Александр Драган. Аналитик открытых данных.Болеют много, умирают мало. Почему парадоксы ЮАР ничего не говорят о мягкости омикрона. ЮАР на первый взгляд кажется идеальной иллюстрацией тезиса «омикрон стал мягким и добрым». Есть свидетельства врачей с мест, которые с самого начала говорят, что вирус подобрел. Есть оптимистичный больничный отчёт из эпицентра эпидемии. Есть быстрый рост заболеваемости, который не конвертируется в такой же быстрый рост госпитализаций, тяжёлых больных и смертей. Вообще тяжёлых пациентов намного меньше, чем раньше, а смертность барахтается даже ниже уровня, который раньше был между второй и третьей волной. А ещё как будто бы волна уже пошла на убыль в Гаутенге — в провинции, с которой и началась в ЮАР вспышка омикрона. Волна начинает идти на спад, больницы полупустые, ограничений в ЮАР так никаких и не было. Всё это — только часть правды. Реальная картина сложнее, и из Гаутенга есть как хорошие новости, так и плохие. А главная хорошая новость — низкая смертность и низкая доля тяжёлых пациентов — на самом деле ничего не говорит о том, что вирус стал добрее и мягче. На деле всё сложнее. Дальше я подробно разберу, что на самом деле происходит в провинции Гаутенг — и как она проживает свою первую волну омикрона. Сначала будет много графиков и цифр, если нет времени вникать — переходите сразу к разделу с выводами («Стена иммунитета»). Умирать перестали? Заболеваемость в Гаутенге за каких-то три недели взлетела почти на два порядка. В середине ноября здесь выявляли по 100-150 больных в сутки, а процент положительных тестов был на уровне 1-2%. Сегодня здесь выявляют по 9 тысяч больных в сутки, а процент положительных тестов вырос до 40%, и в некоторых округах провинции превышает 50%. Быстрый рост заболеваемости начался с последней декады ноября. И хотя на 8;9 тысяч заболевших провинция вышла только неделю назад, уже в конце ноября здесь выявляли по 1,5;2 тысячи больных. И 2;3 недель, кажется, достаточно, чтобы оценить, что происходит со смертностью. Она растёт. Но растёт куда медленнее, чем новые случаи и госпитализации: Однако не рано ли делать выводы о смертности? В первую волну пик смертности произошёл через 16 дней после пика выявленных случаев. Во вторую и третью волны — уже через 8;9 дней. Но на пиках волн возможны искажения, связанные с плохим учётом случаев и запоздалой регистрацией смертей. Если же сопоставлять смертность и заболеваемость за всю эпидемию, то средний лаг между выявленными случаями и умершими в Гаутенге — 14 дней. А это значит, что пик официальной ковидной смертности в провинции должен произойти в ближайшие 7;9 дней — согласно динамике выявленных случаев. Можно было бы ещё подождать, но предварительные выводы как будто бы можно делать уже сейчас: Сейчас недельная сумма смертей — на уровне 7% от максимумов дельта-волны. Сумма выявленных случаев 9 дней назад достигала 62% от максимума дельта-волны (сейчас — 78%). А теперь сравните с динамикой заболеваемости: Похожие тенденции показывают все ключевые показатели — и число госпитализированных пациентов, и больные на кислородной поддержке, и пациенты в реанимациях, и на ИВЛ. Больных больше — тяжёлых меньше Схожий по крутизне наклон показывают и пациенты на кислородной поддержке. Доля таких пациентов от всех госпитализированных не изменилась — на кислороде и во время дельты, и сейчас 14;16% всех пациентов: А вот динамика крайне тяжёлых пациентов не настолько крутая. И если во время прошлой волны в реанимации лежало 23;24% госпитализированных, то в эту волну их доля — почти втрое ниже, 8;9%: Та же картина и с пациентами на ИВЛ. Рост быстрее, чем во время дельта-волны, однако и число, и доля таких пациентов в несколько раз ниже. Во время дельты на ИВЛ лежало 9;10% пациентов, сейчас — около 3%: Доля пациентов в реанимациях в Гаутенге, как и пациентов на ИВЛ, сейчас на рекордно низком уровне с начала эпидемии: В сухом остатке — что показывают ключевые показатели: Ещё поводы для оптимизма? Если у нас более заразный вариант, то, будь он даже менее опасен, из-за быстрого роста заболеваемости мы придём к тому, от чего пытались уйти. К перегрузке системы здравоохранения, волне госпитализаций, забитым реанимациям и, в конечном итоге, к смертям. Это показывает простенькая, но наглядная модель от Gosia Gasperowicz, учёной-биолога из Канады: Поэтому важно оценить не только текущий срез по Гаутенгу — но и понять, что там происходит в динамике. Так, если экспоненциальный рост заболеваемости продолжается — ситуация в больницах будет становиться всё хуже, а оптимистичный момент «у нас в несколько раз госпитализаций, чем на пике дельты», в какой-то момент сменится неизбежной перегрузкой больниц. И здесь словно бы всё хорошо. Пик заболеваемости в Гаутенге тоже как будто бы пройден Также на фоне резко выросшей заболеваемости оптимистично выглядит динамика госпитализаций. На первый взгляд. Что показывают госпитализации Тенденция хорошая: есть признаки прохождения пика госпитализаций сразу в нескольких округах Гаутенга. Первый — это округ Тшване, к которому принадлежит Претория, и именно там последний месяц был эпицентр эпидемии. И именно с вспышкой в университете Претории связывают начало активного распространения омикрона: Аналогично в Йоханнесбурге, который следовал за Тшване с задержкой в 1;2 недели. Быстрый рост закончился, и по госпитализациям кажется, что Йоханнесбург перевалил за горб волны: Признаки прохождения пика есть и в округе Экурхулени, и в округе Седибенг — словом, практически по всему Гаутенгу. Ещё одна хорошая новость: уровень госпитализаций на этот раз сильно недотягивает до уровня выявленных случаев. Последнюю неделю скользящее среднее по заболевшим держится на уровне 80% от прошлых максимумов — 9000-9500 в сутки; в дельта-волну было 11000-11500 в сутки. А госпитализации по большинству округов Гаутенга либо достигли пика, либо стали снижаться, и это — на уровне 30-50% от максимумов прошлой волны, вызванной дельтой. Например, в Тшване скользящее среднее сейчас пошло на спад после 130 случаев, тогда как прошлый максимум был вдвое выше — 254 госпитализации в сутки. И дело не в том, что тестировать стали больше — в действительности позитивность тестов зашкаливает и в половине округов Гаутенга превышает 40;50%. Процент положительных тестов достиг уровня пиков третьей волны, и рост новых случаев ограничен именно возможностями тестирования. И здесь начинаются плохие новости. Никакого плато нет В то время, как выявленные случаи расти перестали, доля положительных тестов продолжает расти: В последнюю неделю ноября она составляла 16%, в первую неделю декабря — 36%, более поздних данных пока нет. Но ещё в первую неделю декабря расклад был такой: В 3 округах Гаутенга позитивность превышала 55%
Новый недельный отчёт о тестировании ещё не опубликован — но уже к 14 декабря доля положительных тестов по всей ЮАР выросла до 34%. Это говорит об исчерпании лимитов тестирования — на самом деле выявляется куда меньше заболевших, и рост заболеваемости продолжается. Только мы его не видим, потому что он продолжается в слепой зоне: среди непротестированных. На то, что на самом деле заболеваемость в Гаутенге продолжает расти, указывает и вирусная нагрузка в сточных водах. Инфицированный человек выделяет от 10^5 to 10^12 вирусных частиц на 1 грамм фекалий. Анализ вирусной нагрузки в сточных водах позволяет спрогнозировать динамику заболеваемости. При этом количество вируса в сточных водах — даже более надёжный показатель, чем выявленные случаи, поскольку не зависит от объёма и критериев тестирования на коронавирус и от наличия или отсутствия симптомов у больных (бессимптомные также выделяют вирус в фекалиях). Средняя задержка между появлением вируса в сточных водах и выявленными случаями — от нескольких дней до 1;2 недель. К мониторингу сточных вод прибегают в десятках стран: в Эстонии, в Нидерландах (оцените их дашборд!), в Канаде, в США и др. В северном Тшване вирусная нагрузка продолжает быстрый рост уже более 5 недель, она превысила даже вирусную нагрузку дельта-волны: Аналогично и с другими округами, по которым доступны данные. В Экурхулени — продолжение роста. В Йоханнесбурге — рост. О чём это говорит? За последние 7;10 дней мы должны были увидеть продолжение экспоненциального роста выявленных случаев. Однако в официальной статистике заболеваемость в Гаутенге остановилась на одном уровне в диапазоне от 8,8 до 9,6 тыс. новых случаев — и все, от экспертов в Твиттере до СМИ, поспешили объявить о выходе провинции Гаутенг на плато. Плато выявленных случаев — да. Но не плато реальной заболеваемости. Впрочем, после недельного плато заболевших (в случае с Тшване — двухнедельного), официальная заболеваемость снова поползла наверх: А госпитализации в Тшване и Йоханнесбургу, согласно приведённым выше графикам, на 9 декабря показывали спад. Особенно Тшване, который словно бы прошёл пик госпитализаций ещё в первые числа декабря — хотя пик заболеваемости до сих пор не пройден. В этом — главная проблема всех данных из ЮАР: одни показатели не согласуются с другими. Почему к данным из ЮАР нужно подходить осторожно Там, где должен продолжаться рост, мы наблюдаем плато или спад. Там, где должна быть гладкая динамика, мы наблюдаем резкие скачки раз в неделю. В ЮАР происходят сбои с обновлением числа тестов, из-за которых за несколько дней теряется 19 тысяч положительных результатов. В ЮАР данные о госпиталиациях и смертях долетают с огромной задержкой. Например, дашборд по госпитализациям показывает сейчас 2900 госпитализированных в Гаутенге за прошлую неделю (49) — однако к следующему вторнику это число вырастет минимум на 30%. Таковы задержки. Обновляются даже госпитализации 1,5;2-месячной давности, и это происходит регулярно — каждую неделю, каждый день. Другие важные данные поступают скачкообразно и, очевидно, также с задержками. Простой пример: на протяжении недели, с 25 ноября по 1 декабря, число пациентов в ОРИТ держалось в диапазоне 55;63 (это при скачкообразном росте госпитализаций). На следующий день произошёл резкий скачок до 106. Ещё 5 дней всё держалось в пределах 120 пациентов — затем снова резкий скачок, уже до 177. То же самое с пациентами на ИВЛ: более двух недель — от 20 до 30 пациентов на ИВЛ, затем в один день (6 декабря) — скачок до 51.
Но ясно одно: уже только это требует осторожности при анализе южноафриканских данных. Выше я исхожу из того, что данные хоть и кривые, но честные — но гарантий этому нет. Как минимум, мы сталкиваемся с недоучётом по части госпитализаций, тяжёлых пациентов и смертей. И это стоит держать в голове. Кто попадает в больницы (и почему это важно) Сначала — о том, правда ли госпитализировать стали меньше. Если сравнивать с прошлыми волнами, то видно, что это не вполне так. Да, доля госпитализированных от новых случаев 7 дней назад за последние пару недель сильно снизилась — сейчас составляет 6;8%. Но это естественное поведение, которое ЮАР демонстрировала все прошлые волны: Во время роста заболеваемости доля госпитализаций резко снижается. С одной стороны, это связано с ростом тестирования (больше людей заболевает ; больше тестируется), с другой — так регулируется нагрузка на систему здравоохранения. Быстрый рост случаев провоцирует быстрый рост госпитализаций, и нынешняя волна — не исключение. В связи с госпитализациям есть ещё один неприятный момент — это смещение возрастной структуры госпитализаций. Если в начале волны, ещё в ноябре, заболевали и попадали в больницы прежде всего дети и молодые — то теперь в больницах всё чаще оказываются пожилые. Я подробно об этом писал в разборе больничного отчёта из Тшване: пока заболевают дети и молодые — это не даёт серьёзного вклада в смертность. Если 70% госпитализированных — это дети и молодые люди до 40 лет, а на 60+ приходится всего 5%, это естественным образом влияет на летальность. Однако по мере роста волны вирус дотянется до самых уязвимых — до пожилых и групп риска, и это серьёзно ухудшит ситуацию в больницах. Это мы и наблюдаем в Гаутенге. Ещё две недели назад на 60+ приходилось всего 14% госпитализированных, на этой неделе — уже 28% (если брать последние 7 дней, то 21%). Госпитализации среди детей и молодых людей снижаются (среди первых — особенно быстро): В Гаутенге в прошлые волны доля 60+ среди всех госпитализированных составляла 23% — к этой же доле Гаутенг вернулся и сейчас, спустя месяц после начала вспышки. И это плохой знак, если учесть, что 60% ковидных смертей в Гаутенге приходится именно на 60+. Если в начале омикрон-волны госпитализировали в 1,5;2 раза больше детей, чем пожилых, то теперь картина поменялась — и последние 5 дней число госпитализированных пожилых превышает число детей. Повлечёт ли это за собой быстрый рост тяжёлых пациентов и рост смертности — мы увидим уже в ближайшие недели. А теперь о главном — чем всё-таки может быть вызвано такое резкое снижение смертей и крайне тяжёлых больных (если только не возрастной структурой). «Стена иммунитета» против тяжёлого течения Что нейтрализующая активность антител привитых против омикрона снижается в десятки раз Коллективный иммунитет им. ЮАР Так, по расчётам Дмитрия Кобака, избыточная смертность в ЮАР превышает 230 тысяч человек, что соответствует 0,39% от всей численности населения (по собственным оценкам южноафриканских демографов избыточная смертность ещё выше — 275 тысяч). Ранее для ЮАР с учётом её возрастной и демографической структуры был рассчитан IFR в 0,35%. «Следовательно, — пишет эпидемиолог Бернского университета Кристиан Альтхаус, — в Южной Африке почти каждый был ранее инфицирован, и у подавляющего большинства есть частичный иммунитет против повторного заражения». Вместе с тем, ряд исследователей считает эти показатели сильно заниженными из-за высокой доли серонегативных даже после подтверждённого ПЦР. Другие исследования в ЮАР, проведённые за тот же период, дают оценку в 90% и более переболевших. Точные оценки здесь невозможны, но все сходятся в одной точке: в ЮАР, по-видимому, переболела бОльшая часть населения. «Это иммунитет, тупица!» На это указывает Шабир Махди. Об этом говорит и Энтони Леонарди, специалист по Т-клеточной иммунологии. О том же пишет Эрик Тополь, профессор геномики и один из руководителей НИИ Скриппса: «Основная причина того, что омикрон кажется лёгким, не в том, что вирус стал менее вирулентным, а в том, что за два года пандемии у людей возникла «стена иммунитета». Есть три линии защиты, которые упрощённо можно изобразить так: Предшествующая инфекция или полная вакцинация, как уже было сказано, не могут обеспечить достаточной защиты от омикрона. Бустер помогает, но эффективность намного ниже, чем было с дельтой. И наша последняя линия защиты — это наша Т-клеточная память, которая вызвана предшествующим ковидом и вакцинацией. Т-клетки не работают быстро, они не защищают от инфекции, но часто помогают удержать вирус в верхних дыхательных путях. И по-видимому, это основная причина того, что омикрон кажется мягким — у многих жителей Южной Африки есть Т-клеточный иммунитет, который защищает их от ковидной пневмонии и поражений других органов. А Т-клетки менее подвержены влиянию мутаций вируса, чем нейтрализующие антитела. <…> Прямо сейчас не нужно говорить о том, что омикрон стал мягче. «Это иммунитет, тупица» — это мой самый простой способ объяснить всё, что мы видели до сих пор. Но не заблуждайтесь. Омикрон может вызвать огромное количество инфекций во всём мире. И даже если его тяжесть будет в 10 раз меньше, чем у дельты или у других вариантов, в абсолютных числах он может привести к огромному количеству госпитализаций и смертей. Кроме того, нельзя недооценивать влияние омикрона на лонг-ковид. Высокая заболеваемость и распространение вируса даже среди вакцинированных — это по-прежнему актуальная и серьёзная проблема, потому что до сих пор чётко не ясно, насколько вакцинация снижает частоту и тяжесть лонг-ковида». Об этом же пишет и Натали Дин, профессор биостатистики и специалист по инфекционным заболеваниям и вакцинам: «Вот набросок, который объясняет, почему новый вариант может казаться мягче даже без изменения вирулентности. Это происходит из-за того, что при подсчёте доли тяжёлых случаев в знаменатель теперь включается множество повторных инфекций, которые ранее были предотвращены: Представьте вариант, который даёт малое количество реинфекций. Есть восприимчивое население, оно заболевает, и течение может быть тяжёлым, среднетяжёлым, лёгким и бессимптомным. А теперь представьте себе, что среди этого населения есть большая часть тех, кто ранее был инфицирован. Поскольку этот вариант плохо заражает повторно, эти потенциальные инфекции были предотвращены. А теперь представьте вариант с высокой способностью к повторным инфекциям. Среди уязвимых групп тяжесть заболевания не поменялась. Есть те же фракции: тяжёлое, среднетяжёлое, лёгкое, бессимптомное течение. Но теперь мы наблюдаем ещё и большое количество повторных инфекций, и в основной массе они не тяжёлые. Мы ещё можем рассчитать долю тяжёлых случаев, но теперь она ниже. Она ниже не потому, что стало меньше тяжёлых случаев — а потому, что теперь стало больше лёгких случаев. Эти лёгкие случаи — это повторные инфекции. Таким образом, профиль тяжести омикрона важно интерпретировать с учётом его способности заражать переболевших и привитых. С вакцинами история та же: мы ожидаем увеличения числа заболевших вакцинированных, но по большей части с лёгким течением. Поэтому, когда я смотрю на данные из ЮАР или из других стран, я думаю не только о доле тяжёлых случаев, но и об их огромном количестве». Что мы, по-видимому, и наблюдаем в ЮАР. По желанию можете добавить ещё один пункт, объясняющий южноафриканскую статистику — это «смягчение вируса». Но это, во-первых, сценарий крайне маловероятный, во-вторых — он не согласуется с теми данными, которые мы наблюдаем, а в-третьих — даже в самом ЮАР отмечают, что не следует считать, будто вирус стал «мягче». А почему «вирус эволюционирует в сторону смягчения» — это распространённое заблуждение, которое не имеет отношения к реальности, почитайте в прекрасном ликбезе от @coronamed. Всё ещё может поменяться. А если так, то возможны ещё сюрпризы. Мы не знаем, каково реально сейчас число пациентов в реанимациях Гаутенга — и сколько реально там умирает. И нам не стоит удивляться, если избыточная смертность, которую публикуют по средам в 19:00, уже на этой или на следующей неделе покажет взлёт (а признаки начала роста уже есть). Или тому, что ситуация «вдруг» резко ухудшится — и станет куда больше тяжёлых пациентов, а люди начнут массово попадать в реанимации. И если это случится, то это будет означать: Либо о том, что у нас в лице ЮАР случился второй Манаус — и никаких 80-90% переболевших там нет и близко, и омикрон сейчас доедает наивное население (а вместе с ним — и иммунное) Больше аналитики про ковид и эпидемию и новостей про омикрон — в моём Телеграм-канале: Драган про ковид © Copyright: Владик Полько, 2021.
Другие статьи в литературном дневнике:
|