноклеточного слоя, продолжая при этом пользоваться фотосинтезом. Эти виды дали начало растениям.
И в случае автотрофного, и в случае гетеротрофного способа получения материала для роста, в этих колониальных формах существования намечается два типа клеток. И для того, чтоб разница между этими клетками не утрачивалась при делении, эти клетки должны были обрести первую в истории эволюции эпигенетическую память.
В развитии зародыша современных многоклеточных первые эпигенетические различия, таким образом, должны возникать из-за разницы в наполнении их наличным в зиготе запасным материалом.
Толчок к дальнейшему развитию колоний в филогенезе и организмов в онтогенезе дает тот факт, что анимальные зоны вообще более не способны развиваться дальше, так как материал для роста в них отсутствует. Вегетативная же зона продолжает развиваться, впячиваясь (в общем случае) внутрь сформировавшейся на предшествующем этапе бластулы.
Сам процесс впячивания внутрь, а не наружу, демонстрирует глубокую генетическую память. Первичные колонии могли быть только определенных размеров, иначе они не сохранили бы целостность. Так же и седентарные колонии не могли позволить вегетативным зонам разрастаться вширь. Они могли только выпячиваться нарушу из плоскости, параллельной плоскости дна. Здесь заложен другой принцип. Для распространения и размножения колонии было выгодней отшнуровывать шарики свободноплавающих колоний, чем распространяться вширь. Еще выгодней было часть этих выпячиваний сохранить, увеличивая таким образом фотосинтезирующую поверхность.
И в случае животных, и в случае растений, первичная эпигенетическая программа заключалась в том, чтобы в вегетативных (снабженных запасами питательного материала) областях, зарепрессировать генетический район, ответственный за выпячивание (у животных) или за распространение по грунту (у растений) и оставить в действующем состоянии район, осуществляющий впячивание у животных и выпячивание у растений.
Совершенно очевидно, что реализация процессов впячивания и выпячивания осуществляется простым изменением направления веретена деления клетки. Но это направление строго запрограммировано. Оно обладает и комплексом генов, и промотором, и набором регуляторных белков. Таким образом, для изменения направления деления была необходима дупликация собственно генетического кластера с последующими мутациями в нем и изменением работы белков, заведующих организацией сбора микротрубочек. В конечном итоге предковые организмы оказались обладателями двух гипотетических кластеров, направляющих деление клеток в противоположных (либо расположенных под углом) направлениях. При этом и тот и другой кластер должны были использовать в исходном варианте идентичные промоторы и один и тот же, исходный, набор регуляторов. Теперь, чтоб общая программа осуществилась, часть клеток, обладающая возможностью расти дальше, должна обрести первую в истории эволюции эпигенетическую память, которая репрессирует первичную промоторную область, осуществляющую контроль за первичным выпячиванием (формированием бластулы) и первичным распластыванием (формированием заростка).
Следует заметить, что в анимальных областях у клеток никакой эпигенетической программы вообще нет, они плюрипотентны.  А в вегетативных областях нет никаких организаторов, только запас для дальнейшего роста и первичная эпигенетическая память. Эта эпигенетическая память, очевидно, возникает заново. В самом деле, оплодотворенная зигота не обладает еще никакой эпигенетической памятью. Она может расти только так, а не иначе, потому что находится либо в свободном водном пространстве, либо на твердой подложке (что напоминает рост культур клеток в современных лабораториях). При этом и у животных, и у растительных предков издревле имеется и механизм впячивания (размножение свободноплавающих, инкурвация) и выпячивания (размножение распластанных) колоний. Почему запас питательных веществ вызывает ремоделинг хроматина? И какова роль временных и пространственных факторов в формировании эпигенетической памяти на последующих стадиях развития зародыша, начинающихся с момента, когда у первичного организма появляется либо переднезадняя для билатеральных, либо верхненижняя для радиальных ось?
Что касается растений, то очевидно, в их онтогенезе долгое время вообще не имели место геометрические факторы, а только положение по отношению к поверхности дна. Растения на протяжении всей своей подводной эволюции продолжали формировать распластанные, ветвящиеся, полуколониальные формы и только после выхода на сушу с проблемой сопротивления гравитации возникла необходимость в строгой геометрии. Растительный эпигенез, таким образом, сформировался на твердой подложке и должен в основе своей отличаться от животного.
Попытаться ответить на поставленные вопросы можно, заметив, что само распределение желтка между двумя типами клеток предполагает первичную эпигенетическую память, еще никак не связанную с направлением веретен деления.
Предположим, что в отношении направления веретен деления зигота не является плюрипотентной (как это имеет место у животных, формирующих бластулу, а не морулу). Она зарепрессирована в отношении направления противоположного либо под углом. И при делении клеток в S-фазе митоза клетки продолжают наследовать данную эпигенетическую память. По индукции, они должны продолжать делиться, продолжать использовать наличный материал и продолжать метилировать области ДНК и области хромосом, которые заметилированы в зиготе. Очевидно, так формируется первичный колониальный организм из оплодотворенной зиготы. Дальнейший рост колонии происходит за счет фотосинтеза и дальнейшего деления клеток. Что происходит в онтогенезе животного, почему зигота не формирует прямое подобие первичной колонии, а останавливается в процессе деления, сохраняя часть желтка на вегетативном полюсе?
Очевидно, толчок этому процессу распределения ресурсов должно дать событие, когда какая-то часть бластомеров перестает наследовать эпигенетическую память. Процесс метилирования прекращается и клетки полностью утрачивают эпигенетическую память. Это можно себе представить так. Начало дает прекращение метилирования ДНК. У двух дочерних клеток, имевших исходно полностью метилированную ДНК, одна цепь ДНК остается неметилированной. У потомков полностью метилированных клеток из четырех клеток метилированная цепь остается только в двух и так далее. Так начинает формироваться анимальный полюс бластулы, в котором за отсутствием метилирования ДНК следует отсутствие метилирования гистонов и исчезновение гетерохроматиновых областей. Сам факт начала пропуска метилирования является первичным. Неметилированная ДНК реплицируется быстрее, в активно делящихся клетках остается все меньше материала для формирования гетерохроматина и клетки ускоряют деление. Очевидно, все клетки с остатками метилирования по ДНК остаются по краям делящейся области, в них хватает материала для формирования гетерохроматина и так как они делятся медленней, в них сохраняется желток. Так формируется вегетативный полюс.
Первый вопрос: в котором из бластомеров происходит пропуск метилирования?
Второй вопрос: почему клетки вегетативного полюса, в которых сохраняется первичная память, обретают вторичную, то есть, репрессируют зону первичного деления и открывают зону вторичного деления?
При инкурвации делиться начинают краевые клетки вегетативного полюса, в которые обладают неполной эпигенетической памятью. Клетки с полной памятью, оставшиеся в центре вегетативного полюса и переполненные желтком не делятся.  Возможно ли, что в полуметилированных клетках зона метилирования смещается по хромосоме, закрывая зону метилирования зиготы и открывая зону гаструляции? Почему это происходит?

Противоречия эмбриогенеза (пространственно-временная модель)
Анимальный полюс формируют клетки, которые по своему положению в моруле либо в пластинке находятся на краю и имеют возможность делиться дальше (пространственный фактор). Инвагинацию осуществляют клетки, находящиеся на границе вегетативного и анимального полюсов (пространственный фактор). И в том и в другом случае причина начала и конца деления определяется временем, прошедшим с начала дробления (временной фактор).
В процессе начала инкурвации задействован временной фактор. Делиться начинают клетки полуметилированнные и обладающие неполным запасом веществ по сравнению с вегетативным полюсом. На этом этапе обнаруживается наличие так называемых презумптивных зон бластулы, то есть участков, обладающих совершенно определенной потенцией, состоящих из первичных стволовых клеток. Значит ли это, что клетки на этих участках обладают уже определенной эпигенетической памятью? По-видимому – нет.
В этот момент осуществляется реализация второго по времени этапа эпигенетической потенции. У эволюционно исходных радиальных организмов, бластула в начале инвагинации имеет верхненижнюю ось и осуществляет впячивание, направленное вниз, то есть, по направлению гравитации. На этом этапе эволюции в хромосоме зоны вторичного формирования (впячивания) по своим потенциям ничем не отличаются от зон первичного впячивания. В пограничных клетках (зона инвагинации) имеются четыре участка, заведующих впячиванием: зарепрессированный новый, открытый новый и два открытых прежних (один соответствует исходному состоянию, второй находится на хромосоме, для которой не хватило веществ для метилирования). Естественно было бы предположить, что данные клетки начнут процесс с использования двух открытых прежних района хромосомы. Но этого не происходит. Почему?
Если рассмотреть бластулу радиально-симметричного организма на этом этапе по отношению к действию силы тяжести, то мы заметим, что наибольшее давление силы тяжести испытывает именно промежуточная зона. Верхний, вегетативный полюс, состоящий из клеток с меньшей плотностью, но с большим запасом веществ, и нижний, более плотный, но исчерпавший материал для деления, уравновешены в пространстве. Почему начинает работать вторичный район хромосомы? Данный промотор, как было сказано, не имеет предпочтений перед первым (промотором бластуляции), но он используется исключительно потому, что инвагинация может иметь только одно направление – вниз, что необходимо для пространственного уравновешивания формирующегося организма. Формирующаяся чашечка более устойчива, чем бластула с верхним впячивнием, которая неминуемо перевернулась бы и, кроме того, скорее всего была бы разрушена из-за своей формы (два слепленных шарика). Здесь начинает действовать дарвиновский отбор и превосходство второго промоторного участка закрепляется отбором.
Причина впячивания внутрь у билатерально-симметричных животных сложнее. Здесь у бластулы возникает переднезадняя ось и положение двух участков (будущих губ бластопора) в пространстве по отношению к силе тяжести имеет различие. Именно вентральная губа испытывает гораздо большее давление, чем дорзальная. И это давление направлено вверх, за счет малой плотности вегетативного полюса. Если предположить, что и здесь нет предпочтения между двумя зонами хромосомы, заведующими первым и вторым этапами формирования, то процесс впячивания, как и в первом случае, можно объяснить невозможностью существования колонии, состоящей из двух слепленных шариков. То есть, если у радиального животного сила гравитации напрямую направляет деление, то у билатерального промоторная зона номер два уже должна быть предпочтительней для транскрипционного комплекса. Более важный вопрос – каким образом бластула обретает переднезаднюю ось. То есть, почему бластула, имеющая уравновешенные анимальный и вегетативные полюса, переворачивается набок. Известно, что свободноплавающие личинки кишечнополостных, целобрастулы, имеют переднезаднюю ось, которая необходима им для направленного перемещения в пространстве (анимальным полюсом вперед). Именно личинки древних кишечнополостных, эволюционируя на этом этапе дают начало первым билатериям. То есть, если принять, что основные этапы эволюции всегда осуществлялись при давлении отбора не на взрослую особь, а на личинку.
Здесь личинка, вместо того, чтоб перевернуться анимальным концом вниз и сформировать взрослый полип, начинает инвагинацию будучи расположена по горизонтали, используя впервые переднезаднюю ось. И, так как вентральная губа будущего бластопора менее уравновешена, чем дорзальная, то именно она и начинает делиться. Почему личинка радиального животного, находящаяся в неуравновешенном состоянии начинает гаструляцию? И какова роль вегетативного полюса в возникновении вторичноротых животных, если принять, что у них при начале гаструляции вегетативный полюс находится внизу, а не наверху, как у первичноротых? 
Следует заметить, что весь процесс дальнейшего формирования осевых органов у вторичноротых определяется нижним положением желтка при дроблении. У первичноротых нервная система формируется под кишечником, так как зона над кишечником забита вегетативными клетками, а служащая для формирования нервного зачатка эктодерма располагается снизу. У вторичноротых – наоборот, желточные клетки находятся внизу, а зачаток нервной цепочки возникает над ними, то есть сверху. После этого формирующая мышечную и кровеносную систему мезодерма у первичноротых формируется сверху, на основе желтка, а у вторичноротых – снизу.
Следует заметить, что личинки первичноротых, трохофоры, демонстрируют признаки следующего этапа развития животного мира, именно вторичноротости. У них нервный плексус находится сверху, а мезодермальный зачаток – снизу. Эти признаки служат нуждам личиночной фазы и не используются взрослым животным. Но если опять же предположить начало следующего этапа эволюции, действующим на личиночную фазу, то личинка древнего трохофорного животного вполне могла быть первым вторичноротым, неотеническим, обретшим возможность размножаться в личиночной фазе на основе перемещения плексуса вверх, а мезодермы вниз, сформировавшим собственно вторичноротость, то есть использование архентерона в качестве зачатка средней кишки и прорыв в него ротового отверстия со стороны, противоположной первичному бластопору.
Следует заметить, что начало нервной системе вторичноротых послужила не нервная система радиальных, а нервная система их личинок, имеющих переднезаднюю ось. Это именно анимальный полюс, источник дальнейшей эктодермы билатерий. Если предположить, что на определенном этапе бластулоподобные личинки радиальных для собственных нужд начали формировать зачаток нервной системы на анимальном полюсе, то они уже не могли позволить себе перевернуться анимальным концом вниз для прикрепления к грунту вследствие блокировки развития. Наличие нервных клеток могло препятствовать формированию подошвы и личинки кишечнополостных начали гаструлировать лежа на боку, на грунте, при этом не прикрепляясь к нему. Мы используем теорию, что кишечнополостные вообще имеют предковую полипоидную форму, медузы как средство расселения возникли позднее. Приходится признать, что, в самом деле, у начала расщепления групп таблицы на первичноротых и вторичноротых лежит не взрослое животное, а личинка. То же можно сказать и про разделение на радиальных и билатеральных. В последнем случае с необходимостью должно было возникнуть уравновешивающее боковое положение утяжеление личинки в дорзовентральном направлении, возникающее в процессе дробления. И здесь также спинная сторона очевидно должна содержать больше желтка, чем брюшная. Таким образом вентральная губа в качестве организатора обретает преимущество над дорзальной, так как хромосомы здесь менее гетерохроматинизированы, а ДНК менее метилировано. Здесь повторяется прежний процесс, но уже на другом уровне. Вторичная зона промотора предпочтительней, чем первичная, а третичная, отражающая разницу в генетической активности губ бластопора – предпочтительней, чем вторичная.
В основе же возникновения вторичноротых должно лежать простое утяжеление желтка, то есть изменение его плотности. Возникновение вторичноротости могло быть связано с оскудением запасов органики в море и необходимостью запасать в яйце более плотный желток.
Следует обратить внимание еще и на то, как медузоидные формы кишечнополостных по своей морфологии напоминают трохофору первичноротых. То есть здесь взрослое животное следующего уровня развития использует в качестве личинки расселительную форму предыдущего уровня, в то время как сама взрослая форма должна иметь предком личиночную фазу предыдущего уровня, каковая в своей генетике уже имеет информацию о расселительной фазе (если принять, что прямой предок, произведший на свет первую особь билатерального – личинка). Ведь предком билатеральных первичноротых могли быть лишь высокоорганизованные кишечнополостные, имевшие медузоидную фазу. Таким образом, медуза является не прямым, в ряду поколений, а генетическим предком вторичноротых. Причиной же (толчком к эволюции) могло послужить утяжеление желтка.

Возникновение ароморфоза
Некая предковая группа состоит из четырех родов, каждый из которых состоит из четырех видов, укладывающихся в четыре гомологических ряда. Для каждого ряда внутри рода имеется четыре различных никак друг с другом не связанных локуса, наследуемых независимо друг от друга. Предполагается, что данная группа произвела на свет неких биологический вид, по своей организации принадлежащий к следующему уровню эволюции (данный вид принадлежит следующей ячейке). Особи этого вида должны обладать всеми четырьмя прогрессивными локусами. Какой из шестнадцати видов дал начало новой группе?
На этот вопрос можно ответить, предположив, что внутри одного из родов присутствует только один биологический вид, обладающий полиморфиностью, особи которого укладываются внутри таблицы из четырех родов по гомологии с соседними родами. То есть, внутри этого вида есть все четыре локуса с характерными особенностями каждого. У прочих видов – только по одному.
Либо предположить, что все шестнадцать видов способны свободно скрещиваться и давать плодовитое потомство. На определенном этапе на границе территории все шестнадцать видов перемешиваются и дают следующую ячейку.

О генетической эквифинальности
Так называемые гомологичные гены, последовательность нуклеотидов ДНК, имеющая значительное и почти полное сходство у совершенно разных групп организмов, рассматривается как доказательство общности происхождения этих групп. Что, если дело не в этом? В рамках таблицы формирование ячеек происходит не за счет общих генов, а за счет возникновения этих генов «заново» в каждой группе и в каждой ячейке. То есть, информация о генетике должна быть запрограммирована в рамках таблицы. Тогда исчезают сложные и неразрешимые вопросы об отсутствии общих для всей биосферы генов в отдельных, не особенно отклоняющихся группах (гребневики) и наличие общих генов у групп, вообще ничего не имеющих общее с прочими группами (губки). Дело не в генах, а в самом расположении данной группы по строкам таблицы.
Также подтверждением служит наличие аналогичных генов, то есть последовательностей различных, но на уровне белка выполняющих ту же функцию. Отсутствие полной гомологии здесь объясняется тем, что для этих белков достаточно простой гомологии. Таким образом, общность происхождения скорее можно определить по этим генам, сохранившимся в череде от предка к потомку, имеющих в разных ячейках разное предназначение.

О генетической эквифинальности
Вызревание собственной генетики в каждой ячейке группы таблицы. Вызревшая генетика используется на следующем уровне (в очередной ячейке по строке таблицы). Источником формирования новых генов в соседних группах могут быть совершенно негомологичные и не имеющие общего происхождения гены (формирование на основе предшествующей дупликации гена в рамках предшествующей по группе ячейки). Но результатом в двух соседствующих про ряду ячейках может быть полное совпадение аминокислотного состава двух белков, имеющих одинаковое назначение.
Двигателем подобных перестроек на уровне одного гена не может быть естественный отбор, который действует только уже на готовую генетику. Причина переплавки генов должна крыться в чем-то другом. Возможно, сформировавшийся усредненный тип организации ячейки заключает в себе некие стимулы для дальнейшей переорганизации внешнего облика, а внутренние перестройки напрямую с этим связаны.
В генотипе помимо наличного работающего в процессе жизни генотипа должен находиться второй генотип, формирующий генетику нужным образом на протяжении эволюции, как основной генотип формирует зародыш в онтогенезе.

Второй комплекс генов
Каждая группа обладает своим особым комплексом генов, неизменным для каждой группы, под воздействием которого на каждом уровне (по ряду таблицы) формируется второй комплекс, лабильный в отношении каждого из своих членов, то есть отдельных генов. Этот комплекс один и тот же во всех группах и в каждом ряду таблицы формируется в одинаковый набор генов.

Ведущая роль ячейки
Основной ячеечный план строения является ведущим и формирующим по отношению ко глубинному плану строения ячейки-предшественника и его особенностям (например, особенностям строения ядер черепно-мозговых нервов). Глубинный план необязателен и определяется условиями эволюции, ячеечный же строго фиксирован и обязателен.

Роль эпитопов
Эпигенетические перестройки начинаются и заканчиваются за счет работы рецепторов, то есть взаимодействия эпитопов.

О генетике и понятии биологического вида
Предположим, мы имеем два организма, обнаруживающих полное сходство всех до единого локусов ДНК (расположение и биологическая роль локуса). Разница только в аллелях. Естественно, по законам биологии эти два организма должны свободно скрещиваться. Относятся ли они к одному биологическому виду? Необязательно! Дело не возможном грубом различии фенотипического проявления аллеля, а в эпигенетическом фоне, формирующем и продолжающем действовать в постнатальный период. Сам этот эпигенетический фон должен определяться всего какой-либо небольшой группой генов, имеющих незначительные различия у выбранных особей и с точки зрения последовательности ДНК не имеющих видового значения.
С точки зрения свободного скрещивания здесь важен результат. Если мы имеем дело с расой, то в результате свободного скрещивания рас возникает некий средний тип, воспроизводящий облик общего предка. Этот вариант наглядно демонстрируется при скрещивании пород Собаки домашней, дающей в результате среднего роста песочного цвета собаку со стоячими острыми ушами.
При скрещивании же рас Человека разумного общего типа никогда не возникает. Результатом оказывается окончательная победа одного из предковых вариантов, но, зачастую, в искаженном виде (так, например, евреи, проведя свою генетику через многочисленные расы, сформировали собственно тип «еврея», хотя исходно они, скорее всего принадлежат к негроидной расе). Ясно, что в этом наглядном случае мы имеем дело с различными видами одного (а возможно и нескольких) рода, пусть даже все обнаруженные локусы показывают полное сходство с точки зрения расположения и качества.

Высота организации и таблица
Говоря о высоте организации, имеют в виду организацию фенотипическую. Генотип представителей древних групп скорее всего носил более сложный характер по числу и расположению локусов. Последующие ячейки таблицы сшелушивали лишние гены в процессе возникновения.
Если сейчас сравнить генотипы немногих сохранившихся представителей с современными, наверняка окажется, что уровень их сложности не выше и не ниже, но из этого вряд ли можно будет сделать выводы. Сохранившиеся группы выжили под воздействием отбора, именно стабилизирующего, который сохранил их внешний облик, серьезно повлияв на их генетику.

Основная мысль таблицы
Существование ячейки предполагает наличие предков и потомков определенного типа. Наличие последней ячейки группы предполагает наличие первой именно такого типа, а не иного. Само существование группы может быть постулировано исходя из одной единственной ячейки группы, принадлежащей к среднему ряду, например, существование морской лилии (прикрепленного иглокожего), ракообразного, амфибии и так далее. То есть, исходя из того, что живое вообще предполагает возможность существования определенного типа живого, а что касается движения вверх и вниз по лестнице эволюции, то оно строго определено характеристикой самой группы.

Нуклеиновые кислоты
Усложнение генома как результат борьбы с возможностью мутирования, а не наоборот, мутирование, как источник усложнения. Не наследственность и изменчивость, а самосохранение нуклеиновой кислоты. Нуклеиновые кислоты, как «живая» химия, борющаяся за существование.

Обоснование таблицы
Общая таблица кода предполагает не общее происхождение, а общий пул генов в нескольких линиях, ведущих происхождение от нескольких происхождений жизни (докислородная эпоха). То есть, эта генетика в буквальном смысле должна была быть одинаковой. Дальнейшее развитие этой генетики привело к возникновению линий архей и прокариот, которые формировались путем траты, именно вычленения из наличного пула нужных генов под воздействием условий существования. Возникновение «нового» исключается, так как новые признаки на фоне специализации будут с необходимостью летальны.
Далее. С накоплением кислорода прямые потомки неспециализированных обладателей первичного пула приобрели путем симбиоза митохондрии. Здесь уже можно говорить об общем предке, имевшем митохондрии и не имевшем аппарата митоза, как у амитотических амеб. Эти линии каждая снова могли накопить избыток генетики. В дальнейшем, после возникновения митоза и эукариотического полового процесса, в линиях новой генетики возникнуть не могло, именно из-за наличия высокой специализации. Линии дали начало многоклеточным, у которых каждая линия (группа таблицы) реализовала исходный пул.  Прямыми потомками первых безмитотических организмов явились протоктисты с их зачатками многоклеточности (губки, бурые водоросли, красные водоросли, грибы).
Что касается самой таблицы, то в нее следует включить животных и растения (зеленые), как сформировавшие полный разброс групп по рядам. Могли ли здесь на определенных уровнях формироваться новые гены?

Код сформировал генетику таблицы в процессе своего формирования
Если предположить, что генетический код сначала должен был возникнуть, а уже потом с помощью этого алфавита была записана первая генетическая информация, то возникают два вопроса. Во-первых,: как и за счет чего он возник? И во-вторых: какова была необходимость в записи новой информации? Логично предположить, что для сохранения первых клеток, плавающих в бульоне с биоматерией, код и запись возникали параллельно и отбирались естественным (дарвиновским) способом, то есть, лучшая запись лучшей информации. Теперь, исходя из этого, можно сделать вывод, что, во-первых, жизнь не могла возникнуть в одном месте в одно и то же время. Скорее всего, было несколько источников, расходящихся во времени и в пространстве. И, скорее всего разброс был велик: вся поверхность планеты и миллионы лет времени.
Теперь мы имеем несколько кодов, с необходимостью различных и несколько пулов информации, но, скорее всего, почти идентичных. Причем, это был огромный избыток информации в каждом пуле, ведь выжить при отсутствии строгого кода, наличной энергетики и массы доступного сырья для питания могли только праорганизмы, в которых было из чего выбрать.
Теперь мы имеем все, что нужно для эволюции: структурные гены клетки (тубулины, актины, микроглобулы), ферменты-лиазы для переработки сырья, гены транскрипции и трансляциии, возникавшие по сценарию, описанному в работе «Происхождение жизни», и, самое главное, – переключатели экспрессии, или гены белков, узнающих промоторные области на ДНК.
Теперь формируется общий код в разных линиях под воздействием изменения условий, прежде всего за счет исчезновения доступной органики. С тех времен мы имеем весь наличный состав прокариотических видов планеты, сформировавшийся за счет вычленения из каждого пула нужной генетики. Возможно, первые бактериофаги, это именно ушедший в окружающее пространство избыток генетики, который эволюционировал в сторону возвращения «домой», чтоб попользоваться генетическим предком для размножения.
Предки аэробов тогда уже были и жили в зонах повышенного содержания кислорода. Здесь же и произошло объединение праорганизмов в комплекс эукариота-митохондрия. Потомками этих существ могут быть так называемые безмитотические амебы. А сами митохондрии, имеющие код записи генетической информации, отличный от общего, скорее всего не изменили его под воздействием симбиоза, а сохранили изначальный, который у них на то время был. В разных линиях эукариот различаются коды митохондрий, что может служить доказательство многоразличных линий происхождения, вплоть до пунктов возникновения жизни во времени и в пространстве.
Далее наступает кислородная эпоха и эукариоты выползают на свет и начинают бурно эволюционировать, но не за счет так называемой наследственности и изменчивости, а за счет наличного пула генов. Они сразу формируют колонии типа фагоцителл и гастрей из которых сразу появляются сложные праорганизмы в виде трохофор, актинотрох, мюллеровских личинок, торнарий, пилидиев и, возможно, многого другого, что с тех времен просто не сохранилось в геологической летописи, но прямыми потомками этих существ могут быть, например, коловратки и тихоходки.
Все это дождалось эпохи, когда можно было опуститься на дно и сформировать особь из тканей, которые от органов личинки отличаются всего лишь количеством клеток. Что это были за эпохи, сколько их было и их временные рамки не важны. Хайнаньская биота и так называемая эдиакарская, это, скорее всего, удачный случай, когда сохранились отпечатки. Важно то, что это происходило сразу, одним толчком, и не за счет долгого процесса мутирования и отбора, а за счет вычленения «лишнего». В разных экологических нишах вычленялось одно, оставлялось другое.
По тому же принципу в дальнейшем формировалась и вся таблица биологических вариантов, то есть, по принципу вычленения. До последних рядов таблицы дотянули организмы не быстрее всего эволюционировавшие, а сохранившие больше всего генетики для дальнейшего вычленения. То, что на самом деле количество генов у круглого червя и у мыши мало различается, служит доказательством их принадлежности к близким рядам таблицы. А одинаковое количество действующих генов у двух типов организмов – к одному ряду. Но важно помнить, что эти организмы вовсе не должны были возникнуть от мифического общего предка. Скорее всего их кишечнополостные предки, принадлежащие к одному типу, имеют происхождение от различных эукариотических организмов, а те, в свою очередь – от разных происхождений жизни.

Схема
Пусть жизнь сформировалась три раза во времени, каждый раз в четырех различных пунктах. Все эти первоклетки оказались жизнеспособны. Они имеют один механизм кодирования и считки, но разные (до единичных триплетов) аминокислотно-нуклеотидные коды.
Мы берем из них три пункта, а остальные не рассматриваем для удобства рассуждения. Теперь эти первоклетки эволюционируют в сторону выживания (не совершенствования!). В них копится генетика, которая на уровне слабого механизма воспроизведения действует по принципу подстраховки: не включился один ген, включится другой. При этом вся генетика проходит отбор в сторону взаимной притирки на уровне фенотипа. Отбираются те гены, которые не летальны на уровне фенотипа. Можно предположить, что наличный генетический код (современный на планете Земля) тогда полностью сформировался. То есть, он полностью оформился в двенадцати разных линиях жизни. В наших же трех линиях наступает эра радиации (или диверсификации). Все три пункта первоклеток распространяются вширь и дают весь наличный на тот период времени состав прокариот и архей.
Теперь между тремя линиями возникает симбиоз и три хозяина дают аэробную (за счет аэробного симбионта) имеющую жгутики (за счет бактерии с тубулиновым цитоскелетом) праэукариоту.
И мы опять же здесь можем предположить, что подобных линий происхождения эукариот могло быть несколько. Некоторые не приобрели жгутики, а приобрели фотосинтезирующих симбионтов, как современные растения. Но факт, что атмосфера Земли начала наполняться кислородом, привел к тому, что из всех праэукариот выжили только те, которые приобрели митохондрии. То, что в разных линиях эукариот в наше время коды митохондрий отличаются и от общего, и друг от друга, может говорить о том, что он изменился под воздействием симбиоза. Но может быть и другое. Возможно, эти коды – прямые потомки тех кодов, которые находились тогда еще в недоработанном виде. Этот факт также может говорить в пользу того, что разные линии многоклеточных ведут происхождение не от одного предка, а от разных линий жизни и от разных пунктов возникновения в пространстве и во времени.
Теперь мы имеем ту же ситуацию, что и в начале. Генетика копится в нескольких разных линиях, никак не отражаясь на внешнем облике существ. Мы говорим здесь не о быстрой эволюции в пользу сохранения неизменным исходного облика, а пользу накопления материала внутри очень слабо специализированных существ, незначительные фенотипические нарушения в строении и биохимии которых не мешали им выжить. Возможно, итогом этого периода в нескольких (по нашей схеме – девяти) линиях стало возникновение клеточного ядра.
Далее мы имеем очередную диверсификацию и массу плавающих в пресных морях того времени колоний одноклеточных с многочисленными особенностями строения, среди которых мы уже можем выделить мюллеровскую личинку, трохофору, торнарию, пилидий, актинотроху и, наверняка множество других вариантов.
Что могло послужить толчком к возникновению микроскопической многоклеточности? Очевидно – очередной пик благоприятных условий. По данным палеонтологии, на заре возникновения многоклеточности земная поверхность переживала периоды глобальных оледенений. Возможно, первые многоклеточные эукариоты и высыпали в море в один из периодов потепления, причем сразу. Праэукариоты должны были сформировать этих праличинок моментально, без всякого периода отбора по принципу наследственность-изменчивость. Вся наследственность уже имелась в наличии, а изменчивость была не столь радикальна, чтоб сформировать нежизнеспособный организм. Можно предположить, что сама эта изменчивость была уже проработана праэукариотами в период выживания за счет опробования на шаровидной бластулоподобной колонии. Рядом с гетеротрофными, потребляющими остатки жизнедеятельности прокариот организнмами формировались по тому же принципу и автотрофы, которые разрабатывали вариант плоской теломоподобной колонии.
Теперь живое переходит в новый этап накопления и выживания. Новый всплеск благоприятности – и праличинки опускаются на дно и формируют набор организмов хайнаньской биоты. В дальнейшем каждому периоду бурной радиации, когда масса новых форм жизни с разнообразными приспособлениями к существованию возникала внезапно «из ничего» должен был предшествовать период, когда совершенно неспециализированные очень похожие внешне, но разные по биологическим предкам линии организмов выживали за счет накопления излишков генетики. Результатом этих периодов обычно являлся крупный ароморфоз. Но сам этот ароморфоз не являлся целью эволюции. Эволюция по-прежнему основывалась на выживании. Сама иррадиация или адаптация осуществлялась теперь исключительно за счет вычленения из накопленных излишков генетики нужных для данных условий. Остальные элиминировались. Можно таким образом утверждать, что на самом деле более эволюционно продвинутые организмы должны в принципе иметь меньше генов, чем более примитивные, или, во всяком случае, не больше.
Здесь мы имеем «узлы» таблицы, или горизонтальные границы ячеек, отделяющие один ряд таблицы от другого. Есть ли тут параллелизмы в эволюции? То есть, опять же каково общее, если оно есть, между панцирными рыбами в группе хордовых и трилобитами в группе членистоногих?  Отвечает ли новое рассуждение на этот вопрос? То есть, если мы отметем в сторону рассмотрение об общих предках, которые передали общие гены или планы строения и прочее, то можем ли мы сказать, что к этапу возникновения ряда, общего с плакодермами и трилобитами, а также, в группе иглокожих – офиоцистиями, в разных линиях жизни, ведущих смешанное происхождение, возникли одни и те же участки генома вплоть до строгой идентичности последовательностей триплетов, кодирующих одни и те же белки?

Заметка
Каждый период накопления приводит к общему событию в генетике (общий код, общая группа генов) и к общему ароморфозу на уровне ряда (ядро, скелет, переход на внутриутробное развитие).

Блоки аминокислот
В процессе выработки общего кода при возникновении жизни в первичных организмах наработанный материал возникал в виде записи блоков аминокислот. Формирование генов в дальнейшем из этих блоков.
Первичные гены, очевидно, это не гены репликации и экспрессии, а гены структурного укрепления клетки. Именно в процессе возникновения этих генов возник общий код и блоки, пошедшие на их построение, использовались в дальнейшем.
Первичные структурные гены: актины, миозины и тубулины. Их блоки и возникновение репликаз и полимераз нуклеиновых кислот. Гены с активными центрами (ферменты) должны были стать уже более поздним и продвинутым приобретением. Могли ли в первичных клетках существовать неиспользуемые (запасные) блоки?

Вторичная утилизация
Гены дуплицируются, делятся и блоки-составляющие соединяются по-новому. В результате количество генетики остается прежним или же уменьшается за счет того, что в новых условиях на два прежних гена приходится один новый. Это исключает необходимость периодического накопления генетики в процессе реализации таблицы.
Количество исходных генов ограничено, значит, ограничены и возможности эволюции.

Эффект «Черной королевы»
В природе никогда и нигде не возникало таких условий, когда на популяцию не давил бы естественный отбор. Следовательно, гипотетическая вновь возникшая группа могла дать два варианта потомков: высокоспециализированные формы и внешне неспециализированные, но постоянно перестраивающие свою генетику, чтоб остаться прежними. То есть, отбор действует в сторону перестройки генетики за счет стабильных внешних условий, так называемый «стабилизирующий отбор».
Из этого можно сделать вывод, что генетика перестраивается за счет своих, внутренних законов, неподвластных внешнему миру. Иначе почему бы было не оставить неспециализированное существо вкупе со всей его генетикой? А также возникает вопрос, что за группа идет дальше и за счет чего? Ведь мы все же наблюдаем эволюцию, а не коллекцию предковых форм. Специализированный для этого непригоден, так как для него большинство генетических изменений летально. А неспециализированных мы имеем два варианта: неспециализированный с исходной генетикой и неспециализированный с глубокими генетическими перестройками.
Первый вариант существует недолгое время. И не дает потомков не потому, что времени мало, а потому, что в его генетике еще ничего нет: ни будущих ног, не крыльев. А выживший под воздействием стабилизирующего отбора накапливает в своих хромосомах все то, что проявлялось во всевозможных экологических нишах, куда попали его специализировавшиеся родственники. Они, естественно, вымерли, ведь условия все время меняются.
Теперь, когда популяция с эффектом «Черной королевы» попадает в одну из прежних экологических ниш, она проявляет сразу все: все те признаки, которые при прежней адаптивной радиации были рассыпаны по группе как элементы мозаики, которую необходимо собрать. Ведь в самой генетике этой популяции не могло быть иных генетических вариантов.
Теперь эволюция повторяется, но уже не за счет специализации генетики, а за счет вычленения ее излишков. Но исходной точки для дальнейшей эволюции здесь уже нет. Должна быть другая группа организмов, еще неспециализированная ни фенотипически, ни генетически, чтоб перейти в следующий ряд таблицы.

Перестановки генов
В процессе возникновения первичного аппарата трансляции сформировался аминокислотно-нуклеотидный код и была записана информация о блоках аминокислот. Но была ли записана информация о белках? То есть, должны ли они были сформироваться потом, под действием отбора?
Что, если была записана информация не только о каких-то конкретных белках, а вообще обо всех белках биосферы, прошлой и нынешней? То есть, дальнейшая эволюция – не что иное, как вычленение уже наличного материала.
Первоклетка как подстановка из n-ного количества генов. Вся дальнейшая эволюция – перестановки. Какая-то их часть разрешена, какая-то не дозволена. Какая-то была разрешена раньше, но не может быть позволена теперь. Вся таблица – матрица перестановок.
Предположим, группа – это одна главная перестановка всего двух генов. Дальнейшие ее ячейки, это менее крупные на фенотипическом уровне перестановки.
Нечто подобное находят сейчас в митохондриальной и У-хромосомной наследственности человека. Так называемые гаплогруппы. Только там речь идет о точечных мутациях, а здесь имеется в виду перестановки генов.
Перестановки в процессе эмбриогенеза и полное исчезновение части генов, то есть, собственно вычленение. Возможно в этом суть закона рекапитуляции, то есть почему в эмбриогенезе повторяется филогенез. Именно потому, что оплодотворенная яйцеклетка здесь подобна первоклетке и иначе, чем повторяя последовательно все перестановки, она целостный организм сформировать не сможет.

Один код – много материала
Если возник один код в разных линиях происхождения жизни, то и записанная информация должна была получиться одной и той же. И этой информации должно было получиться в избытке.
Аппарат транскрипции продолжал работать, потому что нить ДНК была достаточно длинна, а аппарат трансляции – потому что в объеме были первичные матричные РНК. Путем отбора сформировался современный аппарат этих процессов. Вещества поступали в клетку свободно, так как были в свободном доступе. И это все. В ходе дальнейшей эволюции из наличного материала отбирались первые белки биохимических путей, то есть автотрофного питания. Но более материала не должно было быть.

Онтогенез и филогенез
Пусть есть одноклеточное, имеющее в генетике полную программу данной группы. Реализуется первый уровень и подвергается отбору. Часть возможных вариантов отбраковывается, часть сохраняется. Те варианты, которые отбор одобрил, адаптируются, используя материал одноклеточного. Это тупики эволюции. Те виды, которые в процессе адаптации не используют материал одноклеточного, а элиминируют его, становятся предками ячейки, переходящей в следующий ряд. Адаптация здесь возможна только за счет включения следующего уровня генетики. Те же, кто адаптировался за счет запаса генетики, выживают путем стабилизирующего отбора, то есть они сохраняются за счет глубоких изменений в генетике, сохраняющих им уровень организации исходной ячейки. Это группы, попавшие в подходящие условия для стабилизирующего отбора (латимерия). Слишком специализированные группы вымирают. Но прямого предка следующего ряда надо искать среди тех видов, которые не «бегут на месте», а избавляются от лишней генетики. Их яйцеклетка, несущая меньше генетики, чем исходное одноклеточное, формируя в процессе онтогенеза родительский тип, перескакивает на следующий уровень и сразу дает ячейку ниже, являясь объектом отбора. Здесь у прямого потомка тоже может быть несколько вариантов, выживает лишь тот, кто имеет нужные признаки. Он также подвергается адаптации и элиминации.

К вопросу о первичном объеме генетики
В процессе формирования кода во всех временных и пространственных точках возникновения жизни возникает одна и та же информация. То есть, одни и те же гены. Они не могут быть гомологичны, они одинаковые. Как далее формируются уровни включения генетической информации на уровне особи, если предположить, что первоклетка с записью эукариотической информации первична, а бактерии и археи – продукт элиминации генетики и упрощения организации? Как возникла полная совместимость вступившей в симбиоз бактерии-предка митохондрии, микротрубочки и пластиды и первичной эукариотической клетки? Где и как на протяжении биохимической эволюции прокариот эволюционировали древние предки ядерных организмов?

Первоклетка
Возникшие во времени и в пространстве первоклетки имеют один и тот же набор генов, сформировавшийся в процессе выработки аппаратов транскрипции и трансляции. Дальнейшая эволюция использует наличный материал, не создавая нового. Она реализует то, что есть. В иных, внеземных условиях, в процессе выработки необходимой информации могли возникнуть иные группы таблицы, а наличные на Земле возникнуть, но недоразвиться. Как, например, на Земле не дошла до полного развития группа плеченогих.

Первичная информация
Первичная катушка могла существовать только определенный промежуток времени, именно, когда химические условия допускали расщепление двойной спирали и соединение пептидной и нити ДНК. За это время должен был успеть сформироваться аппарат репликации, транскрипции, трансляции и полностью сформироваться код. Формирование кода происходило под влиянием возникновения первичных клеточных функций (вышеперечисленное) и структурных белков. Ограниченный промежуток времени и бесчисленные центры возникновения жизни по всей планете (неограниченность в пространстве). Вся эта масса первоклеток пришла к одному и тому же результату, ибо код на Земле един для всей жизни. Но в процессе выработки необходимого возникла масса лишнего. В этой массе закодированной генетики заключалась вся последующая эволюция живого.
Клетка могла производить ненужные белки только пока они не являлись вредными. То есть, в процессе возникновения жизни на груз излишней информации накладывалось ограничение безвредности. Но далее условия на Земле изменились. Планета начала остывать, менять химию и т. д. Теперь выжить могли лишь те, кто смог убрать лишнее либо его загетерохроматинизировать. Так появились две линии эволюции: прокариоты, элиминирующие лишнее, и эукариоты, лишнее убирающие в недоступные для транскрипции области. Изначально же набор информации у тех и других был един.

Код и запись
Код и запись при помощи кода формируются одновременно. Если на первичной катушке ценная запись, то код записи сохраняется отбором.

Возникновение информации
Первичная катушка синтезирует белок, который сам по себе не имеет ценности. Но множество катушек синтезируют многоразличные белки. Из них отбираются те, что стабилизируют катушку. Изначально катушка укорачивается и внутрь ее как сердечник входит вытянутая глобула белка. Информационная ДНК и синтезирующий белок как бы наматываются вокруг глобулы.
Теперь диаметр катушки увеличен и в работу может вступить тРНК, которая, возможно, является синтезированной катушкой РНК, не вступающей в процесс синтеза нуклеиновой кислоты на катушке.
То, что РНК непригодна для синтеза второй цепи на катушке дает начало синтезу РНК, информационных и транспортных. Сама катушка синтезирует нуклеиновую кислоту по тому же принципу, что и белок, катясь по нити белка и синтезируя кислоту (начало РНК и ДНК полимераз.
Далее принцип работы катушки меняется из катящегося объекта в качающийся, синтезирующий на наличной матрице новую цепь кислоты за счет активного центра. Эта новая катушка возникла за счет выбора из всей массы катушек с сердечником, которые могли дать такой центр. Теперь оплетающая нить ДНК упраздняется, белок же синтезируется на комплексах слепленных друг с другом катушек, дающих рибосомные белки (каждая) и рибосомную РНК.
То, что для формирования аппарата трансляции, репликации и транскрипции нужен был очень большой выбор, и то, что совершенно невозможно, чтобы жизнь возникла в одном месте в определенное время, наводит на мысль, что из массы материала каждый раз возникало одно и то же. При этом оставалась бесполезная на данный момент информация. Молекулы ДНК, имеющие липкие концы, могли соединяться с другими и создавать уже длинные информационные молекулы, считывание с которых было закреплено на них. Для того, чтоб выделить из этой записи ценную информацию, возникли точки (терминаторы) и заглавные буквы (промоторы).
Вся запись остается, так как реплицируется, а ценная информация выделена. Теперь, по прошествии времени, из массы лишней информации тем же методом точек и промоторов можно было выделить практически любую ценную запись.

Транспортная РНК
Первичная катушка создает усредненное соответствие между классом аминокислот и основаниями. Гидрофобные, например, занимают катушки, имеющие избыток тимина и аденома. Точное соответствие возникает, когда катушка с сердечником, прикрепленная к нити ДНК, создает соответствие между аминокислотой на катушке и триплетом на нити. То есть, утолщенная катушка выступает в роли аминоацил-тРНК синтетазы. Сама тРНК возникает из считывания этого участка ДНК с этим триплетом в качестве узнающего.

Информация
Аппарат первичного реплицирования нарабатывает массу информации, закодированной по принципу выбора установки начала и конца транскрипции. В каждом сформировавшемся живом организме количество и качество этой информации различно.
Далее формирование жизни происходит по принципу дарвиновского отбора. В закодированной массе выбирается белок и этот белок проверяется отбором на уровне фенотипа. Суть в том, что из всей массы информации выбирается несколько новых белков, а из всей массы организмов – несколько, имеющие возможность дать эти белки.
В дальнейшем запасная информация подвергается либо элиминированию (прокариоты), либо гетерохроматинизации (прокариоты).

Информация
Катушка нарабатывает то количество белка, которое закодировано на матрице, но использует только нужные для репликации, транскрипции и трансляции белки. Из всех наличных матриц отбираются несущие информацию. Процесс идет в открытом объеме, матрица унифицируется по ценным белкам, вся остальная масса белка рассеивается в пространстве.
Далее происходит изоляция дезоксирибозима и ДНК мембраной, так как в замкнутом пространстве использовать наработку легче. Первоклетка (путем естественного отбора) оставляет на матрице только те гены, которые способствуют фиксации мембраны или не препятствуют ее образованию. 
Вся масса зафиксированной генетики остается. Прокариоты элиминируют ее, эукариоты гетерохроматинизируют. Дальнейшая эволюция строится на использовании готового материала.

Эволюция
В генетике каждой группы организмов образуется запас «спящих» генов. То есть таких генов, которые никогда не использовались и находятся в гетерохроматиновой зоне. При нарушении работы эпигенетического контроля эта генетика выходит на свет и дает пул белков, из которого в процессе отбора выбираются значимые в данных условиях (во времени и в пространстве).
До известной степени этим можно объяснить «кембрийский взрыв».

Информация
Наработанный при возникновении жизни пул генов хранится в спящих зонах генома живых существ. При нарушении эпигенетической регуляции он выходит в систему экспрессии белка. Это происходит периодически с организмами внутри любой популяции, но приводит к летальному исходу. В определенных ситуациях особи выживают и дают начало сразу новой группе организмов (типу или классу живых существ).
Вся ли законсервированная информация выходит и в каждой ли группе она есть?

Пространственно-временное включение
Загетерохроматинизированная информация должна включаться в процессе онтогенеза в нужное время в нужном месте генома. То есть мала вероятность. Если в мейозе в результате кроссинговера загетерохроматинизированный участок попадает в зону активной экспрессии под контроль действующего промотора, то одного этого участка (гена) должно хватить на возникновение новой группы организмов.

Пространственно-временное включение
Дегетерохроматинизированный участок генома, несущий информацию перемещается в активную зону. Результат никак не проявляется на уровне фенотипа, ген «безразличен» для отбора. Внутри популяции это происходит много раз на протяжении времени. Затем в активную зону переносится другой белок и так далее, пока не наберется достаточное количество для рождения первой особи нового типа (класса) организмов. Особи возникают и вытесняют предковую популяцию.
Адаптации и расхождение признаков возникшего типа происходит, очевидно, за счет мутаций.

Пространственно-временное включение
Из пула выходит белок – фактор транскрипции. Теперь для перепрограммирования этапа онтогенеза для этого белка должен найтись участок посадки на промотор в промоторной области определенного гена в определенном месте в определенное время, то есть в определенной ткани (пространственно-временной пункт это и есть просто ткань, группа специализированных клеток).

Пространственно-временное включение
Удлинение промоторных областей генома происходит постоянно и не закрепляется в эволюции. Выход пула белков более редкое событие. Здесь действует отбор по трем пунктам: один из белков должен оказаться пригодным для посадки на промотор, он должен влиять на экспресиию гена (активация-репрессия), фенотипический результат должен быть безразличен с точки зрения отбора. Возникает новый организм, но он живет в популяции предков и, вероятно, размножается путем скрещивания с ними, но он отбором не выбраковывается.
Замена прежней группы на новую происходит, когда наступают благоприятные условия на планете.
Промоторные зоны – «годичные кольца» эволюции.

Промоторные зоны
Геном «выстраивается» в процессе эволюции. Новых генов, так же, как и новых некодирующих областей не возникает. В самом деле, как бы в организме, подверженном жесткому контролю отбора и процессов онтогенеза, могли бы «возникнуть» новые области? Любая такая попытка была бы летальна. Другое дело, когда организм вытаскивает из запасов старое, еще ни разу не использованное. Оно уже проверено на безвредность и появляется в экспрессированном виде периодически.
Что касается промоторных зон, то есть участков, имеющих сродство к белкам-регулятором, то они разбросаны по геному изначально. Ген, перемещаясь, находит их, и это закрепляется отбором. При этом эти зоны тоже имеют избыточность: более слабое, более сильное взаимодействие и его отсутствие для регулятора. Когда из гетерохроматиновой зоны выходит белок, он находит свою зону (имеется в виду белок-регулятор).
Совпадение здесь исключается. Отбором отбирается только такое соответствие между новым белком и старой зоной, когда активация или репрессия наступает в нужном месте в нужное время, то есть в нужной ткани.

Одна мутация
Дегетерохроматинизация – результат одной мутации, которая приводит к возникновению нового типа организмов. Эта мутация повторяется время от времени и либо выбраковывается отбором (не вовремя), либо закрепляется (наступают подходящие условия).

Развертывание
В основе эволюции лежит не наследственность и изменчивость, а развертывание заложенной программы, которая закладывается при возникновении жизни.

Первичная катушка
Первичная катушка, состоящая из нити ДНК, вокруг которой обернута нить белка, создает первичное соответствие между последовательностью ДНК и аминокислотой. Диаметр катушки мал (около десяти нуклеотидов на виток), поэтому здесь нет соответствия между триплетом и аминокислотой, возникает соответствие дуплета и аминокислоты. Кроме того, цилиндр, не закрепленный изнутри, работающий на нити ДНК, также не закрепленной в растворе, изгибается, наматывает на себя ДНК, работает непродуктивно, синтез часто прерывается. Но в результате работы этой катушки возникает первичная информация, дающая первый, закрепленный генетически продукт.
Что это за продукт? Прежде всего – сердечник, белок, который занимает середину катушки. Теперь ДНК обматывается вокруг него, после – белковая нить. Катушка становится прочной и закрепляется в растворе. Теперь она обращается вокруг своей оси, а нить ДНК протаскивается мимо нее. Далее на первичной информационной нити возникают тРНК. Они дают соответствие между триплетом на информационной ДНК и аминокислотой.
В процессе выработки сердечника возникают варианты сборки рибосомы, аминоацил – тРНК синтетазы и ферментов, катализирующих синтез ДНК и РНК. Дальнейший синтез новых белков должен происходить уже под первичной липидной мембраной. Здесь в процессе накопления и использования информации возникают все варианты белков, задействованных в дальнейшей эволюции.
Так как практически невозможно, чтобы первые клетки возникли где-то в одном месте и в одно время, то получается, что жизнь возникала как новое явление по всей поверхности планеты. А так как код един для всей биосферы и основные белки репликации, трансляции и транскрипции у всех групп одинаковы, то можно сделать вывод, что выбор был велик и наличие разных продуктов выработки у разных линий происхождения жизни было мало, то есть, большинство белков было одинаковым.
Прокариоты отделились от этой линии еще до возникновения окончательного варианта основных синтезов, предшественники эукариот и архей продолжали формироваться. У прокариот большинство «лишней» генетики было элиминировано.